Clark manages to escape from the Phantom Zone with the help of an unexpected ally. He subsequently sets out on a mission to hunt down the dangerous prisoners who followed him to Earth. Adding to Clark's troubles, there is a new vigilante in town who goes by the name Green Arrow. Meanwhile, Lex and Lana take the next step in their relationship. As the season progress, the rivalry between Clark Kent and Lex Luthor will explode into a fierce good-versus-evil battle.

Alors que Lex se rapproche de Lana, Clark se plonge, aux côtés de Chloé et de Jimmy Olson, dans de nouvelles enquêtes liées aux météorites et à son passé. De plus, il peut désormais compter sur un nouvel allié, l'Archer Vert...

Sie haben es mit Freundschaft versucht. Doch ihre Lebenspfade bringen sie immer wieder auf Kollisionskurs: In der sechsten Staffel jener spektakulären Serie, die die Figuren und Ereignisse des SUPERMAN-Mythos in einem neuen Licht betrachtet.

קלארק לכוד ב-"אזור הפאנטום", מוקף בכל האויבים שג'ור-אל כלא. עם זאת, בעל ברית בלתי צפוי יבוא לעזרתו. בינתיים זוד המשתמש בגופו של לקס בניגוד לרצונו מתקדם בתוכניתו להפוך את כדוה"א לכוכב קריפטון החדש, כאשר הוא משתמש בלאנה על מנת להעמיד יורש.

Os arcos principais da sexta temporada envolvem histórias de Clark tentando recapturar vários criminosos que escaparam da Zona Fantasma, os destinos de Lionel Luthor e Lex Luthor, após o General Zod possuir o corpo de Lex e Lionel ser o emissário de Jor-El, e as apresentações de personagens da DC Comics Jimmy Olsen, Oliver Queen e Caçador de Marte, interpretados por Aaron Ashmore, Justin Hartley e Phil Morris, respectivamente. Outros enredos principais envolvem o casamento de Lana e Lex, a descoberta de Chloe como infectada por meteoros, bem como o secreto 33,1 um dos projetos de Lex.

Кларку Кенту удаётся вырваться из Фантомной Зоны, где он оказался из-за Генерала Зода. Однако вместе с ним из тюрьмы сбегают фантомы, которые разбегаются по всему миру. Каждый из них обладает набором суперспособностей и имеет возможность причинить много зла, поэтому Кенту необходимо выследить и обезвредить их всех.

Впервые появляется Оливер Квин, который собирает команду Лиги Справедливости. В команду входят Аквамен, Киборг и Флеш. Иногда им помогает Кларк, и вместе они пытаются всячески разрушить планы Лекса и ликвидировать базы по учёту и ликвидации людей со сверхспособностями, которые он построил по всему миру.

Лоис какое-то время встречается с Оливером, но по ряду причин решает расстаться с ней.

Sucede poco después del fin de la Quinta Temporada.Trata sobre el enfrentamiento entre Clark,(Kal-El) y Zod, quien arroja a Clark a la Zona Fantasma, y trata también sobre el enfrentamiento entre Clark y los criminales que escaparon de la Zona Fantasma el día que Clark escapó de allí.Además,un secreto de Chloe es revelado,y esta temporada relata la relación amorosa de Lana Lang y Lex Luthor. Mientras tanto, teniendo el control sobre el cuerpo de Lex (Michael Rosenbaum), Zod mantiene a Lana (Kristin Kreuk) cautiva con la intención de exigirle concebir a su heredero y comienza sus planes de convertir la Tierra en el planeta Krypton. Cuando Clark logra salir de la zona fantasma libera por accidente a cuatro bandidos alrededor del planeta.

Zod sprider kaos i världen med Brainiacs datavirus. Clark lyckas fly ut ur Spökzonen med hjälp av en bekant till Jor-El, men flera andra fångar rymmer också. Clark stoppar Zod och viruset och befriar Lex från Zod. Han får en ny superkraft, superandedräkt, och kan nu blåsa upp kraftiga vindar. Under tiden Clark jagar upp de förrymda fångarna från Spökzonen kommer Lex Luthors ärkerival Oliver Queen (Green Arrow) till Metropolis och försöker utreda källan till "Svarta Torsdagen". Clark och Oliver blir snabbt vänner och börjar samarbeta. Lex bygger i hemlighet projektet 33.1, där han kidnappar människor med superkrafter och gör olika tester på dem. Clark slår sig ihop med Olivers "superhjältegrupp" (bestående av Arthur Curry/Aquaman, Bart Allen/Flash och Victor Stone/Cyborg) och stoppar 33.1. Lex har 33.1-fastigheter över hela världen, och Oliver och hans team lämnar Smallville för att förstöra dem. Lex lurar Lana till att gifta sig med honom och hon får reda på Clarks hemlighet, varpå hon iscensätter sin egen död. Clark och Lionel hittar till slut den sista fången från Spökzonen. Fången snor en bit av Clarks DNA, blir en kopia av honom och går under namnet Bizarro. Bizarro knockar Clark och flyger iväg.