나루토는 이상한 손을 가진 소년이 절을 파괴하는 꿈을 꾼다. 한편 사이는 사람들과 친해지기 위해 책에서 별명과 애칭을 부르면 좋다는 글을 읽고 사쿠라에게 호박이라고 불렀다가 얻어맞는다. 세 사람은 함께 카카시 병문안을 가고 카카시는 나루토만이 가능한 수행으로 자신을 능가할 수도 있다고 말한다. 그러던 중 아스마팀이 카카시의 병실로 찾아오고 아스마는 카카시와 얘기가 있다며 아이들을 불고기집으로 보낸다. 불고기집에서 쵸지에게 뚱땡이라고 부르려던 사이는 나루토의 만류로 위기를 벗어나고 이노에게 특징과 반대로 예쁜이라고 불러 사쿠라의 분노를 산다.

드디어 몸이 회복되어 퇴원한 카카시는 나루토와 함께 수행에 들어간다. 카카시는 나선환을 능가하는 최강의 술법을 만들기 위해서는 차크라의 성질변화와 형태변화가 필요하다며 형태변화는 이미 익히고 있으니 성질변화를 익히자고 한다. 차크라의 성질변화의 종류는 다섯가지, 종이를 이용한 테스트를 통해서 나루토의 성질변화가 바람인 것으로 밝혀지고 카카시는 바람의 성질변화를 익히고 두 가지 변화를 동시에 조합시킬 수 있는 훈련에 들어가겠다고 말한다. 하지만 그러기 위해서는 많은 시간이 필요한데 그 시간을 줄일 수 있는 방법을 생각했다는 것. 그것은 바로 그림자분신의 경험이 본체에 축적되는 것을 이용한 것으로 다중그림자분신을 만들어 훈련을 하여 시간을 단축시키는 것이다. 나루토는 수많은 그림자분신을 만들어 카카시의 지시대로 손바닥위에 나뭇잎을 올리고 차크라만으로 잘라내는 연습에 들어간다.

나루토는 수행에 열심이지만 쉽지 않자 바람의 성질을 가진 아스마에게 찾아가서 도움을 청한다. 얇고 예리하게 칼을 갈 듯이 하라는 요령을 듣고 돌아온 나루토는 수행을 계속한다. 츠나데는 국경 주변에서 일이 생겼다는 말에 아카츠키의 소행인지 긴장하여 아스마와 10조를 보내고 카카시에게는 지라이야와 합류하여 아카츠키의 동향을 살필 것을 명령하고 나루토에게는 D등급 임무를 맡긴다. 수행중에 임무를 맡은 나루토는 툴툴거리다 아스마가 3대호카게의 아들이라는 말에 깜짝 놀라며 친근감이 느껴진다고 한다. 어디서든 수행은 계속할 수 있다는 아스마의 말에 용기를 얻은 나루토는 의욕으로 가득 차서 길을 떠난다.

무덤도굴 사건을 맡아 길을 떠난 나루토 일행. 대단한 실력을 가진 닌자들의 유해가 악용되는 것을 막기 위해 숨겨진 무덤으로 만든 곳이 도굴당했으며 밖에서 열린 흔적이 없어 심상치가 않다. 마침내 임무를 의뢰한 불의 절 일행과 만나기로 한 곳. 불의 절 사람들이 오지 않자 야마토와 사쿠라는 사람들을 찾으러 가고 나루토는 사이와 남는다. 나루토가 겁을 먹었다고 생각한 사이는 책에서 읽은대로 과도하게 위로해주려 하지만 나루토는 그런 사이를 오해하고 혼자 일어섰다가 멧돼지에게 쫓겨 숨겨진 무덤으로 들어가게 된다. 관이 없어진 것을 본 나루토는 정체를 알 수 없는 바람성질의 차크라를 가진 소년을 도굴꾼이라 생각하고 싸우게 되지만 소년은 불의 절의 일원. 불의 절에 간 나루토는 꿈에서 본 절과 같은 모습에 놀란다.

불의 절로 온 치리쿠, 소라와 나루토일행은 네 군데의 숨겨진 무덤에 묻힌 사람들에 대한 이야기를 듣는다. 불의 나라의 영주를 지키기 위해서 결성된 12 수호닌자. 치리쿠와 아스마도 한 때 이 12수혼자의 일원이었다. 하지만 이들 중 일부는 무력으로 쿠데타를 일으켜 나뭇잎마을을 해체시키고 전쟁을 일으켜 세계 통일을 꿈꾸었고 결국 다른 수호닌자와 충돌을 일으켜 쿠데타를 꾀하던 6명의 닌자도 죽지만 4명의 수호닌자도 희생되고 말았던 것. 한편 연습에서 제대로 힘을 쓰지 않는 소라를 본 나루토는 소라에게 싸움을 걸게 되고 둘이서 한참 싸우던 중 소라를 보는 사람들의 차가운 시선을 보고 놀란다. 자리를 뜨고 다른 곳에서 울분을 토하던 소라는 나루토에게 자신의 힘이 거슬리지만 아버지의 복수를 하기 위해 참아야한다고 말한다. 한편 남은 세 무덤 중 한 곳이 파헤쳐지고 시체가 없어졌다는 소식이 들어온다.

