Nebula porta Hercules e Iolao in Sumeria, dove gli dei arrabbiati stanno distruggendo le città. Per rimediare alla situazione il Re Gilgamesh porta Hercules con lui in una piramide dove trovano un calice di nettare. Ma Gilgamesh tradisce Hercules bevendo il nettare e diventando un discepolo del demone Dahak. Gilgamesh tenta di sacrificare un guerriero (Nebula) ma Iolao, innamorato di lei, la salva morendo al posto suo. Hercules elimina Gilgamesh.

Shockato per la morte di Iolao in Sumeria Hercules e Nebula decidono di discendere negli inferi per tentare di riportarlo in vita senza successo.

Ancora shockato per la morte di Iolao Hercules lascia la Sumeria per andare in Irlanda dove affronta la malvagia Mórrígan che sta uccidendo molti druidi.

Salmoneo e Autolico trovano una lampada da cui, strofinandola, esce un genio, Jinni, che può esaudire tre desideri. Autolico chiede di essere invisibile. Invece Jinni lo rende intangibile in modo che non possa afferrare nulla. Salmoneo nel frattempo è indeciso se chiedere più sensibilità o più crudeltà così Jinni gli dà entrambe sotto forma di due cloni, Cry Baby Sal e Tough Guy Sal. Non esprimendo il terzo desiderio tornano normali e vengono imprigionati nella lampada ma scappano e Autolico esprime il desiderio di creare un sacco di cloni del genio in modo che lui stia in compagnia.

I romani condotti da Giulio Cesare arrivano in Irlanda per invaderla. Hercules prepara la difesa celta e scopre che ha qualcosa in comune con Morrigan.

Hercules lascia l'Irlanda per andare in Scandinavia dove il dio nordico Balder ha bisogno del suo aiuto: ha infatti sognato di morire. Hercules si sorprende che una divinità (Balder) si preoccupi dei mortali. Odino per impedire che il figlio muoia lo rende invincibile ma nonostante tutto lui muore colpito da un ago avvelenato. In seguito Thor viene sconfitto da Hercules e Odino lo caccia via e dice a Hercules che il crepuscolo delle divinità è vicino. Infatti se muore Balder, Thor viene sconfitto e Odino perde la vista arriverà il crepuscolo.

È Loki, un altro figlio di Odino, a volere che arrivi il crepuscolo: è stato infatti lui, trasformato in bambina, a dare a Hercules l'ago avvelenato con cui è stato ucciso Balder. Loki fa in modo che Odino diventi cieco e inizi il crepuscolo. Hercules per fortuna grazie a dei colori magici riesce a tornare indietro nel tempo e a impedire che avvenga il crepuscolo.

I druidi vengono massacrati da Dahak e Hercules e Morrigan vanno in Sumeria per fermare Dahak. Hercules si reca nella tomba di Iolao e scopre che è vuota e che Dahak ha posseduto Iolao. Dopo un combattimento con Hercules Dahak scappa inseguito da Hercules, Morrigan e Nebula.

Il capo dello studio B.S. Hollingfoffer ordina ai produttori e agli sceneggiatori di riunirsi a Camp Wannachuck dove avrebbero pensato a nuove e migliori idee per gli episodi di Hercules. Kevin Sorbo, che è veramente Hercules, arriva alla riunione e propone qualche sua idea come una nobile morte per Iolao. Sorbo salva anche i suoi colleghi da tre attentati alle loro vite, tutti organizzati da Hollingfoffer e da Kevin Tod Smith, che è veramente Marte.

Hercules e i suoi amici inseguono il demone Dahak fino a Corinto dove Dahak si è nominato salvatore del popolo. Il suo obiettivo è quello di riportare il mondo come era prima ai tempi dei titani. Hercules e Zarathustra trovano la Pietra della Creazione e raggiungono Nebula, Morrigan e Giasone nella fortezza di Dahak. Hercules usa la pietra per imbrigliare la luce dell'alba che diventa metallica e lega Dahak all'altare. Hercules inizia a esorcizzare Iolao in modo da espellere Dahak dal suo corpo.

Dahak, legato all'altare, progetta di uccidere Marte e mostra a Hercules come ha convinto Iolao a farsi possedere da lui al momento della morte. Quando il tempo sta per scadere Hercules viene risucchiato nel mondo spirituale dove trova il vero Iolao. I due amici combattono insieme contro Dahak gettandolo nel baratro. Poi dopo aver detto addio a Hercules Iolao scompare.

Un'eruzione rischia di distruggere le case degli abitanti del Monte Pellione. Hercules decide di salvarli scavando una galleria di sfogo dall'altro lato del vulcano, usando dei cristalli esplosivi, cosicché la lava possa avere sfogo senza causare danni e finire in mare.

L'amazzone Ephiny si unisce a lui e a Kurth, un giovane condannato a morte per aver ucciso il Centauro figlio di Nagus. Hercules convince Nagus ad aiutarlo con il carro di cristalli esplosivi. La maggior parte dei cristalli vengono persi per un incidente, così il resto deve essere depositato direttamente nella bocca del cratere.

Hercules è pronto a gettarsi nel cratere insieme ai cristalli pur di fermare l'eruzione, ma la frase del centauro Nagus: "il mondo ha bisogno di Hercules",spinge Kurth a compiere il gesto con una mossa improvvisa e per riscattarsi si fa carico della missione suicida. Dopo questo gesto Nagus dichiara di averlo perdonato e non provare più rancore verso di lui.

