涅吉雷吉亚的西奈拉博士因为自己的“强化人类”实验失败而被世人指责为杀人的科学家（死去的是他的女儿），便认为人类是脆弱的，于是向地球进行破坏行动，想要将全人类改造成符合自己想法的样子。久保田博士令健太、耕一郎、瞬、千里和美久变身成百万连者，进行对抗涅吉雷吉亚的行动。后期更出现了第六位战士早川裕作，起初新战士不太喜欢MEGA连者，后来相处日子越多，感情越深厚。西奈拉博士最后甚至控制了贾米乌斯一世，并且舍弃自己的生命想要与电磁战队一起毁灭。这一次的作品是继1989年的高速战队涡轮连者，再一次由高中生出兵，意味着青春灵魂永不熄灭。不同的是，涡轮连者他们没拍毕业照也没拿毕业证书。