有一个与地球不同次元，名为「疫苗界」的地方是个和平稳定、四季如春的世界。某天封印在那里的病毒大王「暗魔」跑了出来往地球的方向逃亡正为此事烦恼的疫苗界女神「玛雅」命令见习守护兽「麦丸」去抓暗魔及暗魔所生出来的病毒回来。于是在对于其他次元的事完全无知的地球中，出现了一个不怎么有名的新人角色扮演偶像─中原小麦。她今天刚好在池袋一个会场工作，而奉命追逐病毒却反而被攻击受伤的麦丸突然从空中掉下来，被小麦抱住的麦丸因为感受到她爱的力量，于是将魔法手杖交給小麦，说明了一切事情原委。虽然小麦对这件突如其来的事情感到困惑，但是由于她没大脑且对于有困难的人无法见死不救的个性，于是便一口气答应下来…。于是…小麦除了担任魔法少女之外，还要从事偶像的工作，而学校也不能不去，小麦于是便成了一个大忙人。话说回來，她能够用爱的魔法拯救地球吗？

Ungrar, the King of Viruses, has escaped from his prison cell in Vaccine World. Maya, the Goddess of Vaccine World sends Mugimaru down to Earth to find a human to accept the powers of Vaccine World and become the Magical Nurse. He finds the best (and the only willing) person for the job when he meets Komugi Nakahara.

Die Geschichte beginnt, als ein zerstörerischer Virus Namens »Angler« aus einer anderen Dimension in Richtung Erde fliegt. Maya, die Göttin der Dimension, aus der der Virus stammt, beauftragt Mugimaru, ein kleines und etwas hamsterähnliches Wesen, diesen Virus wieder einzufangen. Als Unterstützung gibt sie ihm noch einen Zauberstab mit.

Eines Tages hat unsere Heldin Nakahara Komugi gerade einen Auftritt als Cosplay Newcomerin in einem Krankenschwesterkostüm, als plötzlich Mugimaru, der von einer Virusattacke verletzt wurde, neben ihr auftaucht. Komugi kümmert sich daraufhin um seine Wunden. Mugimaru ist davon so gerührt, dass er beschließt, ihr den Zauberstab zu geben. Von nun an kämpft Komugi gegen die Viren, um die Erde zu retten.

中原小麦は弱小芸能プロダクションに所属するコスプレアイドル。彼女はわくちん界からやってきたムギまるに渡された魔法のバトンで、魔法少女まじかるナース小麦に変身。人間界で騒動を起こすウイルスの親玉あんぐら～を捕えるため、その手先であるまじかるメイドこよりと、街中を巻き込む大迷惑バトルを繰り広げる。

평화로운 '백신계'(그 백신 맞다.)라는 곳에 바이러스의 왕초, '앙그라'가 봉인되어 있었으나 탈출에 성공하여 지구로 도망쳐 온다. 이에 백신계의 여신 '마야'는 무기마루에게 앙그라 포획을 명하지만 백신계 사람은 지구에서 마법을 쓸 경우 폭주하기 때문에 무기마루 스스로 앙그라 포획을 할 수 없었다. 마야는 지구인이 직접 앙그라를 잡을 수 있도록 마법 바톤을 만들어 무기마루에게 맡기고, 지구에서 우연히 만난 코스프레 아이돌 나가하라 코무기에게 이 임무를 수행할 것인지 의뢰한다. 코무기는 사태의 심각성은 고려안하고 마법소녀 코스프레에 흥미가 있어서 그냥 오케이 해 버리고, 결과적으로 앙그라와 그 부하들을 퇴치하는 마법소녀 매지컬 너스 코무기로 변신하게 된다.