Abans de la ronda final de l'examen de Chuunin, en Naruto rep un entrenament especial del llegendari Sennin Gripau, en Jiraiya. Quan es reprenen les batalles, en Naruto està preparat, però què li passa a en Sasuke? Està a punt d'enfrontar-se a l'únic ninja que ningú, ni tan sols en Naruto creu que pugui vèncer. Però enmig de tot, es posa en marxa un complot sinistre i la Vila Oculta de la Fulla és atacada!

第 2 季包含《毁灭木叶行动篇》和《纲手搜索篇》

《毁灭木叶行动篇》（日语：木ノ葉崩し編）火影忍者第三篇章，在2003年10月8日－2004年4月21日期间播出，改编自原作漫画的第90－138章。故事直接延续中忍考试预选过后，所有晋级者各自修炼后参加正式选拔赛。但比赛过程中，敌人突如其来展开的“毁灭木叶行动”迫使考试中断，导致各个下忍、上忍以及三代火影，为了保护木叶村而与敌人展开背水一战。

《纲手搜索篇》（日语：綱手搜索編）作为火影忍者第四篇章，在2004年4月28日－10月27日期间播出，改编自原作漫画的第139－171章。主要讲述经过毁灭木叶行动过后，为了使群龙无首的木叶村重回全盛时期，鸣人跟随之前陪他修炼的师父自来也，一起去寻找离村多年的初代火影孙女纲手，打算让她接任火影之位。但另一边，毁灭木叶的罪魁祸首大蛇丸，同样把魔掌也伸向纲手。后半段为动画首个原创剧情篇章，在2004年9月15日－10月27日期间播出。主要讲述纲手接任五代火影之后，鸣人、小樱以及康复的佐助，负责保护茶之国少年森乃伊驮天而让他赢下一场赛跑，避免外面的敌人前来干预伊驮天的比赛。

(053-078) Třetí řada (2003–2004), (079-104) Čtvrtá řada (2004)

Before the final round of the Chunin Exam, Naruto receives some special training from the legendary Toad Sage, Jiraiya. When the battles resume, Naruto is ready, but what about Sasuke? He's about to face the one ninja no one, not even Naruto thinks he can beat. But in the midst of everything, a sinister plot is set in motion, and the Village Hidden in the Leaves finds itself under attack!

Avant la dernière épreuve de l'examen Chunin, Naruto reçoit un entraînement spécial du légendaire Sage des Crapauds, Jiraiya. Lorsque les combats reprennent, Naruto est prêt, mais qu'en est-il de Sasuke ? Il est sur le point d'affronter le seul ninja que personne, pas même Naruto, ne pense pouvoir battre. Mais au milieu de tout cela, un sinistre complot se met en place, et le Village Caché de la Feuille se retrouve attaqué !

לפני הסיבוב האחרון של בחינת הצ'ונין, נארוטו מקבל הכשרה מיוחדת מחכם הקרפד האגדי, ג'יראיה. כשהקרבות מתחדשים, נארוטו מוכן, אבל מה עם סאסקה? הוא עומד להתמודד מול הנינג'ה האחד שאף אחד לא, אפילו נארוטו, לא חושב שהוא יכול לנצח.

I giovani ninja sono impegnati nel difficoltoso esame per diventare chunin. Tante insidie e minacce li attendono, e anche pericolosi complotti! Inoltre, dovranno anche affrontarsi fra loro. Chi riuscirà ad ottenere l’ambita promozione?

Ingressão do Time 7 para os Exames Chūnin e a introdução de novos personagens, como o resto dos Nove Novatos e Orochimaru.

Наруто знакомится с Дзирайей, одним из Легендарных Саннинов, и просит его стать своим учителем. Начинаются битвы финальной части экзамена. Во время поединка между Саскэ и Гаарой на Коноху внезапно нападают ниндзя селений Песка и Звука, а на Третьего Хокагэ — Оротимару.

Muốn được thăng lên cấp kế tiếp, Nhóm 7 và các ninja hạ đẳng khác đối mặt một kỳ thi khó khăn với các câu hỏi hóc búa, đối thủ nguy hiểm và cuộc chiến tay đôi.