布鲁斯穿上福克斯给他的特制服装，继续在深夜的哥谭行侠仗义。阿尔弗雷德见识了布鲁斯的胆识后，便也不像之前那么抗拒布鲁斯出动了，而是跟在他身边，为他保驾护航。这天深夜，布鲁斯来到码头，正暗中监视企鹅旗下的军火组织的一举一动。突然间，他看见一位小贼正在鬼鬼祟祟地潜入码头，看样子似乎想对这批军火图谋不轨。阿尔弗雷德知道情况后，认为贼偷贼，便让他们自行厮杀，想劝布鲁斯坐山观虎斗。但布鲁斯看着小贼的身影，似乎有点按捺不住，他没等阿尔弗雷德劝住便跳了下地，不料被军火队伍发现，立即展开了一场激烈的枪战。幸好布鲁斯身手了得，没有被人擒住，小贼也趁着混乱逃到了一边。小贼躲到远处后，不禁摘下面具大口喘气，原来这位小贼正是塞琳娜。企鹅科波特在哥谭市内四处安插眼线，黑白两道通吃，任何事都瞒不过他的法眼。在他彷如只手遮天的日子里，依旧有人在他眼皮底下作乱。被他冰封起来放在酒吧作摆设的谜语人爱德华，居然被人救走了。救走爱德华的人是他的小学同学兼顶级崇拜者默特尔。

布鲁斯把拍卖得来的古刀，带去给博物馆馆长温斯洛普博士进行鉴定，并拜托他帮忙研究一下，这把属于一世纪美索不达米亚国王巴拉西的古刀，到底有什么含义，蕴含什么力量。温斯洛普博士拿到古刀后，一时之间也无法判断，布鲁斯只好先把古刀放在博物馆，让博士慢慢研究一下。这时，博士那酷爱考古的孙子艾利克斯放学回来，他颇有兴致地和爷爷一起研究古刀，并礼貌地向布鲁斯打了招呼。布鲁斯和阿尔弗雷德前脚刚走，一名不速之客便闯入了博物馆。来者正是雷霄·奥古，在逼迫温斯洛普博士交出古刀未果之后，便以迅雷不及掩耳之势拧断了博士的脖子。博士在奥古闯入时，便察觉这把古刀来历不凡，让艾利克斯赶紧把古刀带走躲起来。艾利克斯躲在暗处，逃过了一劫，但爷爷就在自己面前被人杀死，这给他那幼小的心灵造成了很大的伤害。艾利克斯逃走时拉动了警报，温斯洛普博士的尸体很快便被警方发现了。戈登和同事们正在现场调查，正巧碰上前来等鉴定结果的布鲁斯。

布奇自从中枪后，便一直陷入昏迷。哥谭的医院跟城市一样黑暗，一些无亲无故又感觉治不好的病人，便会被安排“转院”，实质上是找个奇怪的地方，把这人埋掉。不幸的布奇在昏迷时成为这其中的一员，被失职的医护人员当作乐子一样，送到了郊区的一处死水潭那里作丢弃处理。然而，布奇却因祸得福，水潭被印第安山残余的物质污染了，布奇获得了重生，失去的手臂也回来了。而唯一不足的是，布奇失去了记忆。企鹅人掌控着哥谭大局，索菲娅顶着法尔科内的姓氏，也动摇不了他的地位。但这位年轻的黑帮大小姐并不打算放弃，她亲自找上门，以自己的家族姓氏作为条件，希望让科波特和自己合作。她提醒科波特，他现在的权力并不稳固，因为他不像法尔科内这样历史悠长的黑帮家族，很多罪犯表面上顺从，实质内心还是不服。企鹅人接受了索菲娅的邀请，去和她共进晚餐，让黑帮组织都知道科波特现在有了法尔科内家族的人撑腰。然而，这只是索菲娅计划的开始。她不仅要科波特和她合作，还要科波特发自内心地信任自己。

