Mientras reclutaba para el club de baloncesto, la manager de la Secundaria Privada Seirin ha logrado recoger algunos jugadores impresionantes, un poderoso exjugador estadounidense y miembro de la "Generación de Milagros".

Antes de que alguien pueda convertirse en un miembro oficial del Club de baloncesto, primero deben mostrar valentía. Más tarde, un sorprendente invitado aparece en los terrenos de la escuela con una oferta impactante.

El club de baloncesto Seirin está jugando un juego de práctica en el instituto superior Kaijo, la escuela a la que Kise asiste. Después de una demostración de poder de Kagami, obliga al entrenador del Kaijo a tomar en serio a Seirin.

Kuroko se lesiona en el segundo cuarto durante el partido obligando a los jugadores de 2° año a mostrar la química de su equipo con tiros y defensa. A la mitad del tercer cuarto Kuroko regresa y lidera el ataque equilibrado de Seirin para empatar el marcador. Con 12 segundos restantes, el puntaje es de 98 y Kaijo tiene el balón. ¿Puede Seirin encontrar la manera de finalmente vencer a Kise y Kaijo?

Después de una impactante victoria 100-98, el equipo de Seirin celebra con comiendo bistec. Kise busca a Kuroko para saber por qué dejó el equipo de la escuela secundaria después de ganar el campeonato. Kagami aprende que sus habilidades continuarán evolucionando para poder enfrentar la generación de milagros, pero cuando Kagami, Kise y Kuroko ven a unos matones acosando a los jugadores de la pelota callejera, deciden intervenir y ver quién es más fuerte en un partido 3 contra 5.

El Torneo de Baloncesto entre escuelas superiores comienza con Seirin frente a la Academia Shinkyo. Shinkyo ha traído un jugador extranjero que es más alto que cualquiera y puede anotar casi a voluntad. Para combatir esto, Kagami se ve obligado a pasar por el entrenamiento defensivo de hombre a hombre y Kuroko se ve obligado a pasar por el entrenamiento de resistencia. El extranjero ve a Kuroko y dice que la Generación de los Milagros debe ser débil para perder ante un equipo con un niño. A medida que avanza el juego, Kagami promete al extranjero que sucederán dos cosas antes de que finalice el juego: 1) Kagami bloqueará uno de sus tiros y 2) Kuroko lo hará pasar un mal momento debido a su tamaño y habilidades.

Después de su victoria sobre Shinkyo, Seirin aplasta a sus siguientes oponentes. Al darse cuenta de que se están tomando demasiada confianza, el equipo va a ver un partido del Shutoku. Después de ver cómo Shutoku, uno de los tres equipos líderes, aplasta a su oponente, se dan cuenta de que tienen un largo camino por recorrer si quieren mejorar y luchar por el título.

Seirin se enfrenta a Seiho, un equipo construido alrededor de una defensa invencible. Cuando finalmente comprenden la forma de jugar de Seiho puede que sea demasiado tarde. ¿Terminará finalmente la racha del Seirin?

El estudiante de primer año de Seiho se jacta de que el año anterior acabaron 20 puntos arriba, así que su objetivo este año son los 30. En su lugar, Kuroko y Kagami comienzan a usar jugadas para moverse alrededor de la D. Al final del primer cuarto, el marcador está empatado en 19. A la mitad del segundo Kagami hace su cuarta falta. Kagami y Kuroko son sustituidos, y los mayores comienzan a usar sus habilidades especiales. En el tercer cuarto, una leve conmoción cerebral envía a una de las personas mayores de Seirin a la banca. Kuroko entra y promete vengarse de Kagami. Seirin pierde de 6 a 5 minutos del final. ¿Cuál será el resultado?

Kuroko se ha reincorporado al juego en los momentos finales, pero parece que uno de los jugadores se ha dado cuenta de su juego. Seirin está jugando duro, pero si ganan, tendrán la fuerza para jugar un segundo juego.

Seirin se está defendiendo de Shutoku, pero en la segunda mitad se desatan las habilidades de Midorima y Takao, cerrando completamente el juego de Seirin.