츠나데는 무덤 4곳이 다 도둑맞았다는 소식에 시체를 노린 일이라는 심증을 굳히고 사이를 카카시팀에 남겨둔 단조에게도 감시를 붙인다. 나루토 일행은 확 트인 들판에 도착하고 적은 관 4개를 보란 듯이 들판으로 끌고 간다. 함정일 거라 생각한 야마토는 나뭇잎마을의 닌자가 표적인가 생각하고 치리쿠를 남겨두고 뒤쫓아간다. 관은 다시 땅속으로 사라지고 후엔의 설계도에 따라 후도가 술법으로 다른 곳의 땅을 옮겨온다. 지형이 바뀐 덕분에 나루토 일행은 모두 땅속으로 가라앉으며 뿔뿔이 흩어져 빠져나가지 못 하고 그대로 땅속에 갇히고 만다. 소라, 사쿠라와 함께 있던 나루토는 지형이 변한 곳에 멋대로 갔다가 깊은 땅속으로 빨려들어가고 사쿠라와 소라도 땅속으로 떨어진다.

후도와 야마토는 일전을 벌이고 후도는 자신의 공격이 성공한 줄 알고 야마토를 두고 떠난다. 소라는 나루토를 찾겠다며 혼자 가버리고 나루토와 맛난 후우카는 뺨을 핥고는 바람의 차크라 성질을 가졌냐며 입을 맞춘다. 후엔과 마주친 사이는 후엔이 가방에 추적기를 붙이는 바람에 계속해서 여러 가지 함정을 만나서 고전하지만 결국 무사히 달아난다. 사이는 위험에 처한 사쿠라를 구하기 위해 몸을 날리고 사쿠라는 자기 대신 다친 사이를 치료해준다. 후우카는 나루토의 나선환에도 멀쩡하고 토둔에 화둔 수둔 뇌둔까지 여러 가지 차크라성질을 써서 공격해오며 나루토를 깜짝 놀라게 만든다.

후리도는 소라에게 친근하게 말을 걸지만 소라는 후리도에게서 무덤의 흙냄새를 맡고 공격한다. 나루토는 다섯 가지 차크라속성을 다 쓰는 후우카에게 놀란다. 한편 후리도는 소라의 팔에 찬 물건을 없애고 소라는 자신 안에서 끓어오르는 힘을 느끼고 정신을 잃게 된다. 후리도는 깨어난 소라에게 이것이 진정한 너의 힘이라며 큰 힘을 어떻게 쓸지 생각해야한다면서 소라의 아버지를 알고 있다고 말한다. 후우카는 나루토의 공격에 머리카락이 잘못되자 분노하며 나루토를 잡아 입을 맞추며 차크라를 빨아들이지만 구미호의 차크라에 놀라 떨어진다. 소라는 나루토의 비명소리를 듣고 나루토에게 달려오고 사쿠라 사이 야마토와도 만나게 된다. 치리쿠가 지원부대로 달려오자 후리도는 부하들을 데리고 모습을 감추고 야마토는 소라에게 사이 대신 마을로 가서 팀의 일원이 되어달라고 한다.

츠나데는 아스마로부터 국경마을 습격사건에 대한 보고를 받고 여러 가지 가능성에 대해 생각하고 대책을 세운다. 그리고 한 때 아스마도 포함되어 있던 12 수호닌자의 사건에 대해 얘기한다. 12 수호닌자 중 일부가 불의 나라를 군사대국으로 만들겠다며 쿠데타를 일으키려 했고 12 수호닌자는 둘로 갈라져 싸우게 됐고 결국 숨겨진 무덤의 주인 4명과 쿠데타를 일으킨 일당이 죽었던 것. 야마토는 소라가 적의 목표일 가능성이 있다며 마을에 두고 카카시팀으로 두고 싶다고 말하고 츠나데도 이를 승낙한다. 나루토는 소라의 마을 안내를 맡게 되지만 혼자 돌아다니던 소라는 쵸지 키바와 싸움을 일으킨다. 아버지의 죽음에 의문을 품고 있던 소라는 아스마에게 아버지에 대해 묻지만 아스마는 너희 아버지는 신념을 지키기 위해 싸우다 죽었다고만 말한다. 한편 숨겨진 무덤을 털었던 일당은 호박일족의 마을을 공격한다.

