Quando o mutante Proteus descobre que seu próprio pai, que havia o abandonado no passado, é um importante político, ele o ataca bem no meio de seu discurso. Xavier entra na parada para tentar conter Proteus e ainda ajudar o garoto, cujo nome real é Kevin, a se reconciliar com seu pai.

Xavier ajuda Moira McTaggert para deter seu filho Proteus, cujo nome verdadeiro é Kevin, para tentar contê-lo e ainda ajudar o garoto a se reconciliar com seu pai, mais está muito difícil e Proteus está chegando perto de seu pai Joe McTaiggert.

Magento oferece levar todos os mutantes para um asteroide onde poderão viver em paz. Mas diversos governantes globais ficam preocupados com o plano e resolvem explodir o local. Ao descobrir tal plano, Charles Xavier decide intervir e, com a ajuda de Fera e Gambit, os três vão ao encontro de Magneto no asteroide, mas acabam sendo acusados de assassinar Magnus.

Com o desaparecimento de Magento, Fabian Cortez assume o controle do Asteroide M e passa a manter a Terra como refém sob a mira de um incrível arsenal de armas nucleares. Os X-Men terão que provar a sua inocência, encontrar Magento e impedir Cortez de destruir o mundo.

Em 3999, Apocalipse derrota Cable e rouba-lhe o computador que permite viajar no tempo. Bem no dia da segunda tentativa de casamento de Jean e Scott, Sr. Sinistro e os Nasty Boys sequestram a noiva. Enquanto isso, Bishop fica preso numa fenda temporal. Sua irmã, Shard, vai em seu socorro mas vai parar na Mansão X.

Na verdade, Apocalipse e seus aliados malignos (Carrascos e Irmandade) estavam querendo criar uma nova raça de humanos. O Professor Xavier descobre o plano ao perceber que todos os mutantes sequestrados tinham poderes psíquicos. O problema era saber onde o vilão estava e como chegar até ele para detê-lo.

Com a ajuda de Cable, os X-Men descobrem que Apocalipse estava controlando o tempo.

Quando o plano de Apocalipse se torna conhecido por todos, até mesmos seus aliados (Irmandade de Mutantes) tentam impedi-lo de seguir em frente. Mas será que os X-Men e os demais mutantes conseguirão salvar o tempo e o universo de Apocalipse e Sinistro?

Ao falhar na tentativa de impedir o assassinato de Xavier, Tempestade convence Wolverine que devem ajudar Shard e Bishop a garantir que o Professor Xavier viva.

A festa para comemorar a volta de Morfo aos X-Men é interrompida quando terrorista atacam uma fábrica de armas de alta tecnologia. Wolverine e Morfo descobrem que os sentinelas estavam de volta à ativa. O X-Man desgarrado terá que enfrentar seus próprios medos para vencer os robôs caçadores de mutantes.

Durante as compras de natal, Tempestade, Jubileu e Wolverine têm que salvar a vida de Leech, o mais novo dos Morlocks, mesmo que para isso tenham que contar com um verdadeiro milagre natalino.

Wolverine perde o controle, abandona os X-Men e volta para ao interior do Japão a fim de obter uma experiência de auto-conhecimento. Ele ajuda seu mestre espiritual, o monge Oku, a construir um templo. Quando uma vila está para ser atacada por bandidos liderados pelo Samurai de Prata, Wolverine precisa escolher entre sua reclusão ou lutar para salvar a vila.

Vampira reencontra seu primeiro amor, um mutante de nome Cody. No deserto do novo México, Wolverine testemunha a queda de uma espaçonave que trazia aliens insetóides. Coincidência ou não, Cody resolve levar Vampira para passear no mesmo deserto, onde ela terá a ajuda de Wolverine para derrotar o próprio Cody, que virou um alienígena.

Ciclope viaja para uma pequena comunidade no oeste para visitar um antigo amigo, mas seu avião é abatido. Ferido, Scott chega a uma cidadezinha dominada por um grupo de mutantes anti-humanos chamado Crianças das Trevas. Enfraquecido, Ciclope enfrenta o desafio sozinho.

Ao sofrer um ferimento na cabeça, a mente de Xavier é dominada pelo Rei das Sombras. Jean tem que unir seus poderes mentais com os do Professor X para derrotar a criatura e prende-la no plano astral pra sempre.

Os gêmeos mutantes Feiticeira Escarlate e Mercúrio têm que viajar para Shangrilá, num vale escondido nas montanhas dos Bálcãs, em busca de sua origem verdadeira.