La presión del juego está causando que las habilidades de Kagami aumenten rápidamente, continúa anotando manteniendo a Seirin en el juego. Pero sus pensamientos se vuelven más oscuros y egoístas.

Kagami comienza a cansarse permitiendo que Midorima una vez más sea un peligro desde el exterior. Sin embargo, el pase de Kuroko ha evolucionado, y su técnica de sombra también alcanza nuevas alturas, revelando su nuevo pase. Seirin se recupera para tomar la delantera a 3 segundos para establecer un enfrentamiento final entre Midorima y Kagami, un enfrentamiento que Kuroko esperaba y que decidirá el juego.

Después de ganar el torneo, Seirin se encuentra con viejos amigos y un par de rivales a los que acababan de derrotar en un restaurante local. 3 de la Generación de Milagros se reúnen en la misma mesa, Kise, Midorima y Kuroko. Midorima le da a Kagami una advertencia sobre el 4° miembro de la Generación de Milagros, y Kuroko encuentra un perro que adopta.

Kagami es suspendido de la práctica hasta el juego contra Tōō. Kuroko le cuenta a Kagami la historia de la Generación de los Milagros y cómo Aomine fue la primera en florecer.

Incluso sin Aomine, Tōō obtiene una ventaja temprana debido a las investigaciones y predicciones que Momoi ha hecho. Momoi admite que no puede predecir la jugada de Kuroko o la estatura de Kagami, pero cree que Tōō obtendrá una victoria fácil.

Los 10 segundos finales de la primera mitad cuentan con un bloqueo de Kagami a Aomine. Durante el medio tiempo, Seirin decide que Kuroko debe descansar para recuperar algo de fuerza, forzando a Kagami y Aomine a una batalla uno a uno.

Las habilidades de Aomine y su ritmo errático hacen caer a Seirin 20 puntos a 5 minutos de finalizar el tercer cuarto. Kuroko evuelve a entrar a la cancha y Seirin reduce la ventaja a 15 puntos, pero luego Aomine intercepta el pase bala de Kuroko. La pierna de Kagami comienza a fallar, por lo que es reemplazado.

Seirin pierde ante la Academia Tōō por un margen increíble. De vuelta en los vestuarios, Aomine defiende a Kuroko y Kagami le dice a Kuroko que no cree que trabajar juntos los ayude a ganar. Kagami está en la banca durante los siguientes dos partidos debido al daño en su pierna y Kuroko se deprime volviendose sus pases inexactos.

Teppei desafía a Kagami a un combate uno contra uno por el derecho de convertirse en el As para el Seirin en el camino a la Copa de Invierno. Al día siguiente, Seirin comienza el primero de 3 días consecutivos en los partidos de práctica, por lo que cada jugador puede ser evaluado y colocado en un régimen de entrenamiento específico durante el verano. Seirin usa solo los 5 estudiantes de primer año en su partido.

Algunos de sus compañeros de equipo se preocupan porque Kuroko y Kagami no se pasan el uno al otro durante la práctica, pero Teppei les dice que no se preocupen. Se anuncian los dos campamentos de entrenamiento de verano. Durante las primeras 2 semanas de verano, el equipo practicará en la playa, y durante las últimas dos semanas el equipo practicará en las montañas.

Shūtoku toma los 3 partidos de práctica contra Seirin, pero todos los juegos son de dos dígitos, y en ninguno participa Kagami. Después del tercer juego, Kagami descubre que su poder de salto ha mejorado dramáticamente. Midorima lo reta a una pelea uno contra uno y lo obliga a saltar desde su pie derecho.

No es la Academia Tōō contra la secundatrio Kaijō sino Aomine vs. Kise. Solo uno puede ganar, y Aomine ha declarado que aplastará a Kise con todas sus fuerzas.

Kise decide copiar Aomine, pero esto tomará tiempo debido a la diferencia de habilidad. Debido a esto, Tōō es capaz de obtener la gran ventaja. Kise completa con éxito la copia del estilo de Aomine a mediados del tercer cuarto, ejecutando perfectamente los movimientos de la firma de Aomine.

