电影后的X档案怎么演，是所有影迷及电视评论家关注的焦点。这季的风评呈两极反应，有人喜欢，有人不喜欢。这一季多些喜剧，应该是说有非常多喜剧，让人捧腹大笑。但欢笑之余还是不能忘了X档案有重责在身，本季中间有两集是全剧六年来的大剖析。另外，大卫·杜楚尼自编自导了一集X档案。

Příhody zvláštních agentů FBI Foxe Muldera a Dany Scullyové, kteří vyšetřují Akta X: okrajové, nevyřešené případy týkající se paranormálních jevů. Mulder věří v existenci mimozemšťanů a paranormálních jevů, zatímco skeptička Scullyová je pověřena vědeckými analýzami Mulderových objevů, které vyvracejí Mulderovu práci a vracejí ho tak k hlavním případům.

When a terrorist bomb destroys a building in Dallas, Texas FBI agents Fox Mulder and Dana Scully are drawn into a dangerous conspiracy surpassing anything they’ve ever encountered. With the dubious assistance of a paranoid doctor, Mulder and Scully risk their careers and their lives to hunt down a deadly virus which may be extraterrestrial in origin — and could destroy all life on Earth.

Suite à l’incendie criminel du bureau des affaires non classées survenu quelques mois auparavant, Mulder et Scully sont remplacés par les agents Jeffrey Spender et Diana Fowley. Affectés à un autre service par le conseil de discipline du FBI, Mulder et Scully ont réussi à faire rouvrir le bureau des affaires non classées après avoir rapporté devant la commission d’enquête la preuve de l’existence d’abeilles porteuses d’un virus d’origine inconnue et ont donc démontré l’intérêt du bureau des affaires non classées pour résoudre ce genre de cas. Pendant ce temps, un scientifique travaillant pour le consortium est infecté par un étrange virus et meurt de manière atroce après avoir mis au monde une entité biologique extraterrestre. Mais le nouveau directeur adjoint du FBI, Alvin Kersh, refuse de croire Mulder lorsqu’il affirme que les extraterrestres sont en train de coloniser la Terre…

Als eine terroristische Bombe ein Gebäude in Dallas zerstört, werden die texanischen FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully in eine gefährliche Verschwörung hineingezogen, die alles übertrifft, was sie je erlebt haben. Mit der zweifelhaften Hilfe eines paranoiden Arztes riskieren Mulder und Scully ihre Karriere und ihr Leben, um einen tödlichen Virus aufzuspüren, der möglicherweise außerirdischen Ursprungs ist - und alles Leben auf der Erde vernichten könnte.

A Mulder e Scully non viene riassegnato l'incarico e le investigazioni sugli X-Files passano a due nuovi agenti: Jeffrey Spender e Diana Fowley. Cassandra Spender informa Mulder e Scully che una razza aliena viaggia nell'universo, colonizzando altri pianeti; la Terra fa parte del loro piano. Mulder delira dopo aver esaminato un reperto sfricano e viene ricoverato in ospedale.

『X-ファイル ザ・ムービー』が劇場公開されたことで、テレビシリーズのファンだけでなく、新しいファンからも待ち望まれていたのが当シーズンである。"ビギニング(始まり)"とタイトルがついたその第1話は、シーズン中最高視聴率を記録。また当シーズンでは、雨の多いバンクーバーから、太陽の光がふりそそぐロサンゼルスへとロケ地が移った。それにより、ファンは作品の雰囲気がぶち壊しになるのではないかと心配したが、カリフォルニアの陽光きらめく中で超常現象を目撃してもスリリングであることに変わりなかったのである。

El viaje a la Antártida y la investigación consiguiente por parte de Scully y Mulder no llevan el efecto deseado. Su historia no es creída y destituyen a ambos del cuerpo de Expedientes X. Sin embargo, a pesar de no compartir el mismo lugar de trabajo, ambos inspectores continuan investigando todo aquel suceso que se aleje de lo ordinario.

Las vidas de Scully y Mulder cambiarán cuando, de pronto, una amenaza surja sobre el planeta y tan solo ellos dos sean los únicos que puedan afrontarla.