Jack，Gwen还有Ianto，遗憾的是他们失去了2个最好的战友，尽管他们沉浸在悲伤之中，但是他们仍然还有工作去完成，因为外星人从未放弃对地球的侵略。

　　这一次他们面临空前艰巨的斗争，外星人控制了地球上所有的少年，致使整个地球的未来，全人类的未来都掌控在这个外星人的手中，火炬木小组仅存的3位成员是否能打败外星人，拯救全人类呢？

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　　本季《火炬木小组》将以迷你剧的形式播出，共5集，在英国播出时会在一周内播完。第三季的名称将为《火炬木小组：地球之子-Torchwood: Children of Earth》，作为一个完整的故事，将不会有分集名称。

In 1965 twelve children are gathered together on a deserted moor when they become surrounded by a harsh, bright light, and then suddenly they are gone. Back in the present day, all over planet Earth, children stop moving. Stop playing. Stop laughing. Stop everything. Then, as one, they begin to speak with the same voice, announcing to the governments of the world the imminent arrival of a new alien threat. It becomes clear to the Torchwood team that this isn't the aliens' first visit to Earth, and a terrible price is going to be paid for sins of the past.

5 épisodes | Saison produite en 2009 | 1ère diffusion : juillet 2009 sur BBC Three (Grande-Bretagne)

An einem Morgen wie jedem anderen geschieht das Unfassbare: Plötzlich, zum Entsetzen der gesamten Weltgemeinschaft, hören sämtliche Kinder auf zu lachen und zu spielen. Sie bleiben unvermittelt stehen und sprechen denselben unheilvollen Satz: Wir werden kommen! Eine außerirdische Macht bedroht die Erde und hat sich aller Kinder bemächtigt...

Na całym świecie wszystkie dzieci nagle nieruchomieją. Następnie zaczynają mówić jednym głosem, zapowiadając rządom państw nadciągające niebezpieczeństwo ze strony obcych. Rząd brytyjski wydaje wyrok śmierci na Kapitana Jacka i Torchwood. Zespół musi uciekać, aby ocalić życie.

Durante dos días, todos los niños del mundo se pararon en seco, y dijeron, al unísono y en inglés, "We are coming." ("Estamos llegando"). El ministro de interior británico John Frobisher es consciente de que este evento está ligado a una raza alienígena conocida como los "456", llamados así por la longitud de onda en que se comunican. Los 456 aparecieron en 1965, ofreciendo secretamente al gobierno británico una cura para un brote de gripe indonesia -que amenazaba con matar a 25 millones de personas-, a cambio de 12 niños. El capitán Jack Harkness fue uno de los soldados que fueron elegidos para entregar los niños a los 456. Puesto que el conocimiento público del intercambio sería desastroso para el gobierno británico, Frobisher ordena, a través de las tropas comandadas por el agente Johnson, el asesinato de todos los involucrados en dicho intercambio. Johnson introduce una bomba en el estómago de Jack, que hace explosión en el Hub de Torchwood de la bahía de Cardiff, destruyéndolo. Al tanto de la capacidad regenerativa de Jack, las tropas de Johnson recolectan sus restos y los encierran en un complejo de seguridad, monitorizando su reconstrucción corporal. Gwen Cooper, su marido Rhys y Ianto Jones, por su asociación con Jack, se convierten en fugitivos de la justicia. Frobisher también ordena la construcción de un tanque de aislamiento en Thames House para recibir a los 456 cuando lleguen.

El equipo Torchwood contacta con Lois Habiba, la nueva asistente personal de la oficina de Frobisher, que ha visto sus informes clasificados. Lois les ayuda a localizar y rescatar a Jack; ellos, a cambio, le entregan unas lentillas especiales de Torchwood que les permitirán ver lo que ella vea, con la esperanza de descubrir la causa de los eventos recientes. Torchwood también identifica y rescata a Clement McDonald, uno de los doce niños que fueron entregados a los 456, pero que fue rechazado por los alienígenas. Clement se volvió loco tras la experiencia y fue internado los últimos 40 años, pero responde de igual forma que los niños terrestres a la señal de los 456.