布奇回到哥谭后，在机缘巧合之下遇到落魄的谜语人爱德。布奇不记得自己的名字了，他在一首曲子中，听见了“格兰迪”这个名字，便自称为格兰迪。爱德起初不想理他，但布奇感觉到爱德认识自己，于是一直缠着他。此时，布奇在回哥谭的路上得罪了一群暴徒，这群暴徒找到布奇寻仇时，差点把他烧死了。在性命攸关之际，爱德把水取来，救了布奇一命。此时心性善良的布奇直当爱德就是救命恩人，是朋友。爱德也不傻，他看见如今的布奇十分能打，正好可以利用他去赚钱。他把布奇带到地下拳击俱乐部里，让布奇替他卖命。爱德在拳击俱乐部中竟然意外地遇到了莱斯利医生。莱斯利医生之前鬼迷心窍地干下差点毁灭哥谭的事后，便销声匿迹。大伙儿都以为她已经离开了哥谭，但她却悄悄地回来了。爱德见状，想利用这一点，好好勒索莱斯利，让她帮自己治好变蠢的脑子。哥谭出现了一名专杀警察的猪头人。从受害警察的身份不难看出，这些都是收了企鹅的钱，帮企鹅卖命的黑警。戈登虽然讨厌黑警，但有原则的他认为黑警应该绳之于法，而不是任由他们被残杀。

猪头人依旧在哥谭市活跃着，一天早上，他便给哥谭警局送了一批“厚礼”，四十四箱的猪头。每一个箱子都指定给一位警局的警察，唯独戈登没有，挑衅的意味十分明确。布鲁斯杀死奥古后，性情产生了变化。原来彬彬有礼的少爷脾气变得十分暴躁，动不动便借题发挥引起骂战，甚至对阿尔弗雷德也恶言相向。布鲁斯知道问题所在，但他一想起自己杀了人，就觉得要控制不住自己，很想发泄一番。此时戈登警局又有三名警察失踪了，戈登和哈维带队沿着各种蛛丝马迹，一路追踪到奈何岛。追查失踪警察下落时，企鹅科波特带着手下猎头人来到哥谭警局，表示要参上一脚，以示哥谭市良好的“警民合作”。现在的受害者都是黑警，都是科波特的“雇员”，科波特紧张也无可厚非。尽管戈登想反对，但在哈维和其他警员的坚持下，戈登还是妥协了。两伙人一起来到奈何岛，一个唱黑脸一个唱白脸，从居民口中问出了另一条线索——胡佛岛。然而，两队人马赶到现场时，还是晚了一步，两名警察丧生，一名警察幸存。幸存者叫费索利，他十分感激戈登，称赞他是个好警察。

布奇成为了格兰迪后，便一直被爱德利用，成为了拳击场的王者，还和爱德搭伙演拳击喜剧。剧场上，爱德扮演企鹅人科波特，以滑稽的方式遭到格兰迪的“殴打”，以此来博取观众的掌声和金钱。渐渐地，爱德的所作所为被人一传十，十传百，传者传着便从奈何岛传到了哥谭的犯罪之王科波特耳边。科波特知道后十分生气，此时芭芭拉、塔比莎和塞琳娜三人正和别的罪犯产生了纠纷，在科波特面前进行“辩论”。科波特听到爱德取笑自己的消息后，心思完全转移到这上面，他直接杀死了被芭芭拉抢劫的罪犯，随后让芭芭拉把欠这人的债还给自己，命令她替自己绑架爱德。芭芭拉看见此情此状，加上企鹅现在的势力不容小觑，三位姑娘便一口答应下来，出发前往奈何岛。三人来到奈何岛的黑市拳击场内，原本一心只求完成任务，好回去交差，没想到这里处处充满了惊喜。看见布奇浑身雪白地成为了格斗选手，而且赛场上方的一个私人观看位置，还站着她们的“老朋友”——莱斯利医生。

猪头人的案件一直未被告破，戈登升为警监后，正全力部署，势必把猪头人缉拿归案。猪头人似乎并不把哥谭的黑白两道都放在眼内，自己干自己的事，还越来越张扬。他以美食引了几位流浪汉上钩，先是在他们耳边宣扬哥谭的贫富悬殊，然后把流浪汉们都干掉，以此让他们成为“穷人”仇富的祭品。这天，哥谭市内的一处集市上，出现了诡异的一幕。两具内脏被掏空的尸体，被安置在一个场景摆设内，群众纷纷围观时，摆设内的猪正在啃食这两具尸体。戈登收到消息后立即出动，根据调查，戈登和同事哈珀发现尸体上残留的化学物，跟一所废弃纸厂的化学品异一样。两人立即来到废弃纸厂，果然不出所料，这里满满都是腐烂的气息，还有几具内脏被掏空的尸体。戈登看见旁边的烧烤炉，便猜出了内脏的去向。这是，纸厂传来一阵异响，戈登和哈珀立即闻声赶去，没想到落入了猪头人的圈套，哈珀被抓走了。企鹅在索菲娅的孤儿院中与一位孤儿男孩马丁成为了好朋友。

