住在以第七迷宫为中心的城镇，支乡的年轻人阿里巴巴，通过做着车夫的打工逐渐实现着自己攻略迷宫，成为大富翁的梦想。这样的一天，他与为寻找『魔神的金属器』而旅行着的迷之少年，阿拉丁相遇了。阿里巴巴在目睹了潜藏于他所持有的笛中的『乌戈君』的力量后，向阿拉丁提出了共同进行迷宫攻略的邀请。 魔笛MAGI第二季全集动画预定播放内容为原作的大圣母篇。

After celebrating their victory against Al-Thamen, Aladdin and his friends depart the land of Sindria. With the end of the battle, however, comes the time for each of them to go their separate ways. Hakuryuu and Kougyoku are ordered to go back to their home country, the Kou Empire. Meanwhile Aladdin announces he needs to head for Magnostadt—a mysterious country ruled by magicians—to investigate the mysterious events occurring in this new kingdom and become more proficient in magic. For their part, encouraged by Aladdin's words, Alibaba and Morgiana also set off in pursuit of their own goals: training and going to her homeland, respectively.

Aladin, Alibaba et Morgiane quittent le royaume de Sinbad pour suivre leur propre voie. Tandis que Morgiane part découvrir la terre de ses parents, Alibaba décide de se perfectionner dans l'art du combat et Aladin dans les arts magiques…

Die Abenteuer von Aladdin, Alibaba und Morgiana gehen weiter, wenngleich sie diesmal verschiedene Wege gehen. Denn um mehr über die geheimnisvolle Organisation Al-Thamen zu erfahren und seine Fähigkeiten als Magi zu verbessern, begibt sich Aladdin diesmal ganz allein auf die Reise nach Magnostadt, dem Königreich der Magier.

Sytuacja polityczna na kontynencie staje się coraz bardziej napięta. Imperia Kou i Riem, a także królestwo Sindrii zbierają siły do nieuchronnego starcia, a do tego siejące chaos Magnostadt i tajemnicze Al­‑Thamen również zamierzają wykonać swoje ruchy. Pośród tego bałaganu nasza czwórka bohaterów szykuje się do rozstania, ponieważ każde z nich postanowiło zmierzać do innego celu. Alibaba musi opanować w pełni swojego dżina, by walczyć na równi z przeciwnikami, których spotkanie w przyszłości jest nieuniknione, Morgiana chce na własne oczy przekonać się, czy na Czarnym Kontynencie rzeczywiście nie pozostał już żaden Fanalis, Hakuryuu planuje zamach stanu we własnym państwie, a Alladyn zamierza udać się do Magnostadt, by tam nauczyć się więcej o magii i zrozumieć, co łączy to miejsce z tajemniczą Organizacją.

Підкорення Вежі Загану допомогло відстояти Сіндрію від нашестя злих сил. На честь Аладіна та його друзів король Сіндрії, Сіндбад, влаштовує святкування. Але це тільки відкладе початок нової війни. А зупинити темну організацію може лише імперія Рем, яку, за чутками, вже 200 років очолює легендарна маґі Шахерезада. Задля порятунку світу героям потрібно стати сильнішими та знайти союзників. Через це нашій компанії доведеться розійтися. Кожен вирушає своїм шляхом. Морджана відправляється на пошуки рідного племені. Алібаба — до Рейму, щоб завершити військове тренування. Хакурю, Коґьоку та Какобун повертаються додому в імперію Ко, яка знаходиться під контролем Аль-Тамена — темної організації. Хоч вони й втратили трон, який вже зайняла відьма Ґьокен, принц та принцеса сподіваються вплинути на братів та сестер, щоб запобігти вторгненню. У той час Аладін прибуває до Маґноштадту — міста-фортеці, академії чаклунства, лідер якої зневажає простих людей…