כשניה מאבדת שליטה בכוחות היסוד שלה, הנינג'ות מחפשים תשובות... שאולי נמצאות בידי אמא של ניה.

אמא של ניה, מאיה, מגיעה עם עצות איך להשיב את השליטה של ניה בכוחות שלה. זאין ופיקסאל מגלים שאולי משהו אחר אחראי להפרעות.

הנינג'ות יוצאים למשימה כדי לגלות את מקורו של אות כוח מסתורי שמפריע ליצורי הים, ולכוחות של ניה.

ניה ומאיה מגלות את מקור פעימת האנרגיה שהשפיעה על הכוחות של ניה... ומתמודדות עם פושע מסוכן חדש.

הנסיך קאלמאר מרמה את המרלופיאנים והופך את הנינג'ות לעריקים.

בעזרת בנטומאר, הנינג'ות עוברים דרך הארמון אל ספינת הידרו ועליהם לברוח מכוחותיו של קאלמאר.

סיפורו הטרגי של בנטומאר נחשף... סיפור מלא בוגדנות, אך גם ניצוץ של תקוה.

ניה והנינג'ות ממהרים להשיג את קמע הסופה לפני שהנסיך קאלמאר יוכל להשיג אותו ולהשתמש בו כדי להעיר את מפלצת נחש יום הדין, ווג'ירה.

בנינג'גו סיטי, וו, קול, קאי, ריי ומיסאקו חייבים להגיע אל מועדון החוקרים ולהשיג את קמע הסופה לפני המלך קאלמאר והיחידה שלו.

המלך קאלמאר תוקף את נינג'גו סיטי כדי להשיג את קמע הסופה אבל נתקל במכשול לא צפוי... בדמותה של מחלקת עיתונים נחושה.

ניה לומדת על ההיסטוריה של קמע הסופה. וו, קאי, קול, ריי ומיסאקו מנסים למנוע מהמלך קאלמאר לברוח מהעיר עם קמע הסופה.

קאלמאר מעיר את ווג'ירה ומתכונן להרוס את נינג'גו סיטי.

הנינג'ות עושים כל שביכולתם כדי לפנות את העיר כשההתקפה של קאלמאר על נינג'גו סיטי מתחילה.

הנינג'ות לא מצליחים לגבור על ווג'ירה וניה שוקלת החלטה שאולי תציל את חבריה ואת העיר... אך עלולה להיות האבדון שלה.

ניה מובילה את הנינג'ות נגד ווג'ירה וקאלמאר בקרב הסופי להצלת נינג'גו סיטי.