In den Kampf um das Leben Kankuros hat sich das Geschwisterpaar Chiyo und Ebizo eingeschaltet. Vor allem die Schwester erweckt Hoffnung, dass sie ein Gegengift entwickeln kann, aber dem ist nicht so. Nun geschieht das Schlimmste, was ihr passieren kann, sie muss Tsunade in Konoha um Hilfe bitten. Die zeigt sich gönnerhaft und schickt sofort das Team Guy los …

Kakashis und Guys Team sind nun beide vor der Höhle angekommen, in der sich nach Aussage von Pakkun Gaara befinden soll. Doch prompt stehen sie vor der nächsten Hürde, denn sie kommen nicht hinein. Die Tür ist mit einer fünffachen Barrikade versiegelt, die nur unter bestimmten Bedingungen beseitigt werden kann.

Im Kampf zwischen Sasori, Chiyo und Sakura scheint Sasori die Oberhand gewonnen zu haben. Sakura und Chiyo sind verwundet, doch mit letzter Kraft gelingt es Chiyo, Sakura zu heilen und den ultimativen Schlag gegen Sasori auszuführen. Bevor er stirbt, verrät er Sakura noch, dass er sich mit seinem Spitzel, den er bei Orochimaru eingeschleust hat, in zehn Tagen treffen will.

Da Sakura von Sasori die Info erhalten hat, dass es in wenigen Tagen an der Brücke zwischen Himmel und Erde ein Treffen geben soll, bei dem sie möglicherweise etwas über Sasuke erfahren kann, soll nun ein Team gebildet werden, dass diese Mission übernimmt. Kakashi fällt aus, weil er sich erstmal ausruhen muss, aber wer soll dann mit Naruto und Sakura gehen?

Yamato und sein Team suchen im geheimen Berg von Orochimaru nach Sasuke, doch es gibt so viele verwinkelte Wege und Zimmer, dass es fast aussichtslos scheint, ihn zu finden. Naruto bricht zusammen, weil ihm das Chakra des Fuchsgeistes immer noch zu schaffen macht und so bietet Sai an, allein weiter nach Sasuke zu suchen und Naruto, der glaubt, Sai stünde auf ihrer Seite, lässt es zu.

Das Team Yamato erreicht den Feuertempel, und Naruto muss feststellen, dass Soras Verhalten ihm gegenüber immer provozierender wird. Nun ist Naruto kein Kind von Traurigkeit und will beweisen, dass auch er in der Lage ist, „auszuteilen." Es kommt zu verschiedenen Auseinandersetzungen, in denen es ihm gelingt, sich Respekt zu verschaffen.

Asuma begreift langsam, dass die vier Leichen von Kitane, Seito, Too und Nauma gestohlen wurden, um sie mit dem Jutsu der Wiedererweckung zurück zu holen, damit sie den vor Jahren gescheiterten Putsch nun endlich zum Erfolg führen können. Die Vier hören nur auf die Befehle desjenigen, der sie „erweckt" hat, doch bisher weiß niemand, um wen es sich handelt.

Kakashi und Co erfahren von Yukimaru, dass Naruto und Guren sich im Bauch des Sanbi aufhalten, und da sein Glückskristall heil ist, geht er davon aus, dass es den Beiden gut geht. Das sehen Naruto und Guren derzeit nicht so, weil der Sanbi in seinem Inneren ein ganzes Heer kleiner Sanbis trägt, das es offenbar auf die Eindringlinge abgesehen hat …

Sasuke konnte den Kampf gegen Orochimaru gewinnen. Im Anschluss daran befreit er Suigetsu aus Orochimarus Gefängnis. Suigetsu koppelt einen Zusammenschluss mit Sasuke an die Bedingung, zuerst das Schwert von Zabuza zu suchen. Dafür begeben sie sich in das Reich der Wellen, wo der Leichnam von Zazuba beerdigt liegt. Als sie dort angelangen, können sie das Schwert nicht ausfindig machen.

Während Sasuke und Suigetsu auf dem Weg zum ehemals südlichen Stützpunkt von Orochimaru sind, versucht Suigetsu mehr über seinen Begleiter herauszufinden. Am Versteck angekommen, begeben sich die zwei Shinobi auf direkten Weg in das Verlies. Kurz darauf treffen sie auf Karin, welche Sasuke überreden möchte, sie zu begleiten.

