沿续上一季的剧情，穆德被印第安人朋友Albert Hosteen救了性命。X档案的编剧似乎有用不完的点子。这季内容包括了湖中水怪、能控制人意识的精神病患、唐人街上的纷争、二次大战时日本的人体实验等等。

Mulder je pohřešován a je považován za mrtvého... Scullyová však zažije vizi, v níž je stále naživu. Ale i když se oba znovu setkají, každý z nich se musí vyrovnat s další osobní ztrátou, tragédií, která nakonec poslouží k posílení jejich vzájemného pouta. A brzy zjistí, že jsou na této síle závislí, když se znovu objeví známí nepřátelé a jejich zažité představy se rozbijí.

Mulder is missing and assumed dead . . . although Scully experiences a vision in which he is still alive. Yet even as they are reunited, each must deal with an additional personal loss, tragedies that ultimately serve to strengthen their connection to each other. And they soon find themselves depending on that strength as familiar foes resurface and preconceived notions are shattered.

Laissé pour mort dans le désert, Mulder est recueilli par les Indiens Navajos. Scully, quant à elle, est démise de ses fonctions par ses supérieurs pour insubordination. Elle ne tarde pas à découvrir alors un minuscule objet métallique logé sous sa peau et part à la recherche des informations pour lesquelles Mulder a risqué sa vie…

Mulder wird vermisst und für tot gehalten ... obwohl Scully eine Vision hat, in der er noch am Leben ist. Doch selbst als sie wieder vereint sind, muss jeder von ihnen einen zusätzlichen persönlichen Verlust verkraften, Tragödien, die letztendlich dazu dienen, ihre Verbindung zueinander zu stärken. Und schon bald sind sie auf diese Stärke angewiesen, als vertraute Feinde wieder auftauchen und vorgefasste Meinungen erschüttert werden.

Mulder è scomparso e ritenuto morto ... sebbene Scully abbia una visione in cui è ancora vivo. Eppure, anche se riuniti, ognuno deve affrontare un'ulteriore perdita personale, tragedie che alla fine servono a rafforzare il loro reciproco legame. E presto si ritrovano a dipendere da quella forza mentre nemici già familiari riappaiono ed i preconcetti vengono infranti.

このシーズンの幕開け「祈り」は、セカンド・シーズンの最終話「アナサジ」から繋がるエピソードである。話はさらに「ペーパークリップ」へと続き3部作を構成している。モルダーは無事だったものの、スカリーの姉メリッサが襲われる等、気の休まらない展開だ。当シーズンの特徴はファーストやセカンド・シーズンに比べ、 “怪物”の登場するストーリーがほぼなくなり、代わりにUFOと政府を巡る陰謀譚がウェイトを占めている点にある。モルダー達についても、事件の究明をしつつそれを覆い隠そうとする影の力と戦う部分に大きな描写がさかれている。

Fox Mulder está desparecido. Aunque gran parte del FBI se encuentra buscándolo, no hay nadie que lo esté haciendo con más insistencia que Dana Scully. Todo el mundo da por muerto a Mulder; pero Scully tiene una visión en la que Mulder aparece y está vivo.

Lejos ya de su versión escéptica, la forense es la única que parece creer en encontrar al desaparecido doctor y, junto a él, retomar una búsqueda que contará con la ayuda del informante X y que, para Scully, es ya un asunto personal.