穆德失踪后，史考莉请约翰·道格特探员帮忙，连同斯金纳、孤枪手等一同寻找穆德。鉴于无法找到穆德，FBI决定让道格特探员正式接手X档案，而此时的史考莉在与穆德共事多年后也早已相信X档案中一系列“灵异事件”的真实性，于是她开始了与一个新的“怀疑论”者——约翰·道格特的合作之旅。本季超级战士(一种新混血外星人)作为新殖民武器开始出现。穆德最终回来了，还找到了杀死超级战士的方法，但由于他知道的太多而不得不逃亡。

Po Mulderově zmizení se Scullyová vrací do centrály FBI, kde najde zvláštního agenta Johna Doggetta, který po jejím partnerovi pátrá. Protože Scullyová a Skinner vědí, že tento typ pátrání bude marný, obrátí se na Osamělé střelce v naději, že se jim podaří odhalit informace o další aktivitě UFO v době Mulderova zmizení. Ačkoli je tyto informace dovedou ke Gibsonovi Praiseovi, muž s Gibsonem, který vypadá jako Mulder, je ve skutečnosti mimozemský lovec odměn. Agent Doggett si konečně uvědomí, že Muldera jen tak snadno nenajde, a je oficiálně přidělen k Aktům X. Nyní, po všem, co s Mulderem prožila, je to Scullyová, kdo je "věřící" a kdo musí najít způsob, jak spolupracovat se "skeptikem" Johnem Doggettem.

After Mulder’s disappearance, Scully returns to FBI headquarters to find Special Agent John Doggett heading up a FBI manhunt for her partner. Knowing that type of search will prove futile, Scully and Skinner turn to the Lone Gunmen in hopes of uncovering information about additional UFO activity around the time of Mulder’s disappearance. Although such information leads them to Gibson Praise, the man with Gibson, a man who appears to be Mulder, is in fact an alien bounty hunter. Finally realizing that Mulder will not be found so easily, Agent Doggett is officially assigned to the X-Files. Now, after all she has been through with Mulder, it is Scully who is “the believer” and who must find a way to work with “the skeptic,” John Doggett.

Scully et le directeur adjoint Walter Skinner recherchent Mulder, disparu à Bellefleur. Le nouveau directeur du FBI, Alvin Kersh, nomme alors comme chef de commission d’enquête l’agent John Doggett afin de retrouver Mulder et de surveiller Scully et Skinner. Gibson Praise, le chaînon manquant de l’hybridation extraterrestre, semble devenir l’objet de toutes les convoitises puisqu’il est recherché par le tueur à gages extraterrestre et par le FBI…

Nach Mulders Verschwinden kehrt Scully zum FBI-Hauptquartier zurück und findet dort Special Agent John Doggett vor, der eine Fahndung nach ihrem Partner einleitet. Da Scully und Skinner wissen, dass sich diese Art der Suche als aussichtslos erweisen wird, wenden sie sich an die Lone Gunmen, in der Hoffnung, Informationen über weitere UFO-Aktivitäten zur Zeit von Mulders Verschwinden zu erhalten. Obwohl diese Informationen sie zu Gibson Praise führen, ist der Mann, der Gibson begleitet und der Mulder zu sein scheint, in Wirklichkeit ein außerirdischer Kopfgeldjäger. Schließlich wird Agent Doggett klar, dass Mulder nicht so leicht zu finden sein wird, und er wird offiziell den X-Akten zugeteilt. Nach allem, was sie mit Mulder durchgemacht hat, ist Scully nun "die Gläubige" und muss einen Weg finden, mit "dem Skeptiker" John Doggett zusammenzuarbeiten.

Con Mulder ancora disperso Scully, in coppia con l'agente speciale John Doggett, indaga su diversi casi X-Files. Doggett le presenta l'agente Monica Reyes, una specialista del crimine all'FBI. Mulder torna e apprende dell'esistenza dei Super Soldati, indomabili guerrieri alieni creati per colonizzare la Terra.

デイビッド・ドゥカブニーの出演がシーズン8で半分に絞られたことにより、ジリアン・アンダーソン演じるスカリー役の重要性が増し大きな飛躍を遂げた。「X-ファイル」での功績を称えられ、エミー賞、ゴールデングローブ賞、そして2つのSAG賞を受賞しているジリアン・アンダーソンは、悲嘆にくれた妊娠中の捜査官ダナ・スカリー役を情感溢れる演技で見事に演じ切り、その才能を実証してくれた。スカリーの新パートナーとして登場するのは、『ターミネーター2』で液体金属ターミネーターを演じて一躍人気の出たロバート・パトリックだ。デイビッド・ドゥカブニーの“誘拐”により多くのファンはシーズンの前半を通して嘆き悲しんだ。しかし、長年にわたってモルダーとスカリーの親密な関係を見守ってきたファンにとってモルダーの復活をひたすら待つことも価値のあることだった。

Fox Mulder ha sido abducido. Tras estar tantos años investigando lo referente al campo paranormal; la interacción entre este ámbito y el doctor ya es un hecho. Mientras tanto, Scully sigue a la búsqueda de su desaparecido amigo pero, esta vez, no lo hará sola.

Le acompañarán el líder de una fuerza especial del FBI, John Doggett, y la especialista en rituales criminales, Mónica Reyes. Scully deberá lidiar frente a todas estas complicaciones con los añadidos del inminente nacimiento de su bebé y una amenaza oculta que espera su momento para atacar.