죽은 줄 알았던 누라리 키기리 키호는 몸이 합쳐져 거대한 괴물이 되어 공격하고 카부토는 린지를 이미 죽였으며 유키마루와 구렌을 이용했다는 사실을 밝힌다. 나루토는 구렌과 유키마루를 먼저 보내고 카부토와 대결을 벌이지만 카부토가 사혼술로 불러낸 린지가 구렌의 앞길을 막는다. 린지의 박쥐 때문에 정둔이 통하지 않자 구렌은 자신의 몸을 던져 린지와 함께 최후를 맞고 이를 본 유키마루는 엄청난 힘을 발휘하여 삼미를 폭주하게 만들고 나루토는 가마키치와 가마타츠를 불러낸다. 그리고 가마키치와 가마타츠의 도움으로 화둔에 풍둔을 더해 3미에 큰 타격을 입힌다.

드디어 마주한 데이다라, 사스케는 이타치의 소재를 물으며 얘기하면 살려서 보내주겠다고 한다. 사스케의 사륜안을 본 데이다라는 먼저 C1원으로 공격을 하지만 사스케는 빠른 속도로 피하고 움직이는 폭발물의 공격도 바꿔치기술로 피한다. 이에 데이다라는 C2를 사용한 공격을 시작한다. C2드래곤을 타고 공중에서 공격하며 토비에게 땅속에 지뢰설치를 맡기는 것. 사스케의 공격거리까지 파악하고 공격권을 피해 날며 공격하는 데이다라, 사스케는 주인을 발동하고 한쪽 날개까지 방어에 쓰며 고전하고 데이다라는 승리를 확신한다. 하지만 사스케는 칼을 땅에 꽂아서 발판으로 이용하여 날아올라 데이다라를 공격한다. 위기의 순간에서 가까스로 목숨을 건진 데이다라는 이타치를 처음 만났을 당시를 떠올린다. 아카츠키에 들어갈 마음에 없었던 데이다라는 이타치의 환술에 걸려 패배하고 말았던 것, 분노한 데이다라는 이타치를 처리하기 위한 비장의 카드였던 C4카루라를 쓰기로 한다.

이타치와 싸우기 위해 찾아가는 사스케, 그런 사스케는 어린 시절의 일들을 떠올린다. 뛰어난 실력에 늘 자신에게 다정했던 형, 하지만 이타치는 암부의 일을 하면서 우치하 일족과 갈등하게 된다. 그리고 자신의 그릇을 알아보기 위해서라며 우치하 일족을 몰살시킨 우치하는 사스케에게 만화경 사륜안과 일족에 대한 비밀을 알려주고 떠났었다. 가장 친한 친구를 죽이면 우치하 일족에서 만화경 사륜안을 쓰는 사람은 셋이 될 것이라고. 사스케는 이타치의 가슴에 칼을 꽂고 이타치 외에 만화경 사륜안을 쓰는 자가 누구냐고 밝히라고 말한다. 이타치는 나뭇잎마을 창시자 중 하나로 처음으로 만화경 사륜안을 개안한 우치하 마다라의 이름을 댄다.

이타치가 일족을 배신하고 2중스파이로 활동했다는 마다라 말을 믿을 수 없는 사스케, 하지만 마다라는 참혹한 전쟁을 겪은 이타치가 평화주의자였다고 한다. 그리고 마을은 이타치에게 평화를 위해서 우치하 일족을 몰살할 것을 명령하고 이타치는 우치하일족의 쿠데타로 벌어질 수 있는 전쟁을 염려해 그 임무를 맡았던 것. 그리고 나뭇잎마을과 우치하를 노리던 마다라를 찾아와서 일족에 대한 복수를 도와줄테니 마을에 손을 대지 말라고 조건을 제시한다. 하지만 차마 사스케를 죽이지 못 한 이타치는 사스케가 강해질 수 있도록 일부러 자신에 대한 복수를 목표로 가지게 만들고 3대 호카게에게 사스케를 부탁하고 떠난다. 그리고 마을을 떠나 아카츠키에 들어가서 아카츠키를 감시하며 후에 사스케 손에 배신자로 죽어 사스케를 마을의 영웅으로 만들려 한 것. 사스케는 죽기 전 어릴 때 다정했던 형의 모습으로 웃으며 용서해라는 말을 하던 이타치를 떠올리고 나뭇잎마을을 부수리라 결심한다.

