Alors que l'Edo Tensei est levé, Madara reste intact sur le champ de bataille... Sasuke a pour idée de demander de l'aide à un homme de savoir et décide de ressusciter Orochimaru.

Alors que la guerre touche à sa fin et qu'il est question de signer un accord de paix, le 3e Hokage annonce qu'il compte laisser sa place. Son successeur décide de confier une mission importante à Kakashi, toujours meurtri par la disparition de Lin.

Un repaire abandonné d'Orochimaru est découvert. Le Hokake charge Kakashi de l'inspecter, tandis que Danzô y dépêche Kinoe...

Malgré la mort de Neji, le combat doit continuer. Naruto transfère le Chakra de Kyûbi à ses compagnons, et tous repartent à l'attaque, bien décidés à venger leur frère d'armes !

Avec leurs créatures, Naruto, Sasuke et Sakura retournent la situation sur le front. Ils font un trio bien différent de celui que formaient autrefois Jiraya, Tsunade et Orochimaru...

Avec l’aide des membres de l’Alliance, Naruto et Sasuke parviennent à percer la défense d’Obito. Leurs Chakra imbriqués, s’ensuit une joute psychique qui sera décisive...

Retour sur le passé de Naruto : nous voici deux ans après la désertion de Sasuke. Tsunade, qui sait qu’Akatsuki manœuvre dans l’ombre pour s’emparer des Bijûs, décide de tendre un piège à l’organisation criminelle en organisant un nouvel examen de sélection à Konoha et à Suna. Mais elle ignore si les autres Kage se prêteront à ce jeu audacieux...

Dans le désert du Mal, Tenten en est en proie au doute sur ses facultés. Maître Gaï va l’aider à passer un cap.

Victimes des « Arcanes lunaires infinis », les ninjas de la coalition sont plongés dans un monde onirique. Seuls Sasuke, Naruto, Sakura et Kakashi ont pu y échapper grâce au Susanô. Mais impossible de tenter une sortie sans succomber au sort de Madara...

Après une longue absence au cours de laquelle il a suivi un entraînement spécifique, Naruto, apprenti ninja, revient à Konoha sa ville natale.

Depuis que l'Emite Rikudô leur a conféré ses pouvoirs, Naruto et Sasuke semblent être en passe de reprendre la main. Mais Madara est un adversaire décidément plein de ressources...

À l'exception de la Team 7, qui est protégée par le Susanô, tous les autres ninjas ont été entraînés dans un monde de rêve par les « Arcanes lunaires infinis ». Même le Hokage, Tsunade, est tombé dans un état de rêve. Elle se réveille et se retrouver dans le Village de Konoha, où elle découvre le dernier livre de Jiraiya. Elle commence alors à le lire...

Trois ans se sont écoulés depuis que Sasuke a rejoint la police de Konoha, où il en est maintenant un des lieutenants. Mais lui et ses compagnons abusent de leurs prérogatives, ce qui ne fait qu'accroître l'anxiété dans le village, et où les Uchiha restent en mauvaise posture. Maintenant que son entraînement avec Jiraiya est terminé, Naruto retourne lui aussi au village de Konoha. Il retrouve alors son ami Sasuke au milieu de la ville...

Ayant connu la Grande Guerre Ninja lorsqu'il était encore qu'un jeune enfant, Itachi s'interroge constamment sur le sens de la vie et de la mort. Ce qui l'éloigne peu à peu des autres enfants de son âge. Juste après son entrée à l'Académie, Itachi montre tout l'étendue de son talent et se retrouve rapidement en tête de sa classe.

Il y a des centaines d'années, Ôtsutsuki Kaguya est descendu des cieux, surprenant alors tous les habitants du Pays de So. Mais leur roi, Tenji, est fasciné par elle et la prend pour sa concubine. En cette ère de guerre sans fin, Kaguya ne souhaite rien d'autre que la paix. Mais en tant que protectrice autoproclamée de l'Arbre Divin, elle se retrouve bientôt engloutie par les marées du chaos et de la guerre.

Près de l'arbre divin se trouve une zone connue sous les « Sommets de la Mort ». Personne n'est autorisé à s'en approcher, sauf les élus choisis par Kaguya pour subir un rituel qu'elle a établi. Gamamaru, encore un jeune crapaud à l'époque, la vérité qui se trouve au-delà du sommet à Hagoromo et son frère. Ces derniers décident de partir là-bas pour la voir de leurs propres yeux.

Tandis que le combat entre Naruto et Kaguya continue, Obito et Sakura cherchent Sasuke, tandis que Naruto et Kakashi font diversion pour tenir Kaguya à l'écart. Arriveront-ils à leurs fins ?