Después de que Kise copiara con éxito el estilo de juego de Aomine, ahora esta a la par con Aomine, lo que hace que el equipo deje que Aomine haga lo que quiera a pesar de tener cuatro faltas.

Los de primer año del Seirin participan en un torneo callejero de baloncesto donde conocen a Tatsuya Himuro y Atsushi Murasakibara de la Preparatoria Yōsen.

El partido callejero se cancela debido a la fuerte lluvia. Mientras tanto, Momoi revela que Aomine no jugó en las finales Inter-High debido a las lesiones que la llevaron a pedirle al entrenador que lo deje en el banquillo. También reveló las razones por las cuales Murasakibara y Seijūrō Akashi de Rakuzan High, no jugaron al 100%.

Las preliminares de la Copa de Invierno se ponen en marcha, con el Seirin enfrentando a Josei High. Esto marca la vuelta oficial para Kiyoshi Teppei "Corazón de Hierro" desde que se recuperó de una lesión en la pierna.

Seirin enfrenta a Senshinkan High. Seirin vence 78-61. Shutoku por su parte también consigue la victoria 123-51 contra Kirisaki Daiichi. Kiyoshi se encuentra con Hanamiya Makoto de Kirisaki Daiichi, al igual que Kiyoshi uno de los reyes sin corona. En su enfrentamiento anterior, Kiyoshi fue lesionado por Hanamiya. El siguiente partido enfrenta al Seirin con el Shutoku.

Las puntuaciones están 25-16 con Seirin liderando. Kagami muestra su mejora saltando dos veces seguidas para detener el falso tiro de Midorima. Para protegerse de las fintas, Seirin cubre a Midorima con Kagami y Kiyoshi, dejando el interior completamente abierto. Kuroko se sienta porque su misdirection es inútil contra el ojo de halcón de Takao.

Con Kuroko en la cancha, el espíritu de equipo de Seirin nunca ha estado más alto. Usando su nuevo regate invisible, es capaz de enfrentarse con éxito a Midorima. Los dos equipos están empatados después de que Hyūga anote un triple. Después de una batalla feroz, todo se reduce a 2 tiros libres de Kiyoshi.

Debido a la prisa de los partidos, no hay tiempo extra, por lo tanto, el partido termina con un empate a 104 cada uno. Por otro lado, Kirisaki Daiichi derrotó a Senshinkhan 108-70, pero se dice que el primero ganó haciendo trampas. Fuera del vestuario, Kagami escuchó la ardiente conversación entre Hyuga y Kiyoshi y luego, por la noche, le preguntó a Hyuga sobre eso. En realidad, es la última oportunidad de Kiyoshi de jugar al baloncesto de la escuela secundaria, a pesar de estar en su segundo año.

Hyuga se une oficialmente al equipo de baloncesto, y también lo hace Riko. Ellos ganan sus primeros partidos y entraron al partido final contra Kirisaki Daiichi. En una de las últimas jugadas, Hanamiya daña deliberadamente la pierna de Kiyoshi. Seirin pierde los siguientes enfrentamientos y es eliminado de los Nacionales. Hyuga está decidido a liderar el equipo el próximo año para ser el mejor en Japón y Kirisaki Daiichi es el siguiente en el camino de Seirin.

El próximo es Seirin contra Kirisaki Daiichi. Como de costumbre, Kirisaki Daiichi juega sucio tanto ofensivamente y defensivamente, tratando de dañar a los jugadores contrarios. Sin embargo, Kiyoshi sigue presionando y su espíritu está ardiendo, pero Hyuga parece no poder encestar ninguno de sus triples. ¿Superará Seirin este enfrentamiento extremadamente difícil?

Seirin se encuentra 5 puntos arriba al entrar en la segunda mitad, y Kirisaki Daiichi ejecuta su trampa, en la que Hanamiya obtiene sus robos con 100% de precisión, y Seirin cae en la trampa. Kuroko sugiere al equipo que se arriesguen para liberarse de esta trampa. ¿Conseguirá Seirin su pase a la Copa de Invierno?

