Naruto fue puesto en un equipo junto a Hayama Shirakumo, Tekuno Kanden y Kosuke Maruboshi para vigilar las fronteras de la aldea después de la invasión de Orochimaru y Sunagakure de la aldea. Este último destacó que Minato había dejado un buen hijo, y demuestra que es una de las pocas personas que sabía del linaje de Naruto. Kosuke ha sido un genin de más de cincuenta años, por esa razón los otros ninjas lo llamaron el Genin Eterno. Cuando todavía era un niño, tomó una decisión imprudente que le costó la vida de sus compañeros de equipo. Sintió mucha vergüenza de esto, y sentía que no era digno de ser promovido más allá del rango de Genin. A pesar de ello, él continuó entrenando arduamente para mejorar sus habilidades. Ha servido bajo las ordenes del Segundo Hokage, el Tercer Hokage, el Cuarto Hokage e incluso, la Quinta Hokage. En otros puntos, luchó junto a Jiraiya y Sakumo Hatake. Los ninjas de Iwa hicieron un plan de invasión pero al final fueron derrotados por el equipo de Hayama Shirakumo.

La situación sobre Sasuke, empaña los sentimientos de sus camaradas de su antigua aldea, mientras él quiere dar el gran asalto en la reunión. Uno de los ninjas de la aldea de la niebla, usuario del Byakugan, ve que Danzō tiene el Sharingan en su poder, lo cual pide que quite sus vendajes, ante esto llega sorpresivamente Zetsu. Naruto piensa si Sasuke ha sido consumido por la venganza, ante tantos recuerdos se le aparece Madara que desea hablar con el.

Sasuke usando un genjutsu no puede abatir a Danzō que usa un sello que deja inmovil al Uchiha, Danzō coje su katana para ultimarlo, pero Sasuke reliza Susano'o más completo que puede aún disparar ataques a distancia, Madara explica los 10 sharingan que tiene Danzō lo cual puede utilizar la técnica prohibida por los Uchiha, Izanagi, aparte que tiene implantado ADN del Primer Hokage lo cual lo hace más hábil al utilizar esta técnica. El rival de Sasuke utiliza una invocación Baku, lo cual intenta aplacar a Susano'o, en el momento que Sasuke utiliza un Katon, Danzō logra ver un modo de ataque siendo golpeado por Susano'o, mientras Karin se da cuenta del tiempo que demora un ojo al cerrarse. Los dos protagonistas de esta batalla dan sus mejores ataques, al final Sasuke con su Chokuto y Danzō con un arma de chakra logran atravesarse mutuamente, sin saber si es el verdadero Danzō.

Los señores feudales aprueban una alianza shinobi, mientras los Kages regresan a sus respectivas aldeas, el Kazekage revela lo sucedido en la reunión que tuvo con el resto de Kages, todas las naciones tienen el objetivo de detener a Madara.

El barco donde va Naruto es atacado por unos piratas que tomaron la isla. Naruto pelea para vengar a los pobladores de la isla y recuperar a su protector.

Naruto ayuda a una joven de la aldea de Nadeshiko llamada Shizuka de un tipo llamado Kokuyō que desea casarse con ella.

Motoi cuenta el pasado que hubo entre Killer Bee y el, el odio de los aldeanos hacia el Jinchūriki del ocho colas, y que él intentó matarlo pero se dio cuenta que Killer Bee sufría más por el deprecio. Naruto después de escuchar recuerda que él y Gaara, aunque hayan sido al principio odiados por sus propias aldeas, pueden hacer muchas cosas. En ese momento un calamar ataca a Motoi, llegando Killer Bee a salvarlo y hacerle darse cuenta que siempre será su mejor amigo.

Kabuto encuentra a la tortuga gigante mediante su invocación de Manda II la cual ataca la isla causando un alboroto, ahora junto a Deidara deciden atrapar a los Jinchūrikis. Ōnoki y compañía se apresuran para detener el ataque, Kurotsuchi puede atrapar a Kabuto, en ese momento Yamato se prepara para interrogar a Kabuto pero este se transforma y escapa devorando a Yamato, Kurotsuchi trata de detenerlo pero Kabuto se esconde dentro de Manda II que luego desaparece. Ya en la guarida de los Akatsuki Kabuto lleva a Yamato frente a Tobi quien esperaba a los Jinchūrikis pero Kabuto alega que Kabuto fortalecerá a los Zetsus blancos para la guerra.

Cuatro Kages han sido resucitados por el Edo Tensei de Kabuto el segundo Tsuchikage, el tercer Raikage, el cuarto Kazekage y el segundo Mizukage lo cual Gaara puede ver con su ojo secreto a los rivales, mientras que en las costas en la división de Darui hay gente revivida con el justu al igual que Zetsu blancos. Los Kages ven eso como una fuerte confrontación, pero Shikaku da algunos detalles y estrategias de como las divisiones pueden formar "cadenas" ayudándose unas a otras para facilitar la victoria enemiga; no obstante el Tsuchikage hace mención que su predecesor y maestro tiene un Kekkei Genkai especial.

Naruto y Killer Bee salen de la barrera, Zetsu encuentra a los señores feudales pero es interceptado por la Mizukage entonces se genera una batalla, en ese momento Zetsu siente el Chakra del Kyūbi y el Hachibi por lo cual le informa a Madara quien se dispone a participar también en la guerra, mientras que la primera división de Darui logran atrapar a Dan, Kakuzu y logran derrotar a todos los Zetsus blancos cuando parece que la victoria es de la alianza aparece Madara el cual invoca al Gedo Mazo. Chōji y su padre tratan de detenerlo pero no pueden el Gedo Mazo libera su poder acabando con todo, entonces Madara se dispone a tomar el Benihisago y el Kohaku no Jōhei donde los hermanos Ginkaku y Kinkaku están sellados pero Shikamaru trata de detenerlo sin éxito. Por la noche toda la alianza tendrá que estar alerta por los Zetsus blancos que se han infiltrado

Naruto y Killer Bee van hacia el campo de batalla, donde se topan con algunos shinobis que en realidad son Zetsus blancos, entonces se inicia el combate, donde Naruto utiliza diferentes técnicas derivadas del rasengan además de convertir a los Zetsus blancos en árboles cuando son golpeados, mientras que Madara está al tanto de la situación y concluir que Naruto siente la maldad del enemigo. La división médica descubre la verdad de los Zetsus blancos por lo que informan al cuartel general. Otros shinobis se encuentran con un usuario del Jiton de Kumogakure el cual los pone en aprietos pero Naruto lo vence con rasengan y es sellado, Mientras que Gaara y Ōnoki se preparan para pelear contra los cuatro kages pasados.