Après avoir tué Orochimaru, Sasuke délivre Suigetsu Hôzuki de sa prison d'eau. Tous deux se rendent au Pays des Vagues pour prendre l'épée du défunt Zabuza. Mais arrivé là-bas, il n'y a plus d'épée. Un habitant leur apprend que l'épée a été prise par un homme nommé Tenzen Daikoku. Ils se rendent dans son palais et éliminent les soldats. Suigetsu prend l'épée et tue Tenzen. Sasuke et Suigetsu se dirigent vers la prison de fer afin d'intégrer Karin à leur équipe.

C'est l'histoire de la jeunesse de Jiraya, à la recherche de sa destinée : sa découverte du Mont Myôboku, ses voyages, sa formation avec le 3e Hokage et ses condisciples Orochimaru et Tsunade et sa vie durant la 3e grande guerre ninja.