호타루는 쓰러진 나루토와 우타카타를 보고 충격을 받아 눈물을 흘린다. 한편 야마토 일행은 기지를 발휘해서 아카보시 일당을 해치우는데 성공한다. 한편 우타카타는 거품으로 시라나미의 손을 잡아 인을 맺지 못 하게 만들지만 호타루의 상태는 더욱 안 좋아진다. 시라나미의 손을 풀어주지만 너무 방대한 자연에너지를 흡수한 호타루의 몸은 폭발을 향해가고 나루토는 호타루의 진실한 마음과 스승의 사랑을 항변한다. 기회를 보고 달아난 시라나미, 나루토는 시라나미를 잡으러 가고 우타카타는 옛날 스승이 자신에 살라고 한 말을 떠올리고 육미의 힘을 빌어 호타루를 구하는데 성공한다. 금지된 술법은 사라지고 우타카타와 함께 수행을 하러 길을 떠난 호타루, 우타카타는 안개마을의 츠루기일행을 만나러 잠시 길을 벗어나지만 그런 우타카타 앞에 페인이 나타나고 결국 우타카타는 페인의 손에 쓰러지고 만다.

나뭇잎마을 숲에서는 어젯밤, 침입하려고 했던 다른 나라 닌자와의 전투가 있었다. 아직 숲이 위험한 상태인 것을 모르고, 나루토는 반 친구들과 친해지기 위해, 닌자의 시체에서 전리품을 빼앗으려고 숲으로 들어갔다. 이루카는 바로 뒤쫓아가, 데리고 나오려고 했지만, 나루토는 매몰차게 거절한다. 이루카는 나루토가 품고 있는 고독을 보고, 놀라는데… 그 때, 동료의 밀서를 찾고 있는 적, 닌자들이 나루토와 이루카를 공격한다…!

마을을 빠져 나간 사스케를 데려오기 위해, 아카츠키로부터 몸을 지킬 술법을 익히기 위해, 지라이야와 함께 수업 여행을 떠나는 나루토. 사륜안(写輪眼)의 특기인 환술에 대항할 술책을 터득하려고 생각한 지라이야는, 예전에 신세를 졌던 마을에 나루토를 데리고 가게 되었다. 마을을 둘러 싸고 있는 숲에는 특수한 자기장이 있어, 뇌 속의 차크라에 영향을 주어 사람들을 환술과 비슷한 상황에 빠지게 한다. 도착한 지라이야는 안면이 있는 소년 타니시와 재회하게 되는데….

오랫동안 도적단의 피해로 고통 받아 온 마을에 파견가게 된 제7반과 제10반의 여러가지 장면들. 절벽에 있어 타고난 요새로 동화된 도적의 아지트를 공격하기 위해, 상급 닌자 카카시와 아스마는 잠입 경로를 확보하러 떠난다. 남은 하급 닌자들만 남았지만- 그들 눈 앞에서 도적단의 배반자 토우후우가 적에게 붙잡혀 있었다. 피할 수도 없는 상태에 긴장한 하급 닌자들. 지장(知将)으로 불리는 바지가 거느리는 수십명의 도적과 인질, 견고한 요새를 앞에 두고 ‘책사(策士)’ 시카마루가 쓴 방법은….

자욱이 끼는 안개 때문에 나루토들이 타는 배는 해상에 붙어 강요했다. 한가한 시간을 주체할 수 없는 일행은 왠지 무서운 이야기하기로 들떠 오르는데, 도깨비와 귀신 이야기가 정말 싫은 나루토는 강한 척 해 보지만 무서워서 견딜 수가 없다. 그런 가운데 안개 속에서 한 척의 배가 나타난다. 나루토는 그 배가 조금 전의 괴담에서 들은 유령선이 아닌가 생각해 무서워하는데, 타고 있던 것은 유령이 아니라, 히샤쿠라는 소년 선원이었다. 하지만 그 정도로 큰 배이면서도 그 배에는 히샤쿠 이외의 승무원이 한 명도 없다. 의심스럽게 생각한 야마토가 그 이유를 물어보는데 .

대전을 앞에 둔 나뭇잎마을은 준비를 서두르고 있다. 긴장감이 고조되는 마을의 상황에 어느 때보다 의욕이 만만해진 코노하마루는 자신도 선배 닌자들과 함께 전쟁터에서 적과 싸워 공을 세우고자 한다, 하지만 아직 젊고 견습직인 하급 닌자 코노하마루가 전쟁터에 나갈 수 있을 리가 없다. 그래서 동료인 우동과 모에기를 끌어들여 어떻게 하면 공을 세울 수 있는지에 대해 선배닌자인 사쿠라나 시카마루에게 물어보려고 한다. 하지만 누구 하나도 받아주지 않아 억울해 하는데. 우동과 모에기는 공을 세우기를 초조해 하는 코노하마루를 걱정하지만….