Seirin logró liberarse de la "telaraña" de Kirisaki Daiichi. Sin embargo, el juego aún no ha terminado y Hanamiya tiene otra carta bajo la manga. ¿Conseguirá Seirin su puesto en la Copa de Invierno o se acabó para ellos?

Después de las preliminares de la copa de invierno, Seirin descansa en unas fuentes termales. Para su sorpresa, la academia Tōō, su rival de primera ronda, también se encuentra allí. ¿Estará Seirin nervioso o se llenará de emoción?

Antes de que comience la Copa de Invierno, Akashi convoca al resto de la Generación de los Milagros. Kagami también se une y es una mala primera reunión entre Akashi y Kagami. Se inicia el tan esperado encuentro entre Seirin y la academia Tōō ¿quién tomará la ventaja?

Seirin logró seguir el ritmo de la Academia Tōō. Sin embargo, las cosas simplemente no funcionan ya que Kuroko está siendo marcado por Aomine. ¿Cómo volverá Seirin al juego?

Kagami logró detener a Aomine y acercó a Seirin a la Academia Tōō. Solamente dos abajo, Seirin parecía ser capaz de mantener el ritmo. Sin embargo, otra crisis pronto sucedería. ¿Cómo impedirá esto las posibilidades de Seirin de ganar la revancha?

Imayoshi es capaz de inmovilizar a Kuroko, y Sakurai logra detener a Hyuga, ambas acciones son instruidas por Momoi. El verdadero Aomine se revelará pronto, entonces ¿cómo lo enfrentará Seirin?

En esta etapa, detener al Aomine más fuerte se ha convertido en la prioridad para Seirin, si no, perderán. Después de volver al juego, Seirin no pudo detener al Aomine que entró en la Zona. Sin embargo, Kagami ha logrado detener a Aomine y ¿cómo será la batalla de los ases?

Comienza una intensa batalla entre los Ases de sus equipos, Aomine y Kagami. No se dan respiro y bloquean los disparos entre ellos. Los otros jugadores en la cancha están muy sorprendidos por la batalla de los ases en la zona, lo que hace que su enfoque y velocidad de reacción estén en su punto máximo. Kagami supera a Aomine y anota una canasta, para minimizar la ventaja a solo 3 puntos.

Después de la dura y estrecha victoria sobre la academia Tōō, el equipo de Seirin decide encontrar un lugar para descansar. Sin lugares a donde ir, Kagami le ofrece al equipo su casa. Después de una noche de descanso para el equipo, encuentran a Alexander García, la maestra de Kagami. El equipo de Seirin, junto con Alex, fue a ver el partido de la Copa de Invierno entre Onita y Shutoku, con este último tomando la victoria fácilmente, y Midorima llamando la atención de Alex.

Mientras progresa el partido entre Seirin y Nakamiya Sur, en la biblioteca de la Academia Tōō, Imayoshi y Susa discutieron sobre la posibilidad de Seirin de ganar el partido mientras estudiaban. De hecho, Seirin está en una situación difícil para vencer a Nakamiya Sur. Imayoshi dijo que Seirin no ha dado su 120% y que se han vuelto un poco demasiado confiados después de derrotar a la academia Tōō.

Todavía incapaz de anotar contra Murasakibara y el equipo de Yōsen, Seirin recurrió a los tiros de Kuroko, y volver a encaminar el juego. Sin embargo, Himuro aún no ha jugado su última bola, ¿Seirin estará preparado para eso?

Aomine piensa que Himuro es bueno, aunque este último nunca apareció en un torneo en Japón. De regreso al juego, Himuro ejecuta una excelente finta sobre Kagami para luego hacer una suave transición para tomar un tiro en salto, al cual Kagami y Hyuga no pueden reaccionar. Antes del partido, Himuro le dijo a Murasakibara que quería aplastar a Kagami, y que ser "hermanos" está interponiéndose en su camino para ser un jugador de baloncesto mejor.