Auch Deidaras C4-Bomben konnten gegen Sasuke nichts bewirken. Deidara wird anschließend immer wütender, denn jeder verachtet seine Kunst. Deidara ist gezwungen, zu seinem letzten Mittel zu greifen. Er öffnet den Mund an seinem Herzen und füttert ihn mit dem explosiven Lehm. Dadurch wird Deidara selbst zu einer Bombe, welche in einem Radius von 10 Kilometern alles vernichten wird.

Weiterhin muss sich Jiraiya einen Kampf gegen seinen ehemaligen Schüler Nagato stellen. Im Verlauf der Auseinandersetzung erscheinen zwei weitere Körper von Pain. Alle drei Gegner sind im Besitz des Rinnegans. Einen der Rivalen kann Jiraiya schnell bewusstlos schlagen. Um die anderen Zwei besiegen zu können, setzt er das Goemon ein.

Tobi konnte zuerst den bewusstlosen Sasuke ausfindig machen und zu sich holen. Als Sasuke das Bewusstsein wieder erlangt hat, erzählt ihm Tobi die wahre Geschichte über seinen Bruder sowie Madara. Er berichtet über Konohas Gründung und die Feindschaft zwischen dem Uchiha-Clan und dem Senju-Clan.

Naruto und das restliche Team kehren zum Berg Katsuragi zurück. Dort angekommen, erzählt Hotaru, dass es der Wunsch ihres Großvaters war, das verbotene Jutsu in ihrem Körper zu verpflanzen. Mithilfe des Jutsus wollte sie die Ehre ihres Clans wiederherstellen. Tonbei möchte daraufhin das Jutsu zerstören, jedoch weigert sich Hotaru und verschwindet.

Endlich konnte Naruto das Jutsu der Weisen im Land der Kröten erlernen. Fukasaku macht ihn trotzdem auf einige Risiken bei der Anwendung des Jutsus aufmerksam. Unterdessen wird Konoha von Tendo, einer Gestalt von Pain und seinen Gefolgsleuten angegriffen. Die Ninja konnten die Schutzbarrikaden des Dorfes überwinden, worauf die Bevölkerung in Panik gerät.

Naruto, Fukasaku und Shima stellen sich gemeinsam einen Kampf gegen Pain und seinen sechs Gestalten. In der Auseinandersetzung mit dem Gakidō -Körper des Pains, kann Naruto weder Tai-Jutsu noch Nin-Jutsu anwenden, denn dieser Körper ist in der Lage das Chakra von nahezu jedem Jutsu aufzusaugen.

Nagato gibt an allen was mit ihm geschehen ist Konoha und dessen Bewohnern die Schuld. Naruto hingegen glaubt fest an die Ideale, welche ihm Jiraiya beigebracht hat. Naruto holt Jirayas Buch „Geschichten eines mutigen Ninjas" heraus. Nagato ist beeindruckt von Narutos Haltung und setzt im Anschluss ein mächtiges Jutsu als Wiedergutmachung ein.

Die Dörfer Sunagakure und Konohagakure schlossen vor langer Zeit ein Friedensabkommen ab. Als es an der gemeinsamen Grenze zu Unruhen kam, schickten beide Dörfer Ninja los, um nach dem Rechten zu sehen. Die Abgesandten aus Sunagakure, vertrauten ihrem Teammitglied Gaara nicht. Deswegen schickten sie zusätzlich Ninja hinterher, um Gaara bei der erstbesten Möglichkeit gefangen zu nehmen.

Konohamaru, Moegi und Udon wollen einen Artikel für ihre Schülerzeitung verfassen. Thema sollen die Helden von Konoha sein, speziell ihr Lieblingsheld Naruto. Neji, welcher zahlreiche Missionen mit Naruto absolvierte, soll dabei, ihre Hauptinformationsquelle sein. Neji erzählt über ein Ereignis während der Chūnin-Auswahlprüfung. Damals wurde Hinata von zwei konkurrierenden Ninja entführt.

Team Taka kämpft weiterhin gegen den Raikage und seine Mitstreiter. In der Zwischenzeit hört Naruto von Tobi die Geschichte über Sasukes Bruder. Naruto erkennt, warum Sasuke von Rachegefühlen durchtrieben ist und die Chancen, Sasuke wieder nach Konohagakure zurückholen, gleich Null sind. Zudem erzählt Tobi die uralte Legende zweier verfeindeter Familien, den Uchihas und den Senjus.

