やっと訪れた束の間の平和を打ち破る『大蛇丸のアジト』発見の報。報せを受けた綱手は直ちにカカシ、ヒナタ、シノ、キバによる探索班を結成し、早速アジトを探らせる事に。一方、新術『風遁螺旋手裏剣』が、術者をも蝕む術である事を感じ取り、悩みに悩むナルトは、丁度里に戻ってきた自来也に新たな術を伝授してもらう為、共に温泉郷へと旅立ってゆく。――丁度その頃、遠く離れた地では大蛇丸の女配下・紅蓮が大蛇丸から与えられた任務遂行の為、部下の選抜を開始する。

木ノ葉にてガマ吉、ガマ竜と共に修業に励むナルト。だがカカシ達が大蛇丸のアジト探索任務に当たっている事を知ると居ても立ってもいられず、綱手に直談判を申し込む。「お前がこの任務に志願するのは何のためだ？」厳しく問う綱手にナルトが提示した答えとは…？　一方その頃、カカシ達は蟲を連れ帰ったシノと合流するが、シノは晶遁に対する免疫を持つ寄壊蟲を増やすため、一度戦線を離脱する事に。木ノ葉のリスク回避のため、引き続き探索続行を決意するキバとヒナタに、カカシが提案した新たなる追尾手段とは…。

カカシ班の援護に出発するヤマト班。ナルトは出発直前にガマ竜の腹に入ることで新術へのヒントを掴むのだった。一方、手がかりのない中、追跡任務を続けていたカカシ達だが、間一髪の差で気取られ、そのまま紅蓮の配下たちと予定外の戦闘へとなだれ込んでしまう。不意打ちにて二手に分断される探索班。苦戦を強いられる中で明らかになるゴズとリンジの能力、そして探索班を待つ運命とは――？