Con Murasakibara finalmente apareciendo en el lado ofensivo, Seirin pierde lentamente la esperanza de tener la oportunidad de ganar contra Yōsen y pasar a la final. Con la ayuda del vice capitán, Fukui, Murasakibara atrapa el balón y hace un mate, haciendo que el aro se rompa y choque contra el suelo, disminuyendo aún más la esperanza de Seirin.

A medida que el partido continúa en el último cuarto, Yōsen sigue manteniendo su liderazgo y con Kiyoshi fuera, los jugadores de Seirin se enfrentan a tiempos difíciles marcando puntos. Seirin comienza a usar la misma defensa de cuerpo a cuerpo de 2-3 hombres como lo usa Yosen, pero Himuro y Murasakibara son capaces de superarlo fácilmente. Sin embargo, el espíritu de Kagami para ganar lo lleva a la Zona una vez más. Después de algún tiempo en la Zona, Seirin reduce la ventaja a cuatro puntos.

En el último minuto del cuarto trimestre, Murasakibara ingresa a la Zona. Sin embargo, Kagami tenía tanto espíritu para ganar que excedió sus límites y utilizó el "Meteor Jam", su nueva oportunidad que solo puede usar en la Zona. Introdujo el balón, anotando el punto final. Sin embargo, Atsushi todavía tenía determinación y fue a por la victoria. Sin embargo, Murasakibara no pudo saltar y Kuroko bloqueó su disparo, entregando la victoria a Seirin.

Seirin High School llega a las semifinales de la Copa de Invierno. Derrotaron a Toô Gakuen, con Aomine, y Yosen, dirigido por Murasakibara, ambos de la "Generación de Milagros", causando que Seirin sea una de las escuelas más notadas.

Comienza la semifinal entre Kaijo y Fukuda Sogo. Para Kise, Haizaki es un némesis contra el que no ha ganado ni una vez.

La habilidad de Haizaki no es copiar un movimiento que ha visto una vez, sino "robarlo". Kaijo comienza a ser arrinconado ya que las jugadas con la firma de cada jugador están selladas. Incluso Kise, que tiene una variedad de movimientos gracias a su habilidad de Copiar, comienza a quedarse sin estos a medida que avanza el juego.

Los últimos cuatro de la Copa de Invierno finalmente se han decidido. Sin embargo, el día de las semifinales, Kuroko y Kagami se dieron cuenta de que sus zapatillas de baloncesto estaban rotas y se apresuraron a comprar zapatos nuevos. Sin embargo, ¡Kagami no puede encontrar zapatos de su tamaño!

La primera partida de semifinales es entre Shutoku y Rakuzan. La ofensiva y la defensa están en niveles altos, pero el curso del juego cambian durante el segundo cuarto.

Frente al Emperor Eye de Akashi's, que ve los movimientos futuros de los oponentes, parece que Shutoku no tiene posibilidades de victoria. ¡Pero la voluntad de luchar una vez más se ilumina a los ojos de los miembros del equipo!

Después del partido Rakuzan vs. Shutoku, Rakuzan gana con el resultado de 86 - 70 contra Shutoku. Para el equipo Shutoku, es una gran derrota e incluso Takao y Midorima lloraron después del juego.

La batalla entre Seirin y Kaijo finalmente comienza. Seirin intenta asegurar su victoria golpeando primero, pero Kise inesperadamente comienza a usar su copia perfecta al comienzo del juego, demostrando su fuerza abrumadora.

El juego Seirin-Kaijo estaba al rojo vivo debido a la batalla entre sus jugadores as. Seirin pasa a la ofensiva. Como el último en despertar, y con un potencial comparable a la Generación de Milagros, Kagami estaba en camino a desatar ese talento latente. Kise sintió la amenaza más que nadie. ¡¡¡Por eso definitivamente no quería perder!!!

La lesión de Kise empeora y su entrenador le ordena que baje de la cancha por un tiempo y descanse hasta los últimos dos minutos del último cuarto en el que podría usar su copia perfecta. El talento de Kagami dan paso a que Seirin tenga una brecha de 15 puntos arriba a cuatro minutos del final. La frustración de Kise lo lleva a recuperarse rápidamente, decidido a ganar la copa. Rico se sorprende y se da cuenta de que la copia perfecta de Kise puede durar hasta el final del partido.