오래간만의 휴가에 마음 편하게 마을의 교외를 산책하는 사이. 부흥이 진행되고 있기는 하지만 아직도 일손이 채워지지 않은 상황을 실감하고 있는데 부서진 건물 사이에서 놀고 있는 아이들과 만나게 된다. 서로 장난치는 아이들의 모습은 어딘가 사쿠라와 나루토의 모습을 연상시켰다. "동료"와 "친구"의 차이를 물어 보는 아이들의 천진난만한 질문에 쓴웃음을 짓는 사이지만.

구미의 힘을 컨트롤 하기 위해 자신의 정신세계 안에서 싸우는 나루토. 그 싸움을 현실세계에서 바라보고 있는 킬러비와 야마토는, 나루토에게 나타난 변화에 당황함을 감추지 못한다. 증오의 귀신인 구미의 영향을 받아 눌러두었던 “어둠”이 나루토의 마음 속에서 다시 나타나기 시작한 것이다. 그 때, 정신세계에서는 킬러비들의 예상대로 나루토가 “어둠”에 지배당하기 시작하고 있었다. 필사적으로 저항하는 나루토지만, 미움과 절망의 감정은 점점 나루토를 집어 삼키고…

나루토와 사스케, 두사람이 처음 만났던 시절. 나루토는 부모를 잃고 마을 사람들에게 구미 괴물이라고 미움을 받으며 고독한 나날을 보내고 있었다. 한편 사스케도 부모를 죽인 형 우치하 이타치에게 복수를 품으며 고독한 나날을 보낸다. 다른 것 같지만 비슷한 마음을 가지고 있는 두사람. 사이는 좋지 않지만 사쿠라나 카카시라는 동료와 만나, 유대감을 싹틔운기 시작한다. 그러나 사스케는 “우치하”의 피를 잇는 천재닌자. 사스케와의 실력차에 나루토는 초조해지기 시작한다.

사스케는 동료를 위해 미수화된 가아라와 싸우지만 힘으로도, 증오의 크기로도 역부족이었다.. 더욱이 이타치가 나타나 복수를 불태우는 사스케였지만 전혀 상대가 되지 않고, 이타치에게 복수하기 위해 살아왔던 사스케는 절망에 빠지고 만다.

자신이 모르는 사이 이상할만큼 강해져 가는 나루토에게 자신의 약한 모습을 보이고 싶지 않은 사스케. 더욱더 큰 힘을 위하여, 복수의 어둠에 잠겨가는 사스케의 앞에 오로치마루가 모습을 드러낸다.

적의 수를 읽고 반격에 나서는 카카시들이었지만 카부토의 예토전생술에 의해 역대 닌자들 중 가장 강하다고 일컫어지는 안개마을 전임 닌자도7인방이 나타나 폭주한다. 카카시부대에도 희생자가 속출하던 중, 과거에 결판을 냈었던 자부자, 하쿠와의 무의미하고 슬픈 싸움에 종지부를 찍기 위해 그리고 그들의 죽음을 존중하기 위해. 카카시는 결사의 작전을 짜서 완전하게 의식이 속박된 자부자와 하쿠를 상대하고, 그 옛날의 결투광경이 재현된다.

전승이 된 ‘천상의 창’이 나타나고, 세계를 멸망시키려는 ‘힘’을 방출 시키기 시작한다. 그 ‘힘’에 의해 복제 구미는 더욱더 흉악한 모습으로 변하여 막강한 ‘힘’으로 땅을 파내고 ‘홀’을 파괴한다. 그 ‘힘’ 앞에 아무 것도 할 수 없는 나루토는 날아오는 공격이 몸을 관통하고 죽음에 처하게 되지만, 희미한 인식 중 ‘힘’을 빌린다고 말하는 구미의 속삭임과 함께, 그 사람의 소리가 들려 온다. 과연 장렬한 싸움의 행방은? 그리고 도쿠 일행은 무사히 살아 남을 수 있을까?!

차나라에 인질로 있었던 어린 후계자 슈와 나루토를 맞바꾸는 작전이 성공했다! 이제는 무사히 어린 후계자를 피나라까지 데리고 가는 일만 남았지만, 슈는 마을을 둘러 보고 싶다고 이야기를 꺼낸다. 한편, 슈의 모습으로 변한 나루토는 타테와키에게 정체가 발각 되고, 무섭게 다가오는 타테와키와 사무라이들에게 둘러싸인 절체절명의 대위기. 그러던 중 갑자기 슈가 있는 성 아래 마을 쪽에서 폭발이 일어났다! 위로 솟아오르는 연기 가운데, 아카츠키인 데이다라와 사소리가 모습을 나타낸다.

중급 닌자 시험 2차 시험을 중지로 몰아넣은 거대한 모래 폭풍이 점차 잦아들기 시작한다. 한편 응시자들을 구출하러 다니던 가아라는 암살자의 함정에 빠지는데... 설상가상으로 가아라를 구하러 달려온 후우마저도 미수를 빼앗길 위기에 처한다.