Després de les seves aventures anteriors, en Shu i la Buquet s'uneixen a un grup de resistència per lluitar contra l'exèrcit invasor del general Logi. Aleshores es troben amb un nen misteriós, en Noy, que té el poder de reviure l'ombra del Drac Blau d'en Shu, que salva en Noy de l'atac d'un drac vermell. Ara en Shu i companyia han de tornar a emprendre un viatge per descobrir el propòsit dels dracs, sotmetre's a proves i aturar allò que amenaça el destí de la humanitat.

天界的七龙在黑暗被封印的两年后，世界免于被灭亡的危机，但是战火却依然不停，打算统治世界的洛基带领蔷薇十字军团与反抗军勒茍拉斯亲卫队持续斗争着。修与布凯也一起以勒茍拉斯亲卫队的一员在战斗着，有一天，知道影使者事情的谜之少年诺伊出现而且他正被一只红龙攻击着。

因为诺伊的力量让修的蓝龙复活并且击退它。之后，修住的地方出现叫作米谢艾尔的红龙，并且像是在做什么测试般地开始对修展开攻击。

同时，洛基的根据地也出现叫作诺达蕾丝的人，在她让洛基的奥丁复活之后就毁坏洛基的首都。他们把自己称为“高等生命体”并且引起各种事件，修他们在知道世界开始展开异变后，决定要展开找回过去同伴的旅行

在黑暗被封印的兩年後，世界免於被滅亡的危機，但是戰火卻依然不停，打算統治世界的洛基帶領薔薇十字軍團與反抗軍勒茍拉斯親衛隊持續鬥爭着。修與布凱也一起以勒加拉斯親衛隊的一員在戰鬥着，有一天知道影使者事情的謎之少年萊爾出現而且他正被一隻紅龍攻擊著。因為萊爾的力量讓修的藍龍復活並且擊退牠。 之後修住的地方出現叫作米哈艾爾的紅龍，並且像是在做什麼測試般地開始對修展開攻擊。同時洛基的根據地也出現叫作露妲的神秘人物，她讓洛基的奧丁復活之後就毀壞洛基的首都。他們把自己稱為「高等生命體」並且引起各種事件，修他們在知道世界開始展開異變後，決定要展開找回過去同伴而踏上旅途。

在黑暗被封印的兩年後，世界免於被滅亡的危機，但是戰火卻依然不停，打算統治世界的洛基帶領薔薇十字軍團與反抗軍勒茍拉斯親衛隊持續鬥爭着。修與布凱也一起以勒加拉斯親衛隊的一員在戰鬥着，有一天知道影使者事情的謎之少年萊爾出現而且他正被一隻紅龍攻擊著。因為萊爾的力量讓修的藍龍復活並且擊退牠。 之後修住的地方出現叫作米哈艾爾的紅龍，並且像是在做什麼測試般地開始對修展開攻擊。同時洛基的根據地也出現叫作露妲的神秘人物，她讓洛基的奧丁復活之後就毀壞洛基的首都。他們把自己稱為「高等生命體」並且引起各種事件，修他們在知道世界開始展開異變後，決定要展開找回過去同伴而踏上旅途。

After their previous adventures, Shu and Bouquet joined a resistance group to fight General Rogi’s invading army. They encountered a mysterious child, Noi, who has the power to revive Shu’s Blue Dragon shadow, and he then saves Noi from the pursuit of a red dragon. Now Shu and his company has to set foot once again on a journey to discover the purpose of the dragons, undergo tests, and stop the chains of events which threatens the fate of humanity.

Nach den Ereignissen der Original Blue Dragon-Serie haben sich Shu und Bouquet einer Widerstandsgruppe angeschlossen, um gegen General Logis Invasionsarmee zu kämpfen. Sie treffen auf ein mysteriöses Kind namens Noi, welches die Kraft hat, Shus Gegenstück Blue Dragon wiederzubeleben. Gemeinsam retten sie Noi vor dem Angriff eines roten Drachen. Nun begeben sich Shu und seine Begleiter erneut auf die Reise, um den Zweck und das Geheimnis der Drachen zu entschlüsseln. Auf ihrem Weg zum Ziel müssen sie einige Prüfungen über sich ergehen lassen und die Ereignisse stoppen, welche das Schicksal der Menschheit bedrohen.

闇の封印から2年、世界滅亡の危機は免れたが、未だに戦火は止まず、世界を統治しようとするロギ率いるローゼンクロイツと、それに対抗するレジスタンスの争いが続いていた。 シュウはブーケやレゴラスと共にレジスタンスとして戦っていたが、ある日、影使いのことを知っている謎の少年ノイが現れ、彼を追ってレッドドラゴンが攻めてくる。ノイの力によってブルードラゴンが復活し、なんとか撃退する。 その後、シュウの元にミヒャエルがレッドドラゴンを影として操り、何かを試すかのように攻撃を仕掛けてくる。 同じ頃、ロギの元にもロッタレースと名乗る人物が現れ、オーディーンを復活させた直後、首都を壊滅させた。 自らを「上位生命体」と名乗る彼らによって、様々な事件が起こり始め、再び世界に異変が生じ始めたことを知ったシュウは、昔の仲間の元へ旅立つことを決意する。