Kise se recupera y logra eliminar la brecha de 15 puntos entre ambos equipos. Kaijo se convierte ahora lidera el encuentro con una puntuación de 78-77. Seirin se impacienta y sus movimientos se vuelven rígidos a medida que la rápida recuperación de Kise y la persistencia de Kaijo para ganar conquista el espíritu de la multitud, presionando a Seirin.

Kuroko finalmente encuentra una manera de detener a Kise, y Seirin gana con un tiro de Kuroko.

Kuroko se coloca por primera vez en el tercer equipo de baloncesto de Teiko. Después de practicar todos los días después de la escuela con Aomine, Akashi se dio cuenta del talento de Kuroko y lo incorpora como el "Phantom 6th Man".

Nijimura le da el puesto de capitán a Akashi porque su padre está enfermo convirtiéndose este en capitán. El entrenador de Teiko regresa y Midorima y Murasakibara se pelean y Kuroko los reta a un juego de práctica.

El viejo entrenador aconseja a Aomine que siga jugando baloncesto hasta que encuentre un oponente digno. Teiko gana la final nacional y el viejo entrenador se derrumba.

Kuroko quedó inconsciente en el juego antes de la gran final, en la que Teiko jugará contra el amigo de Kuroko, el equipo de Shige. Kuroko recupera la conciencia y, como no puede jugar en el juego, le pide a Akashi que haga que Teiko juegue de la mejor manera posible.

Seirin se prepara mentalmente para el gran partido final de la Copa de Invierno. Los equipos de los partidos anteriores, incluidos los miembros de la Generación de los Milagros vienen a ver la gran final. Durante el decisivo para el partido por el 3er lugar, Kise se queda fuera del partido y Shutoku gana contra Kaijo, 96 a 54.

Kagami sigue usando drenando su resistencia estando en la zona, Riko cambia a Kuroko por Mitobe para que Kagami pueda enfocarse en la ofensiva. Akashi se enfrenta a Kagami y el primero toma el control del juego hasta que la defensa de Mitobe interrumpe el flujo.

Kuroko observa la jugada de Mayuzumi desde el banquillo.

Rakuzan vs. Seirin ingresa al tercer cuarto. Seirin, sin darse por vencido, confia en sus anotadores Hyuga y Kagami con todas sus esperanzas.

Aunque Kuroko llegó a romper el punto muerto, Cheng Rin fue completamente reprimido por Luo Shan. Dai se convirtió completamente en el accesorio de Akashi, su tarea consistía en estar a la vista de Vulcan. Yiyue provocó que Ye Shan también subestimara al enemigo, Ye Shan jugó el verdadero nivel de cinco generales, rompiendo la defensa de Yiyue y anotando sin problemas.

El juego progresó al último cuarto, aunque Seirin estaba reduciendo la diferencia de puntos, pero enfrentaron una gran crisis de no lanzar. Hyuga vio a través del "Vacío" de Lingyang, y él se animó y volvió a jugar. El juego terminó en diez minutos, pero todavía había una diferencia de veinte puntos entre Seirin y Naksan.

Akashi pierde por completo la paciencia con Seirin, y tiene la intención de defenderse y atacar solo. El rango defensivo de Akashi cubre casi toda la cancha, y el equipo de Seirin está indefenso. Frente al Akashi en toda regla, Seirin y todo Rakusan cayeron en estado de shock y pánico.

Después de un breve descanso, Akashi se calmó. Se disculpó con sus compañeros de equipo por su molestia. Akashi, que estaba de pie nuevamente en la cancha, hizo que Vulcan sintiera el frío. Después de ver la actuación de Akashi, todos en la era de los milagros abrieron los ojos, porque Akashi ha vuelto a ser como solía ser.

A diferencia de la ZONA real, esa es la unión de Naksan y Seirin. Pero solo quedaban 40 segundos y el juego llegó a su fin poco a poco. El camino que Hyuga pasó por Yiyue en ese momento.