Season three picks up immediately following the events of the gripping season two finale with Audrey having been kidnapped; Nathan warned against pursuing a romantic relationship with Audrey; and Duke seemingly engaged in a fight to the death with Nathan after he discovers his family lineage is to kill "troubled" citizens of Haven.

Audrey se concentre pour aider autant de personnes perturbées qu'elle le peut, et tente de mettre un peu d'ordre dans ses relations, car elle ne sait plus pour combien de temps elle sera Audrey.

Malgré elle, Nathan mène l'enquête auprès de la Garde et de l'une de ses membres, Jordan, avec qui il noue une relation particulière.

Dans un même temps, Duke essaye de prouver à tous qu'il n'est pas un tueur à l'instar de son père, bien que certains soient convaincus du contraire.

Im Laufe der dritten Staffel müssen sich alle Protagonisten von Haven mit ihrem eigenen Schicksal abfinden. So nimmt Duke sein Schicksal an, vor dem sein Vater ihn gewarnt hat.

Questa stagione introduce il “mito del fienile” (the Barn), enigmatico edificio soprannaturale che appare ciclicamente nel tempo per portare via Audrey da Haven, facendo contemporaneamente scomparire i Problemi. Solo quando i Problemi tornano a tormentare la cittadina, il fienile manda nuovamente Audrey in soccorso, ma una Audrey diversa, che non ricorda assolutamente nulla del suo passato (mentre tutti a Haven si ricordano di lei). La terza stagione è caratterizzata da pochissimi “casi del giorno”, concentrandosi solo sulla trama orizzontale e sul disperato tentativo di evitare il sacrificio di Audrey.

En esta tercera temporada la rivalidad de Nathan y Duke se agudizará al tener que buscar a Audrey y descubrir al misterioso secuestrador, quien parece saber demasiado sobre Haven y Audrey. Además, el enigmático malhechor tendrá mucho que ver con un caso de asesinato que sacudió Haven 27 años atrás, la última vez que Audrey, entonces llamada Lucy Ripley, estaba en Haven.