穆德远途调查出了意外，在精神病院醒来有了预见的能力，还能读取他人的心理活动。史考莉在非洲海岸发现那里发现了刻有人类基因图的远古遗物及关于第六次物种大灭绝的记载。

癌人一直在进行外星混血儿的试验，注入病毒已检验是否成功，这个实验关系到世界末日时人类的生存问题，穆德的变异使他成为唯一的成功案例——但他“超能力”基因的表达只是暂时的。穆德最后在调查当地一起飞船坠毁事件时被赏金猎手乘飞碟抓走。史考莉最后发现怀孕了。

Příhody zvláštních agentů FBI Foxe Muldera a Dany Scullyové, kteří vyšetřují Akta X: okrajové, nevyřešené případy týkající se paranormálních jevů. Mulder věří v existenci mimozemšťanů a paranormálních jevů, zatímco skeptička Scullyová je pověřena vědeckými analýzami Mulderových objevů, které vyvracejí Mulderovu práci a vracejí ho tak k hlavním případům.

As Mulder lies in a neurological unit, his brain under attack by a deadly onslaught of electrical impulses, Scully struggles to decipher strange symbols covering a spacecraft found submerged off West Africa's Ivory Coast. But the connection between these two phenomena is just the first of many challenges the agents are destined to confront. For they are about to enter a time of closure and a time of new beginnings. For Mulder there's the death of his mother and Diana Fowley, and the end of his search for his abducted sister, Samantha. For Scully it is a time to face her own personal demons, among them the return of death fetishist Donnie Pfaster. Yet just as Scully faces the ultimate new beginning, the ultimate horror occurs — the abduction of Mulder.

En Afrique, Scully assiste au déterrement d’un vaisseau spatial et tente de localiser l’origine du mal dont souffre Mulder en étudiant les idéogrammes navajos retrouvés sur le vaisseau extraterrestre. Elle réalise alors qu’elle détient la preuve d’une ancestrale vie alien sur Terre et en déduit donc que les extraterrestres sont peut-être à l’origine de la vie humaine. Scully rejoint Mulder, interné dans un hôpital psychiatrique, afin de trouver un remède aux crises schizophréniques et aux intenses migraines dont il est victime. Mulder retrouvera t-il un jour la raison ?…

Während Mulder in einer neurologischen Abteilung liegt und sein Gehirn von einem tödlichen Ansturm elektrischer Impulse angegriffen wird, kämpft Scully darum, die seltsamen Symbole auf einem Raumschiff zu entziffern, das vor der westafrikanischen Elfenbeinküste unter Wasser gefunden wurde. Doch die Verbindung zwischen diesen beiden Phänomenen ist nur die erste von vielen Herausforderungen, denen sich die Agenten stellen müssen. Denn sie stehen vor einer Zeit des Abschlusses und einer Zeit des Neubeginns. Für Mulder ist es der Tod seiner Mutter und von Diana Fowley und das Ende seiner Suche nach seiner entführten Schwester Samantha. Für Scully ist es eine Zeit, in der sie sich ihren eigenen persönlichen Dämonen stellen muss, darunter die Rückkehr des Todesfetischisten Donnie Pfaster. Doch gerade als Scully vor dem ultimativen Neuanfang steht, ereignet sich der ultimative Horror - die Entführung von Mulder.

Scully, in Africa per sbrogliare i segreti del reperto alieno causa del disordine mentale di Mulder, scopre un'astronave aliena sepolta sotto la battigia della Costa d'Avorio. In Oregon, Mulder scova un Ufo nascosto nei boschi grazie a un dispositivo di occultamento, ma viene rapito da un cacciatore di taglie alieno. Tornata a Washington, Scully informa Skinner di essere inspiegabilmente incinta.

X-ファイルの捜査は遂にシーズン7に突入、新たな展開を迎える。前シーズンまで追跡してきた事件の多くが次々と闇に葬られると共に、なじみ深いキャラクターも多くが姿を消してしまった。それと同時に、次なる新しいテーマへの挑戦がなされている。ジリアン・アンダーソンとデイビッド・ドゥカブニー自身がそれぞれ脚本・監督を担当したエピソードではスカリーとモルダーの過去が語られており、彼らの人物像がより詳しく明らかになっていく。また、このシーズンではクリス・カーターのもうひとつの人気シリーズ「ミレニアム」とのコラボストーリーが登場。ランス・ヘンリクセンが同作の主人公フランク・ブラックとして出演し、モルダーに捜査協力を依頼されるというファンには嬉しい展開だ。

El inspector del FBI, Fox Mulder, se encuentra ingresado en una unidad de cuidados psiológicos, padeciendo unos extraños impulsos eléctricos. Dana Scully, mientras tanto, lucha por descifrar unos extraños símbolos que han aparecido en una nave espacial sumergida en plena Costa de Marfil.

Scully debe darse prisa, pues los símbolos contienen la clave para solucionar el problema que Mulder padece y son la única forma de salvar al mismo. En esta temporada, los investigadores deberán luchar a contrarreloj contra un fenómeno que, cada vez, es más real.