猪头人被逮捕后被送进了阿卡姆监狱，但还是学不乖，刚进去没多久，便和其他犯人发生了冲突，还杀了人。猪头人在和人斗殴时，脸被打歪了，医生检测发现，他的脸动过多次整容手术，现在的样貌并不是他原来的样貌。戈登收到消息后，十分惊讶，但这也是一个能确认猪头人身份的线索。他求助福克斯，希望能根据X光照片临摹出他原来的样貌，另一方面，戈登决定前往阿卡姆监狱会一会这个对自己穷追不舍的“粉丝”。来到监狱后，戈登看穿了他的心思，知道他想成为一个在哥谭名垂青史的罪犯，于是故意用言语气他，说他很快便会被哥谭市遗忘。猪头人本想假装镇定，但戈登越往下说，他便越不淡定，不小心暴露了自己的南方口音。戈登带着这个线索离开，准备彻查猪头人的真实身份和过去。科波特知道索菲娅摆了自己一道后，便与她关系决裂，还让自己的手下，变态罪犯“牙医”教训她一下。然而，索菲娅虽然害怕，但毕竟流着法尔科内的血液，面对恐惧不仅保持不卑不亢，还能利用唇舌之巧反利用“牙医”放走自己。可是逃跑时，索菲娅还是遇上几位不速之客。

猪头人在墙上留下自己的名字——拉兹罗，随便便离开了。戈登根据线索追踪到一个黑市医生处，发现黑市医生被绑了起来，看样子，拉兹罗再次换了别的脸，在别的地方胡作非为。索菲娅和企鹅人双方正式开战，企鹅掌管之下的黑帮纷纷出动，搜捕索菲娅和她的几位同伴——芭芭拉、塔比莎、塞琳娜。。几位女士不慎被捉住了，幸好她们身手不凡，很快便逃脱了。就在索菲娅在家中为对企鹅的反击进行部署时，她的父亲卡麦·法尔科内阁下出现了。让索菲娅更加意想不到的是，紧随法尔科内阁下的，是企鹅人。原来法尔科内知道女儿的能力不足以支撑她的野心，这样下去很容易死在企鹅的手里。出于女儿安危的考虑，他选择和企鹅和平共处，让企鹅放过索菲娅。索菲娅心有不甘，但现在事实摆在眼前，她只好遵从父亲的意愿。送走索菲娅时，戈登也出现在这里，和法尔科内聚聚旧，并顺道为索菲娅送行。索菲娅即将离开哥谭，她在自家的院子中，抚摸着花花草草，依依不舍地向法尔科内家族在哥谭的大宅道别。突然间，一辆黑车出现，车上的枪手们以迅雷不及掩耳之势对着法尔科内扫射。