야마토는 새로운 팀원으로 포메이션 연습을 하려고 하지만 결국 아스마의 말대로 개별수행을 하기로 하고는 아스마에게 나루토와 소라의 수행을 맡긴다. 아스마는 두 사람이 던진 칼이 나무에 큰 구멍을 낸 것을 지적하며 잡념이 들어갔다며 다시 바람의 차크라의 정확도를 높이라고 지시한다. 한편 치리쿠는 츠나데에게 놀라운 사실을 알린다. 소라는 예전 쿠데타를 일으켰던 카즈마의 아들로 10년 전 어마어마한 힘으로 폭주하여 불의 절을 엉망으로 만들었다는 것. 소라는 아스마가 두른 허리띠를 보고 늘 하얗고 깨끗한 허리띠를 하고 있었던 아버지의 얘기를 꺼내고 카즈마를 없애야했던 아스마는 복잡한 마음으로 소라의 부서진 발톱을 선물한다. 한편 소라 앞에 나타는 후리도는 아스마가 소라의 아버지를 죽였다고 한다.

츠나데의 명령을 받은 암부는 단조와 단조와 접선중이던 비마을 닌자로 보이는 자를 연행한다. 츠나데가 단조를 추궁하던 중 호무라와 코하루가 나타나고 비마을 닌자라 생각했던 자는 단조의 명령을 받고 비마을에서 정보를 수집하던 자임이 밝혀진다. 호무라와 코하루에게 보고를 올리던 단조의 정보원에 따르면 불의 절에 나타난 4인조의 목표는 소라라는 것을 알게 되고 단조는 소라를 없애자고 한다. 때마침 뒤따라와 얘기를 듣던 소라는 분노하며 아스마에게 아버지를 죽인 것이 당신이냐고 묻고 아스마가 그렇다고 대답하자 어마어마한 힘을 내뿜는다. 아스마는 소라의 손에서 나오는 힘에 놀라고 소라가 위험한 것을 알고 나타난 나루토는 소라 대신 뿌리의 칼을 맞고 크게 다친다. 소라는 후리도를 만나고 후리도는 카즈마에게 불의 나라를 하나로 해야한다며 아버지의 복수를 하라고 부추긴다. 병원에서 퇴원하던 나루토는 불길한 차크라를 느끼고 츠나데를 공격하려던 소라를 막고 뒤쫓아간다.

갑자기 마을에 큰 정전이 일어나고 츠나데는 2급 경계태세를 발동한다. 아스마에게 소라의 습격을 알린 츠나데는 소라를 잡아오라고 이른다. 후리도 일행은 거침없이 마을로 다가와 토둔으로 닌자들을 쓰러트리고 마을 전체를 방어결계로 감싼다. 마을 전체가 방어결계가 걸려 이제 마을에서 그 누구도 나갈 수 없게 묶인 상황, 위기감이 감돈다. 후리도는 불의 나라를 영주 중심 체제로 만들기 위해 호카게를 해치우겠다 선포하고 공격을 한다. 소라는 아스마에게서 놈들이 마을을 섬멸할 것이라는 말에 놀라고 아스마는 소라에게서 카즈마가 썼던 왕장이라는 단어를 듣고 사건의 배후를 짐작한다. 쿠데타의 의지를 잇는 자가 사건의 배후에 있음을 알아낸 것이다.

이노는 몰려든 시체들을 보고 호박일족임을 알아보고 모두 후리도일행이 시체를 무기로 쓰기 위해서 마을을 습격하고 사람들을 죽였다는 사실을 알고 경악한다. 아스마는 코노하마루루에게 위급한 사실을 알리고 발전시설로 향하고 그 곳에서 숨겨진 무덤의 주인이었던 4인이 되살아나는 것을 본다. 나루토는 소라를 쫓아가고 3대 호카게의 명령으로 아스마가 자신의 아버지를 죽였다는 소라의 말을 부정한다. 소라는 나루토를 따돌리고 후리도를 찾가가고 나루토 앞에 후우카가 나타난다. 아스마는 뇌둔술사였던 4명이 전생술로 살아나 최고의 뇌둔술인 번개인을 쓰려는 것을 알게 되어 사쿠라와 야마토에게 다른 뇌둔술사를 막으라고 하고 자신은 키타네와 싸움을 시작한다. 한편 끝없이 밀려드는 시체들의 공세에 나뭇잎닌자들은 지쳐간다. 후리도는 소라에게 빛으로 나뭇잎을 태워없애겠다고 말한다.

