Après la tentative de suicide de son fils P.J., le juge Pernell Harris croit entendre la voix de Dieu qui lui dit de chercher qui a violé Jocelyn, la fiancée de P.J., raison pour laquelle il a tenté de se tuer, et de le livrer à la justice. Poussé par le révérend Paul, un pasteur louche, il fait équipe avec K.D., un ancien détenu fanatique, et va essayer de rendre la justice lui-même.

Pernell a toujours ses hallucinations lui demandant de trouver le violeur de Jocelyn, convaincu que c'est ce qui sortira son fils du coma. Après un verdict discutable concernant K.D., le maire Bobo affronte Brooks Innovations qui émet des réserves sur l’accord à passer avec lui. Le meilleur ami de P.J., Josh, et sa femme, Jocelyn, engagent un avocat talentueux, Nick Tramble, pour débrancher P.J..

Avec K.D. sous surveillance policière et l'accord précaire avec Brooks, Pernell passe un test psychologique, s'excuse publiquement et se salit les mains. Le deuil devient un rituel dangereux, tandis que Crystal fait pression sur l'avocat pour qu'il abandonne le dossier de sa belle-fille. À la Chapelle de la Main de Dieu, Alicia et Paul préparent un bon repas pour les sans-abris.

Pernell est tirallé : une hallucination veut qu’il trahisse un proche pour savoir qui a blessé Jocelyn. Crystal est frustrée quand Pernell refuse de prendre ses médicaments et engage une dealeuse de marijuana, April, pour espionner la Main de Dieu. Le frère de Tessie la contacte pour qu’elle obtienne des réponses de Bobo sur l'expulsion de la famille et savoir si c'est lié à l'accord avec Brooks.

K.D. est envoyé en prison pour découvrir qui a commandité le viol de Jocelyn. Pernell s’isole avec Bobo pour convaincre le comité de contribuer au plan de Brooks. Pernell peine à concilier sa nouvelle foi et son amour pour une call girl, tandis qu'il se bat pour l'affection de Tessie. Paul et Alicia passent l’audition d'un télévangéliste puissant, des amis de Paul menacent d'assombrir son succès.

Quand K.D. revient avec de nouveaux indices, la call girl Tessie accepte de suivre la piste incognito. Pernell demande à l'église de faire une veillée de prière pour P.J., contrecarrant les plans de Jocelyn. April se rapproche d'Alicia et découvre un incroyable secret. Pernell se rend compte que Crystal a dépassé les limites en l'aidant. Bobo risque de perdre sa dignité et le respect de son fils.

Pernell approche de la fin de sa mission et envoie K.D. rendre la justice. Paul et Alicia s'entraînent avec un télévangéliste pour devenir les parfaits chrétiens télévisés, luttant pour conserver le secret d'Alicia. Crystal découvre des preuves confondantes de ses aventures extra-conjugales et se demande quoi en faire. Jocelyn avoue son fardeau personnel dans une tentative pour enfin guérir.

Quand une erreur mortelle mène Pernell à s'interroger sur son statut de consacré, il se fait aider d'un psy et commence à se rappeler de ce qui a suivi la tentative de suicide de P.J.. Crystal et Bobo font face à une réaction violente pour avoir aidé Pernell. Alicia et Paul doivent prendre une décision difficile, tandis que K.D. affronte sa culpabilité. Jocelyn commence à douter de Pernell.

Pernell s'efforce de détruire ses hallucinations qui s'intensifient, tandis que la bataille juridique avec Jocelyn concernant la vie de P.J. prend fin de façon dramatique. Alicia est confrontée à une décision difficile qui pourrait à la fois affecter Paul et le futur de la Main de Dieu. K.D. flanche en se demandant s'il n'a pas mis sa foi entre les mains d'un faux prophète.

Avec de nouvelles preuves, Pernell croit qu'il a levé le voile sur le suicide de P.J. et sur l'identité du violeur de Jocelyn. Crystal s'interpose, de peur que son mari ne fasse une rechute aux conséquences désastreuses. Bobo fait l'état de tout ce qu'il a sacrifié en passant l'accord avec Brooks. Paul et Alicia ont des nouvelles qui pourraient détruire tout ce qu'ils ont accompli.

