ナルトの力を借りつつ、我愛羅に転生忍術を施すチヨバア。術の代償を知るサクラは涙をにじませるが、チヨバアはしっかりとした言葉で若き忍達に未来を託す。やがて目覚めた我愛羅が目にしたのはナルト達の他、我愛羅を慕い駆けつけた多くの砂忍たちの姿だった。我愛羅復活の賑わいの中、ひっそりとその命を終えるチヨバア。転生忍術の真実を知ったナルト達は偉大なくノ一チヨバアのために深く黙祷を捧げるのだった。

いち早く異変に気づいたカブトによる襲撃を受けるカカシ班。不意打ちの形でサイを奪還されてしまうが、サクラに矛盾を指摘されたサイの心にはある変化が生まれていた。戦闘態勢に入ったナルト達を驚かせるサイの驚愕の行動とは――！？そして捕縛したカブトからの情報により、サスケの探索はついに大詰めを迎える。探索の為二手に分かれるカカシ班。走り出すナルトとサクラの胸に、サスケとの懐かしい思い出と別れの記憶が蘇る――。

自来也の元に届く新たなる情報。ナルトの新術に一応の目処が立ったと考える自来也は、暁の動向を探るため旅立ってしまう。骨折の治ったナルトは里に戻り、修業の続きを行うことに。その木ノ葉の里では、カカシからの伝令を受けた綱手が、届けられた謎の結晶の調査を開始していた。一方その頃、大蛇丸配下の者たちの探索を続けているカカシ達だったが、シノが晶遁で死滅したと思われていた寄壊蟲の生き残りの気配を察知する。ともすれば敵への有効な切り札となりえる蟲を入手するため、シノは皆と別れ、蟲の探索を開始するが…。

目前でヒナタを倒された衝撃に我を忘れるナルト。かつてない怒りが引き金となり、九尾のチャクラが大暴走を始めてしまう。カツユを介し、ナルトの九尾化を知る仲間達だが、暴走を止める事ができる可能性のあるヤマトははるか遠方で任務についていた。初代火影の首飾りが持つ封印術を完全破壊し、衝動の赴くまま、戦闘を開始する九尾ナルト。対抗する術で九尾捕獲を開始する天道。全てを薙ぎ払う人知を超えた戦いの中、ナルトの尾の数は、遂に八本に届こうとしていた――。