L'ipnotizzatore Jervis Tetch giunge a Gotham City con l’obiettivo di ritrovare sua sorella Alice e assume Gordon per aiutare a trovarla. Nel frattempo Pinguino decide di candidarsi a sindaco e il doppleganger di Bruce di appoggiare la candidatura, generando il caos in città.

Pinguino acquisisce consensi per la nomina a sindaco di Gotham. Nel frattempo Bruce e Alfred si mobilitano per trovare il doppleganger di Bruce.

Il crimine ha raggiunto livelli altissimi a Gotham e Pinguino si deve sforzare per mantenere le promesse fatte alla città. Butch percorre un oscuro sentiere insieme a Red Hood Gan e Bruce inizia le indagini su Ivy.

Il cappellaio matto ha puntato le sue prossime vittime, obbligando Jim Gordon a prendere alcune decisioni difficili. La relazione tra Pinguino e Nygma evolve e un volto familiare torna nella vita di Nygma.

Dopo essere entrato in contatto con una sostanza per mano del Cappellaio Matto, Jim Gordon si ritrova in un viaggio psichedelico e deve confrontarsi con il suo passato, presente e futuro. Nel frattempo Pinguino non si da pace per la nuova relazione di Nygma.

Barnes comincia a sentire gli effetti di un recente incidente e comincia a impazzire. Nel frattempo Nygma va in profondità nella relazione con Isabella.

Quando il virus inizia a diffondersi a Gotham, il laboratorio che sta sviluppando una cura viene compromesso. Mario e Gordon si affrontano prima del matrimonio; Selina incontra una persona inaspettata e Barbara va da Nygma con informazioni su Isabella.

Gordon scopre le armi che la Corte dei Gufi userà per distruggere Gotham. Nel frattempo Kathryn e Temple Shaman rivelano la loro prossima mossa a Bruce, mentre Ivy va a dare aiuto a Selina.

Temple Shaman rivela la sua mossa a Bruce Wyne e prepara la prossima fase dell'allenamento. Gordon e Bullock sono in pericolo quando si imbattono in un gufo di cristallo che rivela i segreti più ambiti del mondo sotteraneo di Gotham. Nel frattempo Nygma e Penguin sono costretti a lavorare insieme per uscire da una situazione difficile.

Dopo la diffusione del virus mortale in tutta la città, continua la ricerca dell'antidoto, mentre Fish Mooney, The Riddler e Pinguino rivelano i loro piani. Bruce incontra Ra's Al Ghul e completa l'ultimo incarico per far compiere il suo destino.

Gordon cerca di riconquistare Lee. Mentre le passate alleanze all'interno di Gotham vengono a mancare, se ne formano di nuove.

Un'evasione programmata ad Arkham provoca caos e spargimenti di sangue nelle strade. Bruce insegue un vecchio nemico. Ricordi dolorosi rivelano gli obiettivi di Barbara.

Jerome organizza il primo incontro della "Legione degli Orribili" e Nygma conduce un gioco a premi nei Narrows. Pinguino fa una proposta a Butch.

Quando Jerome cerca di controllare Gotham, Gordon presenta un piano a Bruce. Pinguino ha dei dubbi e Barbara scopre il suo destino.

Il governo accetta di riunificare Gotham con la terraferma, a patto che non ci siano inconvenienti; intanto Alfred è scomparso da cinque giorni e Bruce, ignorando l'avviso di Gordon, va a cercarlo e si imbatte in una coppia identica ai suoi genitori. Seguendola, il ragazzo si ritrova in un tunnel sotterraneo che lo porta a Villa Wayne dove, oltre la coppia, trova Jeremiah: quest'ultimo, infatti, ha ipnotizzato, con l'aiuto di Jervis Tetch, Alfred, un uomo e una donna a cui ha fatto modificare chirurgicamente i tratti per renderli identici ai suoi genitori. Il criminale vuole ancora stringere un legame con Bruce e, se non può con l'amicizia come desiderava, lo avrebbe fatto con l'odio, facendogli rivivere il ricordo più importante della sua vita, ovvero l'uccisione dei suoi genitori, ma facendone parte come assassino.