Wie sich herausstellt, ist Sakuras Liebesgeständnis gegenüber Naruto nur ein Vorwand, damit Naruto nicht weiterhin nach Sasuke sucht. Gemeinsam mit Sai, Kiba, Akamaru und Lee macht sich Sakura auf den Weg, Sasuke zu suchen. Kurz bevor sie zu dem abtrünnigen Ninja stoßen, setzt Sakura ihre Begleiter mit Schlafgas außer Gefecht.

Als erste Amtshandlung nach ihrer Krankheit beruft Tsunade eine Kriegskonferenz zusammen, bei der unter anderem auch Shikamaru teilnehmen soll. Naruto möchte nach der Anstrengung der letzten Wochen in Ruhe in seinem Lieblingsrestaurant eine Nudelsuppe essen. Noch bevor er den ersten Bissen zu sich nehmen kann, wird er von Fukasaku zum Myouboku-Berg beschworen.

Vor langer Zeit hatte Guy seinen Schüler als Belohnung zum Essen eingeladen. Im Verlauf des Abends schauten beide etwas zu tief ins Glas. Dementsprechend können sich Schüler sowie Sensei am nächsten Tag an nichts mehr erinnern. Um seinem Schüler aus dem Weg zu gehen und ihn somit von den Taten der Feier abzulenken, lässt sich Sensei Guy allerhand sinnlose Übungen einfallen.

Guy schwelgt in Erinnerungen. Er denkt an die Ausbildung von Tenten, Neji und Lee zurück. Damals wollte er die Ziele jedes Einzelnen wissen. Daraufhin berichtete Tenten, sie möchte wie Tsunade werden. Auch Lee hat ein großes Ziel: Der junge Shinobi will unbedingt ein großer Ninja werden, auch ohne die Anwendung von Gen- sowie Nin-Jutsu.

Noch immer spricht Naruto im Unterbewusstsein mit seiner Mutter Kushina Uzumaki. Nachdem sie die Geschichte über das Kennenlernen mit Narutos Vater erzählt hat, möchte Naruto noch wissen, was vor 16 Jahren, am Tag seiner Geburt passierte. Erst jetzt erfährt Naruto die wahre Geschichte über seine Eltern.

Während Killer B Naruto hilft sein Bijuu zu kontrollieren, entdeckt Tokuma Hyuuga die Zetsu Armee. Die fünf Kage versammeln daraufhin die alliierten Shinobi, welche in fünf Divisionen aufgeteilt werden. Inzwischen beschwört Kabuto seine mächtige Armee von wiederbelebten Shinobi. Gemeinsam mit Tobi verlässt Kabuto das Versteck und leitet den vierten großen Shinobi Weltkrieg ein.

Während des Kampfes wird sich Sasori über seinen unsterblichen Körper bewusst. Daraufhin setzt Sasori Shin ein, um Kankuros Skorpionpuppe zu besiegen. Wie Omoi erfährt, ist Shins Bauch voll mit Deidaras Ton. Omoi versucht Shin zu stoppen, jedoch geht die Attacke daneben und Deidara lässt Shin explodieren.

Der Ninja-Weltkrieg ist ausgebrochen und die Fürsten der verschiedenen Reiche, die sich zu einer Allianz zusammengeschlossen haben, müssen sich vor den Gegnern verstecken, was ihnen nicht leicht fällt, zumal die Bedingungen ihrer unwürdig sind. Unterdessen werden in der Ninja-Allianz Strategien ausgedacht, wie man den drohenden Angriff der übermächtigen Feinde abwehren kann …

Hanzo, bekannt als Shinobi mit dem Salamander und Mifune, das Oberhaupt der Samurais, treffen wieder einmal im Kampf aufeinander. Das hatte es schon gegeben und damals konnte Hanzo seinen Gegner besiegen. Aber Mifune, der sich als Samurai der Harmonie verpflichtet hat, setzt alles daran, dieses Mal das Blatt zu wenden, obwohl Hanzo anfangs sogar Gift anwendet.

Naruto fragt sich nach wie vor, warum so viele Wachen um ihn herum sind. Als dann auch noch Iruka, sein erster Sensei, in dem Versteck auftaucht, ist die Verwunderung komplett. Der soll ihn nämlich im Auftrag von Tsunade beschützen. Aber Iruka ist dafür, Naruto die Wahrheit zu sagen, warum er versteckt gehalten wird.

In der Sanitätseinheit werden plötzlich Ärzte ermordet. Aber alle Versuche, den Täter zu finden, scheitern vorerst. Auch Neji beteiligt sich an der Suche, obwohl er im Moment das Byakugan nicht einsetzen kann. Sakura gelingt es durch Zufall, Licht in das Dunkel zu bringen. Als Neji wieder einmal zu ihr kommt, um sich behandeln zu lassen, stellt sie fest, dass es der Falsche ist.