Hercules viene risucchiato in un mondo parallelo. Qui incontra l'Hercules del mondo parallelo (il Sovrano, che è cattivo) e anche lo Iolao del mondo parallelo (che è un giullare). Mentre il Sovrano viene ucciso da Marte Hercules, spacciandosi per il Sovrano, scopre che Nebula, la malvagia imperatrice del mondo parallelo, e Marte hanno imprigionato gli dei dell'Olimpo nel Labirinto della Memoria Eterna. Hercules e Iolao entrano nel labirinto, sconfiggono Marte e Nebula e liberano gli dei. Lo Iolao del mondo parallelo (Iolao 2) decide di seguire Hercules nel suo mondo per aiutarlo nelle sue imprese.

Il nuovo Iolao vuole conoscere più cose sul primo Iolao, perché Hercules non ne senta troppo la mancanza avendo lui come nuovo compagno di avventura. Perciò Hercules gli racconta di come erano amici, di quali imprese hanno fatto, e in particolare di quando Autolico rubò un rubino e lo nascose inghiottendolo. Rubando il rubino venne però colpito da una maledizione: una tigre di pietra prese vita e minacciava di ucciderlo ma Hercules e Iolao riuscirono a salvarlo. Il rubino venne fatto sputare dalla bocca di Autolico e ritornò al suo posto ponendo fine alla maledizione.

Altea, ex compagna di danze di Hercules, è diventata una stilista di moda e sta cercando di entrare tra le case di moda che sfilano sulle passarelle di Oena. Ma per poterci riuscire deve chiedere a Hercules di aiutarla poiché il conte Von Verminhaven le impedisce di esibirsi per favorire la sua concorrente.

Hercules decise di aiutare Altea e di darle la possibilità di esibirsi, ma viene arrestato dalla polizia per il folle reato di indossare cuoio d'estate. Le cose peggiorano quando Oena ruba i disegni di Altea e brucia il suo lavoro. Con l'aiuto di Hercules, Titus e della Vedova Twanky, la presentazione di Altea ottiene comunque un grande successo e Hercules spingerà la popolazione a vestirsi come meglio crede, senza farsi assoggettare dal volere altrui.

Havisha, una ex sacerdotessa dell'oracolo di Cipro, e il suo fidanzato Drayus sono uccisi da ladroni la notte stessa in cui l'uomo le chiede di sposarlo. Ma Havisha ritorna dal regno dei morti per vendicarsi.

Dopo avere ucciso gli uomini che l'assassinarono, attacca l'Oracolo. Hercules arriva appena in tempo per convincere Havisha a desistere e lei riparte con lo spirito di Drayus. L'Oracolo, nel frattempo, abbandona il suo lavoro perché nel salvarla Hercules ha sfidato il fato per lei previsto. Morrigan, che accompagna Hercules, si allontana dalla sua gente, ma i due sanno che porteranno sempre Cipro con loro.

Hercules e Giasone accompagnati da Iolao II,sono tornati all'Accademia di Chirone ma trovano che le cose sono molto cambiate rispetto alla loro ultima visita. Al loro arrivano incontrano Lilith una loro compagna d'accademia, che nel salutare Iolao II lo scambia per il vecchio Iolao. La commozione nel ricordo del vecchio amico che non c'è più, colpisce il gruppo, che però ha ben altri problemi al momento, infatti i giovani sono senza controllo, e il direttore lascia la scuola nelle mani di Hercules.

Zylus, un appartenente dell'alta borghesia, ha un piano segreto per impadronirsi della scuola. Quando Hercules scopre che Zylus e i suoi amici sono gli assalitori mascherati con i quali ha lottato appena arrivato, espelle il gruppo. Zylus cerca di bruciare la scuola, ma fa male i conti con il semidio. Dopo la lotta, Hercules nomina Giasone nuovo direttore dell'accademia, e Lilith, il primo amore di Giasone, promette di visitarla spesso.

Discordia fa diventare umana una sirena (Nautica) in modo che gli oceani si congelino. Infatti quella sirena riscalda gli oceani e se non ritorna in acqua entro un giorno gli oceani si congeleranno. Ovviamente la sirena non lo sapeva sennò non avrebbe mai accettato. Iolao II si innamora della sirena che però viene rapita da Discordia in modo che non possa tornare in acqua. Iolao II la salva e la fa tornare in acqua.

In un futuro un po' lontano il giovane Artu è un tiranno che opprime la popolazione. Merlino lo manda indietro nel tempo, dove c'è qualcuno che possa fermarlo. L'incontro con Hercules cambierà il destino di Artù, che capirà quali sono i valori della vita e una volta tornato al futuro fonderà un regno giusto grazie agli insegnamenti di Hercules.

Iolao II alla fine dell'episodio dopo aver salvato la sua amata sirena (già apparsa nell'episodio Love on the rocks) si trasforma anche lui in uomo pesce in modo da poterla sposare e vivere con lei tutta la sua vita. Hercules resta così solo...

L'arcangelo Michele libera i quattro cavalieri dell'apocalisse in modo che avvenga la fine del mondo. Iolao torna sulla Terra per avvertire Hercules. Hercules, Iolao e Marte tentano di impedire che i quattro cavalieri vengano liberati ma non ce la fanno. Anche l'ultimo cavaliere, quello della morte, viene liberato e l'arcangelo ordina alla morte di uccidere per primo Iolao. Ma Hercules si sacrifica per salvare la vita al suo miglior amico e dopo un combattimento con la morte lui e la morte cadono nella lava. Grazie all'atto di altruismo di Hercules l'arcangelo Michele decide di risparmiare l'umanità, riporta in vita Hercules e permette a Iolao di tornare sulla Terra.