Al tercer día, el embajador de los 456 llega en una columna de fuego sobre Thames House, hasta la cámara de aislamiento. Frobisher y su equipo, incluyendo Lois (que porta las lentillas de Torchwood), mantienen reuniones confidenciales con el 456 para entender por qué han regresado. El 456 demanda que el 10% de la población mundial de niños debe serles entregada, o de lo contrario destruirán la raza humana. Revela a uno de los niños de 1965, ya como una cáscara arrugada a pesar de no haber envejecido. Los niños de todo el mundo comienzan a cantar (aún en inglés) el número equivalente al 10% de los niños de su país. Los gobiernos del mundo, aunque disgustados, acuerdan secretamente en una conferencia que no tienen más remedio que doblegarse a las demandas de los 456.

Torchwood, con la ayuda de Lois, se revelan en la reunión e insisten en intervenir en la situación, amenazando con hacer público al mundo tanto la demanda de los 456 como la aceptación del gobierno, todo grabado a través de las lentillas. Jack y Ianto acceden a Thames House, hacen frente al 456 y les dan un ultimátum- o dejan la Tierra o se enfrentarán a una guerra. En respuesta, el 456 libera un virus letal. Thames House es clausurada automáticamente, sellando su acceso y matando a todos el mundo dentro, excepto Mr. Dekker, que es capaz de ponerse un traje protector a tiempo. Al mismo tiempo, envían una señal auditiva a Clement, matándolo. Mientras Ianto se muere en brazos de Jack, el 456 hace una petición final por los niños antes de que Jack sucumba al virus. Cuando Jack revive, él y Gwen lloran sobre el cuerpo sin vida de Ianto.

Con el fracaso de Torchwood y Lois en prisión acusada de espionaje, los gobiernos del mundo acceden a mantener su acuerdo de que se deben entregar a los niños como se había prometido. El primer ministro Brian Green, junto a su gabinete y miembros tanto del ejército estadounidense como de UNIT, decide encubrir las acciones del Reino Unido, inoculando una sustancia a los niños en las escuelas. Después de rechazar un sorteo para seleccionar a los niños por temor a que sus hijos puedan ser seleccionados, deciden utilizar a los niños de las escuelas en la parte inferior de las tablas de clasificación educacional para entregar a los 456. En las discusiones con los 456, éstos revelan que utilizan a los niños porque sus cuerpos producen una sustancia química que actúa como un droga recreativa para ellos. Green ordena a Frobisher a que envíe a sus propios hijos como parte del pago para calmar al país. Frobisher acepta, vuelve a su casa y mata a sus dos hijas para librarlas de su destino, para luego disparar a su mujer y a él mismo. Como algunos padres han mantenido a los niños en casa en vez de mandarlos a la escuela, Green ordena usar fuerza militar para asegurar que los niños puedan ser recolectados. Mientras Gwen y Rhys ayudan a proteger a la hermana de Ianto y otros niños, Jack, Johnson y Dekker consideran otra forma de parar a los 456. Se dan cuenta de que la señal de audio que utilizaron para matar a Clemente podría ser utilizada en contra de los 456. Sin embargo, se requiere que un niño actúe como centro de coordinación para la transmisión, probablemente matándolo. Jack no tiene más opción que usar a su propio nieto Steven, hijo de su hija Alice Carter, que es el niño más cercano del que puede disponer. Jack, Johnson y Dekker envían la señal con éxito, amplificándola a través de los demás niños, haciendo que los 456 sufran de dolor antes de abandonar la Tierra. Sin embargo, Steven muere y Alice corta cualquier relación con Jack.

El mundo se recupera de los acontecimientos. Green sugiere que simplemente cubran los hechos y echen la culpa a los Estados Unidos, pero Bridget Spears, asistente directo de Frobisher y superior de Lois, revela que está usando las lentes de contacto que Lois utilizó y que ha grabado la conversación con intención de darla a conocer y poner fin a la carrera política de Green. Seis meses después de los acontecimientos, Gwen y Rhys se reúnen con Jack, que había estado viajando por el mundo por su cuenta, tratando de librarse de su culpa por la muerte de su nieto y la pérdida de Ianto. Jack afirma que pretende rehacer su vida y tiene previsto viajar a las estrellas. Gwen trae Jack su manipulador de vórtice, que se encontraba en los restos de Torchwood, como regalo de despedida tras lo cual Jack se teletransporta fuera de la Tierra. Con Jack lejos, Gwen embarazada y el resto del equipo fallecido, Torchwood Tres cesa su actividad definitivamente.