Nachdem der Raikage und Tsunade Naruto haben ziehen lassen, erinnern sie sich daran, wie sie sich kennenlernten: Tsunade suchte nach einer Unterkunft mit einem Casino, um ihrer Spielsucht nachzugehen und ihren Kummer mit Sake zu ertränken. Der Raikage suchte das gleiche Dorf auf, um den schwer unter einem Insekten-Geschwür leidenden Karai von dem Ninja-Arzt Amai behandeln zu lassen.

Kakashi und Guy erfahren, dass eine Einheit nach heftigen Verlusten Unterstützung braucht. Es haben nach mehreren Kämpfen nur Omoi, Yurui , Nurui und ein paar andere überlebt und sie haben es als Gegnerin mit der wiedergeborenen Ameyuri Ringo zu tun, die zu den Sieben Shinobi Schwertkämpfern gehörte und mit ihrem ersten Jutsu gleich Yurui ausschaltet.

Gaara und Oonoki stehen den durch Edo Tensei wiederbelebten Kage gegenüber. Auch Rasa, der Vater von Gaara, welcher ihn einst umzubringen versuchte, ist unter ihnen. Für ihn war sein Sohn wertlos, da es Gaara als Kind nicht gelang, Shukaku zu kontrollieren und Gaara nur zu diesem einen Zweck geboren wurde.

Der mit Edo Tensei wiederbelebte 3. Raikage soll besiegt werden, aber was auch versucht wird: Kein Jutsu führt zum Erfolg, obwohl Temari das Windversteck beherrscht, und Naruto es mit einem neu entwickelten Rasengan probiert. Dodai, ein früherer Gefährte des 3. Raikage gibt dann allerdings entscheidende Tipps.

Nachdem Kabuto es mit Hilfe der wiederbelebten Viererbande aus Otogakure gelungen ist, Kiba, Shikamaru, Choji und Neji die Seelen zu entnehmen und in einem speziellen Bannkreis einzusperren, in der sie dann eine Gestalt einnehmen, versuchen ihre in „Freiheit" gebliebenen Kameraden alles, um sie zu retten. Und das muss schnell gehen.

Um den entführten Prinzen Shuu zu befreien, muss Shikamaru sich mit seinem Team etwas Besonderes einfallen lassen. Da passt es sehr gut, dass in dem Schloss, in dem der Prinz gefangen gehalten wird, ein Essens-Wettbewerb stattfindet. Es geht darum, wer am meisten verspeisen kann. Da ist natürlich Choji gefragt.

Yota scheint im Moment an mehreren Stellen gleichzeitig zu sein, aber welcher ist nun der echte? Und warum ist Yota überhaupt hergekommen? Gibt er Naruto und seinen Freunden die Schuld an seinem Tod? Damals hatten sie Yota befreit, als er gefangen gehalten wurde, und in Schwierigkeiten war. Auf der Flucht mussten sie einen Fluss durchqueren, bei dem Yota fast ertrunken wäre.

Omoi verlässt Hals über Kopf seine Einheit und schwächt sie dadurch sehr. Anfangs weiß keiner, was er vorhat, doch es stellt sich heraus, dass er der Raiun-Einheit zu Hilfe eilen will. Sie besteht aus sieben hochtalentierten Kindern, die vorrangig als Versorgungseinheit eingesetzt wurden, doch sie stecken in großen Schwierigkeiten.

Killer B und Naruto kämpfen gegen die Träger, die vom Rinnegan und vom Sharingan Besitz ergriffen haben. Sie erhalten Hilfe von Kakashi und Guy.

Der Kampf zwischen den fünf Kage und Madara geht weiter.

Kabuto versucht Sasuke davon zu überzeugen, sich ihm anzuschließen, um Konoha zu vernichten. Doch sie haben einen Interessenkonflikt.

Kabuto steht in Itachis Bann. Um die Seelen-Wiedergeburt aufzuhalten, wendet er die Hand-Versiegelungs-Technik an.

Vor seinem angeblichen Tod gab Obito Kakashi sein Sharingan und bat ihn, Lin zu beschützen. Nach seiner Rückkehr kann er nicht fassen, dass sie gestorben ist.