왜 마을 사람들까지 죽여야하냐는 소라의 말에 후리도는 문제는 왕장이 아니라 왕장을 믿는 사람들이라며 카즈마도 호카게를 믿는 아스마의 손에 죽었다고 네 개의 번개가 완성되면 함께 마을을 떠날 거라고 한다. 시체들의 공격으로 마을은 위험에 빠지고 시카마루는 직접 현장으로 달려간다. 나루토는 후우카와 계속해서 전투를 벌이지만 수세에 몰리고 키타네는 아스마를 번개묶기로 묶어두고 떠난다. 소라는 마을 사람들을 죽게 할 수 없다며 칼을 겨누지만 후리도는 글너 물러터진 점이 문제라며 너도 아버지처럼 죽고 싶냐며 사정없이 소라를 때려눕힌다. 후엔은 독나방을 이용해 환각을 일으키지만 미리 대비해서 해독제를 준비한 사쿠라의 손에 쓰러진다. 한편 토둔으로 대결을 벌이던 후도와 야마토, 밀리는듯하던 야마토의 준비된 마지막 공격으로 후도는 최후를 맞고 이에 따라 시체부대도 쓰러진다.

후도 후엔의 죽음으로 전생술이 풀리지만 마을을 태워버리는 술법에 대비하기 위해 아이들은 아스마 일행을 찾아나선다. 나우마 세이토 토우는 이미 자리를 차지하고 라임라이트를 발동할 준비를 한다. 후리도는 계속 아버지 얘기로 소라를 자극하고 소라는 아버지의 정의는 살육이 아니라 하지만 후리도는 너는 살육을 위해 태어났다고 단언한다. 후우카와 싸우던 나루토는 머리에 집착하는 후우카를 보고 후우카의 힘의 비밀이 머리칼에 있음을 눈치채고 머리칼을 공격해 후우카를 쓰러트린다. 후리도는 소라에게 출생의 비밀을 밝힌다. 미수와 미수를 봉인한 인간인 인주력의 이야기, 그리고 15년 전 구미호요괴가 나뭇잎을 공격했을 때 흘러나온 차크라를 어린 소라의 몸에 봉인했다는 것이다. 아스마는 결국 키타네를 쓰러트리고 라임라이트를 쓸 수 없게 된 것을 안 후리도는 소라의 봉인을 해제한다.

후리도의 말에 충격을 받은 소라는 이상하게 변해가고 붉은 빛까지 내뿜는다. 아스마는 후리도가 소라의 아버지 카즈마라는 것을 알고 놀라고 후리도는 구미호과 나뭇잎마을을 습격했을 때 흘러나온 차크라를 모아서 5년간 배양하여 소라에게 이식했다고 말한다. 나루토는 자신과 같은 아픔을 가진 소라를 미처 알아주지 못 한 자신을 탓하며 소라를 위로하지만 상처받은 소라는 자신에게 믿을 것은 힘이라며 마음을 닫는다. 소라의 몸에 구미호의 탈이 나타나고 사쿠라를 공격하려는 순간 이노 쵸지 키바 시카마루가 나타난다. 하지만 네 사람의 공격도 소용이 없고 소라는 점점 구미호로 변해간다.

소라는 꼬리가 셋이나 나오면서 의식을 잃고 아이들은 소라를 말리려 하지만 소용이 없다. 아스마는 왜 자기 자식에게 그런 짓을 했냐고 하지만 후리도는 모든 것이 정의를 위해서라고 모두 각자의 왕장을 지킨 것이 아니냐고 하지만 아스마는 왕장이란 그런 것이 아니라고 한다. 나루토는 끊임없이 소라의 의식을 되돌리려고 하지만 오히려 소라의 차크라에 반응하여 나루토마저 구미호의 차크라에 휩싸인다. 후리도는 그 모습을 보며 구미호 요괴가 마을을 괴멸시킬 것이라고 말한다. 야마토의 목둔으로도 나루토를 막을 수 없지만 나루토는 자신을 유혹하는 구미호를 뿌리치고 소라의 의식을 되돌리기 위해서 애를 쓰고 의식을 거의 잃은 소라는 사람들에게 소외당해서 울던 어린 시절의 자신을 떠올린다.

구미호의 힘을 뿌리친 나루토는 큰 상처를 입어 쓰러지지만 사쿠라의 치료도 거부하고 소라에게 향한다. 후리도와 아스마는 계속해서 싸우고 마침 병원을 나온 사이의 도움으로 아스마는 나무에 묶인다. 나루토는 처음 만났던 일과 함께 지냈던 일을 떠올리라며 소라에게 호소하고 후리도는 결국 아스마의 손에 죽음을 맞는다. 방대한 차크라의 힘은 소라의 몸에서 밖으로 빠져나와 자신에 맞는 그릇을 찾으려하고 나루토는 의식을 잃은 소라에게 필사적으로 진심을 전해 마침내 소라의 마음을 이끌어낸다. 정신을 차린 사이는 마을 사람들의 따뜻한 배웅 속에 마을을 떠난다. 아스마는 시카마루와 장기를 두며 장기말을 나뭇잎에 비유하며 자신의 희생말이며 진짜 왕장은 호카게가 아니라며 때가 되면 알게 될 것이라 말한다.