Alors qu’il est devant le tribunal, Pernell charge KD de découvrir qui a pu témoigner contre lui. Crystal reprend contact avec sa famille à Stockton. Jocelyn s’aventure dehors, Paul et Alicia prennent une décision concernant le bébé et Tessie envisage de quitter le métier. Alors qu’il s’efforce de courtiser Crystal, Pernell réalise qu’il ne renvoie peut-être pas l’image qu’il aurait souhaitée.

Ses visions et Toby ne le lâchant pas, Pernell rompt les termes de sa caution et refuse de consulter un célèbre neurologiste. Crystal fait face à des secrets de famille et au manifeste de PJ. Bobo court après la gloire mais doit, pour cela, revoir une ancienne conquête. KD et Tessie trouvent un terrain d’entente et quand Alicia n’est pas là, Paul plonge dans la dépression à cause de sa réputation.

La caution de Pernell est révoquée et une mystérieuse présence le tourmente en prison. Crystal retourne à San Vincente pour une mission au QG de Brooks pour un entretien peu orthodoxe. KD essaye de dissuader le témoin clé du procès de Pernell de témoigner. Bobo fait face à des critiques et doit demander un sacrifice aux Harris. Jocelyn traverse une mauvaise passe dans son processus de guérison.

Cachant toujours son traitement à Olonari, Pernell essaye de renouer avec Crystal mais elle est trop occupée à profiter de son poste de remplaçante d’Anne Wu pour enquêter sur Bathwater. Paul et Alicia font face aux conséquences de l’accident d’Alicia, ce qui ravive la foi de Paul. Tessie engage KD pour s’occuper de la maison de ses rêves. KD prend les choses en main avec l’affaire Caldwell.

Après la confession surprenante de KD, Toby et la police amorcent le mouvement. Crystal et Bobo encouragent Pernell à rétablir publiquement sa réputation. Ce dernier tente de se débarrasser de ses hallucinations grâce à des médicaments dangereux à l’encontre des souhaits d’Olonari. Crystal fait équipe avec une hackeuse pour retrouver Bathwater et Jocelyn fait face à son passé dans sa thérapie.

Les autorités de San Vincente renforcent leurs actions avec une série de citations à comparaître mais un visiteur inattendu propose à Pernell un moyen d’inverser le courant. Pernell aide Crystal et Wilson dans leur dangereuse quête pour retrouver le logiciel de PJ mais il se heurte à des difficultés avec Crystal et se déchaine en frappant Paul en public. Tessie et KD, quant à eux, se rapprochent.

Dans l’isolement et la désillusion, Pernell prend des mesures radicales pour apaiser sa souffrance. KD trahit Tessie en livrant un message à Pernell. Jocelyn clarifie une des visions de Pernell. Crystal trouve refuge chez sa sœur à Stockton et découvre ce qui est arrivé à Wilson. Toby met la pression sur Paul et Bobo, dont l’amitié avec Pernell ne tient plus qu’à un fil.

Pernell a retrouvé la foi et cherche à renouer avec Tessie et Paul mais fait des découvertes choquantes à propos de son procès. KD tient Toby à l’œil et se découvre un nouvel ennemi : Raymond Kelly. Pernell commence à regagner la confiance de Crystal. Sous la pression de la police, Bobo recherche un nouveau partenaire financier et prend des mesures actives contre Pernell.

Le procès de Pernell approchant à grands pas, KD et lui doivent tirer profit d’un nouvel indice en lien avec Toby. Crystal convainc Jocelyn que la dernière note de PJ contient peut-être un message caché. Bobo promet fidélité à Nathan Brooks. Tessie découvre la vérité sur ses actifs.

Pernell fait équipe avec KD pour se venger des policiers corrompus de San Vincente, confronte Bobo à sa trahison et fait face à l’homme qu’il pense être responsable de l’effondrement de sa famille. Jocelyn rejoint Crystal dans une mission pour protéger le manifeste de PJ tandis que Paul songe à s’allier à nouveau à Pernell. Tessie perusade KD que Pernell n’est pas fiable.