Orochimaru ist enttarnt und will aus dem Feuerreich fliehen. Danzos Doppelagent Kinoe bittet den Iburi-Clan, bei der Flucht des Abtrünnigen zu helfen.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Itachi wird als Doppelagent und Informant Mitglied der ANBU-Einheit. Zusammen mit Kakashi geht er auf seine erste Mission.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Naruto, Kyubi, Kakashi, Guy und Hachibi setzen ihren Kampf gegen Obito und Madara fort. Der Dämon der Unterwelt ist kurz davor, das Juubi zu erwecken.

Eine erneute Rückblende zeigt, wie Hashirama und Madara in Konoha das erste Mal auseinanderdriften.

Sasuke ist wieder mit seinen Freunden vereint und berichtet von seiner Entscheidung, ein Hokage zu werden. Neben Team 7 bricht ein erbitterter Kampf aus.

Nach der Niederlage gegen Kakashi in der Dimension von Kamui ist Obito in schlechter Verfassung. Er nimmt das Juubi vollständig auf und wird zu seinem Träger.

Die Äste des Shinju haben Shikamarus physische Energie und einen Teil des Ninja-Bündnisses aufgenommen. Die fünf Kage eilen zu Hilfe.

Madara ist außer Gefecht gesetzt und Naruto will ihn mit einem Shuriken zerstören. Gaara erinnert sich daran, wie sich seine Beziehung zu Naruto entwickelt hat.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Hanabi will stärker werden, um ihren Clan zu beschützen. Sie erachtet es als Zeitverschwendung, dass ihre Schwester an der Chunin-Prüfung teilnimmt.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Nach ihrer Ankunft in Suna fragen sich Kandidaten, was sie in der Dämonen-Wüste erwartet.

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Um die zweite Prüfung zu bestehen, sucht Team Kurenai nach den Schriftrollen.

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Sakura, Ino und Choji haben sich fast für den dritten Test qualifiziert und werden plötzlich von einer bösen Puppenspielerin und deren Handlangern angegriffen.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Gaara and Fuu werden vom Team Gai gerettet.

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Guy beschließt sich gegen Madara zu wehren und öffnet das achte Himmelstor, um ihn zur Rede zu stellen. Unterdessen versucht Kabuto, Sasuke wieder zum Leben zu erwecken.

Konohamaru bittet Naruto, der in das Dorf zurückgekehrt ist, ihm eine neue Technik zu zeigen. Der junge Sarutobi versucht indes, die Rotation zu meistern.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Das Tsukoyomi ist nun aktiviert und alle Ninjas festgesetzt. Yamato, der in Gurugurus Körper gefangen war, wird befreit.

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Bevor sie im Kokon des Götterbaums gefangen wird, erinnert sich Karin an ihre Kindheit und an die Zeit, die sie mit Orochimaru und Sasuke verbracht hat.

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Die Anführer der Konoha-Einheit wurden von Akatsuki entführt. Die Genin befinden sich allein auf feindlichem Gebiet und werden angegriffen.

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Der geheimnisvolle Maskierte und seine Gefolgschaft wollen scheinbar unbedingt das makabre Experiment fortsetzen, das Shinobi zerstören könnte.

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Obwohl sich das kleine Team Befehlen widersetzt hat, ist der Hokage nachsichtig. Im Uchiha-Clan geht das Gerücht einer Revolte um.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Pain, der neue Anführer der Akatsuki, giert nach Rache und greift Konoha an. Kann Naruto ihn mit seinen Sen-Jutsu aufhalten?

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Itachi ist der kriminellen Vereinigung Akatsuki beigetreten. Kann er – umgeben von blutrünstigen Mördern – seinen Werten treu bleiben?

Zetsu versucht, Kaguya wiederzubeleben, und das Chakra der Welt steht kurz davor, wiedervereint zu werden. Naruto und Sasuke sind die letzte Hoffnung der Menschheit.

Der Geist des Eremiten Rikudo kehrt zu seinen Wurzeln und dem Ursprung des Ninshuu zurück. Ein wichtiges, bisher unbekanntes Kapitel der Geschichte wird offenbart.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Angesichts Kaguyas unermesslicher Macht ist Kakashi bereit, das ultimative Opfer zu bringen. Doch sein alter Weggefährte Obito kann ihn erneut überraschen.

Schon in der Grundschulzeit an der Akademie mussten Sasuke und Sakura die ersten Schicksalsschläge erleiden.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Sasuke sucht nach Antworten über die menschlichen Bomben. Er trifft sich mit Orochimaru, der ihn zu einer geheimnisvollen Insel führt.