Druga sezona prati agente FBI-a Foxa Muldera i Danu Scully dok nastavljaju s istraživanjem paranormalnih i nadnaravnih slučajeva. Uz pojedinačne epizode, druga sezona je nastavila s razvojem priče o mitologiji o vanzemaljskoj uroti koja je započela u prvoj sezoni. Također, druga sezona značajna je i po uvođenju likova koji će postati važnim dijelom serije - X-a (Steven Williams), Alexa Kryceka (Nicholas Lea) i Vanzemaljskog lovca na glave (Brian Thompson).

Na mitološku priču druge sezone uvelike je utjecala trudnoća glavne glumice, Gillian Anderson; odlučeno je da će lik agentice Scully biti otet od strane vanzemaljaca u ranom dijelu sezone te da će se dvije epizode kasnije vratiti u stanju kome, što je dodatno pojačalo mitologiju serije. Druga sezona dobila je sedam nominacija za prestižnu televizijsku nagradu Emmy (od čega su četiri bile za epizodu Duane Barry), a dvoje glavnih glumaca zaradilo je nominacije u svojim kategorijama za nagradu Zlatni globus.

X档案被封存，穆德与史考莉分别被派给不同的任务，但穆德仍时时注意任何有关X档案的案件，并常找史考莉帮忙。由于演员吉莲·安德森怀孕，制作人将剧情发展成斯卡琳被外星人绑架，消失了一集。当然，那时候吉莲·安德森去医院生产了。最终史考莉被秘密组织送回到一家医院，自此以后，X档案进入一新阶段。这季主要仍围着不可解释的超自然现象及外星人打转，结束于穆德因过分接近真相而遭迫害，千里迢迢到新墨西哥寻找证据，却被特种部队袭击生死不明。

Seriál Akta X byl ukončen a Mulder a Scullyová jsou odděleni. Scullyová vyučuje na Akademii FBI v Quantiku ve Virginii, zatímco Mulder je přidělen ke sledování. S agentem Alexem Krycekem jako svým novým partnerem a záhadným X jako novým zdrojem informací se Mulder snaží udržet své pátrání po pravdě při životě. Paradoxně je to však Scullyová, kdo zažije blízké setkání, po němž Mulder toužil, a vydá se na cestu, která nakonec oba agenty opět sblíží a vytvoří pouto, které je sblíží jako nikdy předtím.

The X-Files has been shut down and Mulder and Scully are separated. Scully finds herself teaching classes at the FBI Academy in Quantico, Virginia, while Mulder is assigned to surveillance duty. With Agent Alex Krycek as his new partner, and the mysterious X as his new source of information, Mulder struggles to keep his search for the truth alive. But ironically it is Scully who experiences the close encounter Mulder has longed for, taking a journey that will ultimately bring the two agents back together and forging a bond that will make them closer than ever before.

Après la fermeture du service des affaires non classées par le FBI, Mulder et Scully sont séparés et mutés dans des services différents. Informé d’une éventuelle visite extraterrestre à Porto Rico, Mulder se rend sur place. Scully, qui est surveillée de près, décide de le suivre malgré le danger qu'elle court…

Die X-Akten wurden geschlossen und Mulder und Scully wurden getrennt. Scully unterrichtet an der FBI-Akademie in Quantico, Virginia, während Mulder zur Überwachung abkommandiert wird. Mit Agent Alex Krycek als neuem Partner und dem mysteriösen X als neuer Informationsquelle kämpft Mulder darum, seine Suche nach der Wahrheit am Leben zu erhalten. Doch ironischerweise ist es Scully, die die von Mulder ersehnte Begegnung erlebt und eine Reise antritt, die die beiden Agenten schließlich wieder zusammenführt und ein Band schmiedet, das sie einander näher bringt als je zuvor.

Gli X-Files sono stati chiusi, Mulder e Scully separati. Scully insegna all'Accademia dell'FBI mentre Mulder è assegnato al servizio di sorveglianza. Con l'agente Alex Krycek come partner e il misterioso X come fonte d'informazioni, Mulder ricerca la verità. Ma è Scully ad avere l'incontro ravvicinato che Mulder ha desiderato, facendo un viaggio che li riunirà e li renderà più vicini che mai.

X-ファイル課は閉鎖され、スカリーとモルダーも別々の職場に勤務していた。スカリーは教職を得てバージニア州クアンティコのFBIアカデミーに移り、モルダーは監察関連の内勤に。しかし真実の究明に情熱を燃やすモルダーはアレックス・クライチェック捜査官とコンビを組んで謎の人物ミスターXから新たな情報を収集していた。だが皮肉なことにモルダーが切に求めていた未知との遭遇体験がほかならぬスカリーの身を襲った。この事件がきっかけとなってモルダーとスカリーはついに再会を果たし、これまで以上に強い絆で結ばれることになるのである。

Archiwum X zostaje zamknięte, a Mulder i Scully zostają rozdzieleni. Scully prowadzi zajęcia w Akademii FBI w Quantico w Wirginii, podczas gdy Mulder zostaje przydzielony do nadzoru. Z agentem Alexem Krycekiem jako nowym partnerem i tajemniczym X jako nowym źródłem informacji, Mulder walczy, aby utrzymać swoje poszukiwania prawdy przy życiu. Ale jak na ironię, to Scully doświadcza bliskiego spotkania, na które Mulder czekał od dawna, podejmując podróż, która ostatecznie zbliży obu agentów do siebie i stworzy więź, która zbliży ich bardziej niż kiedykolwiek wcześniej.

Los expedientes X han sido cancelados. Esto provoca la separación de Mulder y Scully, que deberán acometer nuevos roles. Scully se encuentra dando clases en la academia del FBI, mientras que a su antiguo compañero se le asignan tareas de vigilancia. Aún así, Mulder está empeñado en destapar lo paranormal, con la ayuda del informante X y su nuevo compañero, el agente Alex Krycek.

Sin embargo, no será él quien tenga más posibilidades de conseguir el tan ansiado encuentro con lo paranormal...

«Секретні матеріали» закрили, а Малдера та Скаллі перевели в різні підрозділи. Скаллі викладає патанатомію в Академії ФБР у Квантіко, штат Вірджинія, а Малдер працює в підрозділі, що займається прослушкою. З новим напарником - агентом Алексом Крайчеком та таємничим Іксом, що став новим інформатором замість Бездонної горлянки, Малдер намагається продовжити пошуки правди. Але за іронією долі саме Скаллі переживає ту близьку зустріч, якої прагнув Малдер, вирушаючи в подорож, яка зрештою знову зблизить двох агентів і створить зв’язок, який зробить їх ближчими, ніж будь-коли раніше.