L'inspiegabile omicidio di Martha e Thomas Wayne, genitori di Bruce, il futuro Batman, da' l'avvio alla storia. Le indagini sono affidate ai detective Harvey Bullock e Jimmy Gordon, il primo cinico poliziotto pronto a scendere a patti con la malavita e l'altro l'integerrimo ex militare ancorato ai principi di onestà e giustizia. Del duplice delitto viene accusato un criminale da strada, Mario Pepper (padre della futura Poison Ivy), che viene ucciso da Harvey nel corso di un inseguimento. Gordon scopre, però, che la prova a carico di Pepper (la collana rubata a Martha Wayne) è stata messa apposta dalla polizia sulla scena del delitto con la complicità di Fish Mooney, una criminale senza scrupoli affiliata alla famiglia mafiosa di Falcone.

Il governo accetta di riunificare Gotham con la terraferma, a patto che non ci siano inconvenienti; intanto Alfred è scomparso da cinque giorni e Bruce, ignorando l'avviso di Gordon, va a cercarlo e si imbatte in una coppia identica ai suoi genitori. Seguendola, il ragazzo si ritrova in un tunnel sotterraneo che lo porta a Villa Wayne dove, oltre la coppia, trova Jeremiah: quest'ultimo, infatti, ha ipnotizzato, con l'aiuto di Jervis Tetch, Alfred, un uomo e una donna a cui ha fatto modificare chirurgicamente i tratti per renderli identici ai suoi genitori. Il criminale vuole ancora stringere un legame con Bruce e, se non può con l'amicizia come desiderava, lo avrebbe fatto con l'odio, facendogli rivivere il ricordo più importante della sua vita, ovvero l'uccisione dei suoi genitori, ma facendone parte come assassino.