艾薇获得能力后，便找到了塞琳娜，让她和自己搭档。塞琳娜一心只想盗窃，没想到艾薇下的棋更大，她的目的是杀死一些为了利益，伤害植物的人。艾薇利用毒气，催眠了一位在韦恩集团做植物研究的博士，并催眠了他的家人。被艾薇催眠过的人都会对艾薇十分着迷，对她言听计从。艾薇就在博士的家人面前，把他杀死了。塞琳娜反应过来时，已经为时已晚。科波特在哥谭干的事，吸引了在阿卡姆中的小丑杰罗姆的注意。杰罗姆在阿卡姆监狱混得风生水起，他利用自己的花言巧语，控制了犯人们，还能命令别人折磨、玩弄他认为“无趣”的人。科波特对杰罗姆的凶残早有耳闻，但他见惯了风浪，只想尽量不去招惹对方。但杰罗姆不想放过像科波特这么有趣的人，科波特不配合，他便开始作弄他。科波特沦为杰罗姆的玩物，在阿卡姆中过得十分凄凉。尼格玛的谜语人人格逐渐出现，他知道科波特的近况，来到狱中看望他，还给他留下了一段谜语。科波特仿佛受到了鼓舞，他明白，谜语人要回来了，对于杰罗姆的欺凌，他也燃起了斗志。艾薇从博士家的箱子中，获得了他研究的课题，得知韦恩集团正在进行一个M项目，这个项目是获得布鲁斯批准的。布鲁斯也甚是无辜，他这段时间一直醉生梦死的状态，自己批了什么项目都不记得了。艾薇认为，布鲁斯就是始作俑者，于是找上门来，对布鲁斯也实施了毒液，让他慢慢被植物致死。布鲁斯中了艾薇的幻术后，让艾薇登门入室，在她对自己下手后，多重的催眠术让他陷入了一段奇妙的梦境中。在那里，他看见了奥古，还看见了未来。未来，戈登留起了小胡子，自己的脸被奥古割掉了，生活被另一个布鲁斯夺走了。这个夺走自己样貌，人生的布鲁斯，就是自己现在醉生梦死的状况，但在梦境中，布鲁斯看着这样的自己，感觉十分陌生。突然，他被带到父母被杀害的后巷，一个身穿黑衣，背披斗篷的人在上方盯着自己。梦境再次切换到一个蝙蝠洞中，这个黑衣男人就在不远处。这是他自己，但他并未能完全接受，但这感觉，却又十分熟悉。艾薇找到福克斯，催眠他后便让他带自己来到韦恩集团M项目的实验室，只见实验室中，并未残害植物，反而是让植物茁壮成长。被催眠的福克斯，向艾薇介绍到，这是利用奥古的圣水进行的研究，可以让植物快速生长，生物快速治愈，十分神奇。戈登此时赶到，让艾薇尽快投降，但艾薇把解药塞到福克斯的衣服上，跟戈登谈条件，让他放走自己，不然布鲁斯就要死了。戈登很快便想到了布鲁斯现在的情况，他只好放走艾薇。福克斯恢复神智后，立即赶到韦恩庄园，把解药给布鲁斯喂下。布鲁斯此时在梦境中，跟“自己”在对话。突然间，“自己”变成了一团蝙蝠涌向自己。一阵恐慌后，他恢复了神智，只见戈登在自己面前，安抚着自己。布鲁斯深深地为自己之前的行为自责，也接纳了戈登的劝说，不要孤军奋战。他拨打了阿尔弗雷德的电话，希望他能回到自己身边。

艾薇拿着从韦恩集团M项目中拿到手的拉萨路水，培植了很多杀人植物，在哥谭四处行凶，让身为朋友的塞琳娜甚是苦恼。哥谭警局在戈登的领导之下，一直在想方设法地把艾薇缉拿归案。艾薇在多重追击下，依旧高调行事。她认为整个脏乱不堪的哥谭城都是有罪的，他们不爱惜植物，到处污染空气，所有的市民都必须死。她来到哈维工作的酒吧，打算杀死哈维报杀父之仇。然而哈维此时并不在，暂时幸免于难。戈登赶到现场查探过后，担心好朋友的安危，立即奔到哈维住处，幸好他并无大碍，甚至睡得像猪一样安稳。戈登继续劝说哈维回归警队，他需要哈维这样的好搭档，两人说着说着，艾薇突然出现在戈登面前。戈登心想，这正合己意，于是让哈维协助自己制服艾薇，没想到哈维突然对戈登举枪相向。原来哈维早就被艾薇催眠了，这一切都是艾薇为了引诱戈登设下的局。莱斯利以大嫂的身份找到索菲娅谈合作，没想到索菲娅不但不把她放在眼内，不仅把莱斯利的手打残了，还找来以前穷凶极恶的奈何岛旧岛主桑普森回来掌管奈何岛。

戈登看见躺在病床上的莱斯利，认为他和索菲娅之间必须作出一个了断。因为他之前和索菲娅的勾结，还有对索菲娅的仁慈，才让索菲娅在哥谭城为所欲为，带来了猪头人事件和最近的一系列事件。他做好部署，打算正面迎击索菲娅。哈维和戈登再次经历了生死，他总算听了戈登的劝说，回归警队。尼格玛的谜语人人格苏醒了，他来到监狱，再次跟科波特勾结在一起，一起把哥谭弄个底朝天。他帮科波特把马丁从索菲娅的手中救走了，这惹怒了索菲娅。索菲娅一怒之下，下令让身处阿卡姆的科波特去死，但这一切在谜语人的计划之内。谜语人设计了科波特受伤住院的机会，随后在索菲娅的手下们闯入阿卡姆时，制造了混乱，让科波特得以逃狱。索菲娅制造了太多骚动，让戈登越发地生气。他在哈维的帮助下，通过各种线索，找到了法尔科内家族的前记账人潘，打算问出索菲娅的下落。另一边厢，莱斯利恢复后，心态也大变。现在的她一心想铲除索菲娅，为自己的手复仇。尼格玛此时带着科波特来到莱斯利面对，打算谈合作，一起对付索菲娅。