マダガスカルで地質学者たちの乗った探査車が謎の巨大なマシンに襲われ、切り裂かれた地表の割れ目に落下。GDFから出動要請を受け、TB1、2、シャドーの3機が現場へ向かう。ジョンはEOSのスキャンでマシンの操縦士を見て、その異様な風体に驚く。彼は鎧のようなものを全身にまとい、両肩にはタトゥー、そして顔はゴーグルとマスクで隠されていた。

定期的なメンテナンスのため、GDFのリドリー・オバノン大尉が未完成の廃棄船エデンを訪れると、突然エデンが動き出す。救難信号を出すもハッチが開いて宇宙空間に投げ出され、宇宙服に穴が開いて酸素漏れを起こしてしまう。信号をキャッチしたジョンは、初めて使うスーツ「エキソ・ポッド」で宇宙空間へ飛び出す。

氷に覆われた木星の衛星エウロパで、ゴードンが大ファンでもある人気冠番組「バディ＆エリー未知の世界へ」も持っている有名な探検家夫妻、バディとエリーが氷の下の海に閉じ込められてしまう。アランとゴードンは夫妻の救助のため、ブレインズが用意した特別なオプション「ヒートバンク」をTB4に装着し、分厚い氷を溶かして海の中へ。

サリヴァン一家は、海面上昇で海中に沈んだ都市ベイ・シティでレンタル潜水艦に乗って家族旅行中、崩れてきたビルの瓦礫の下敷きになり、インターナショナル・レスキューに助けを求めた。一家から送られてきた映像には、ベイ・シティにあるクレイトン＝ワード・ビルを狙うザ・メカニックの姿が映し出されていた……。

移住する12組の家族を乗せて火星に向かった輸送船ヘリウスから、プロトンストームの影響で操縦機能を失ったためエンジンを停止できず、システムも反応しないとSOSが入る。月面基地を失って地球に戻って以来、退屈な引退生活を送っていたテイラー大尉を誘い、スコットとアランはTB3で救助に向かう。ヘリウスの行く手には小惑星帯が待ち受けており、危険な状態だった。

地図を作成するためマリアナ海溝に潜っていた調査艇が、「TV-21 ジェフ・トレーシー大佐」と書かれた何かの残骸を発見するが、その直後に操縦不能に陥り本部との交信も途絶える。調査艇には乗組員が2名おり、本部から救難要請を受けたインターナショナル・レスキューは、TV-21の発見を知って驚く。

スコットはTV-21ごと逃げたサーベイヤーを追い、ケーブルを接続して奪い返そうとするが、ザ・メカニックが遠隔操作でTV-21の強力なブースターを点火させたために、振り切られて操縦不能になり、墜落の危機に陥る。おばあちゃんのアドバイスで落ち着きを取り戻すが、TB1は損傷し、トレーシー・アイランドへの帰還を余儀なくされる。

エーゲ海で大規模な地震活動が起き、海底の堆積物が移動して人工の建築物が現われ、世界評議会はそれを幻と言われていた「アトランティス」だと認める。ブレインズはそのアトランティスにあるという、人類初のコンピューターとも言われる「ソーラーキセラ」を、前から一目見たいと思っていた。

ジョンは幽霊船エデンで知り合ったリドリー・オバノン大尉と、毎週無重力ハンドボールを楽しんでいる。そんな時、EOSから突然軌道の変わった彗星が地球との衝突コースに入っていると報告が入る。彗星に打ち込まれたロケットエンジンのマークを見たスコットは、すぐにそれが強欲な発明家ラングストロム・フィシュラーの仕業だと気づく。

ニュージーランドの南アルプス山脈で、謎の高高度気球が山に衝突する危険があり、ジョンは気球のパイロットに呼びかけるが応答はなく、代わりにテディベアのホログラムが出現。カスタムメイドの気球を見たブレインズは、すぐにフランソワ・ラメアーが作った物ではないかと疑うが、ラメアーに呼びかけてもやはり応答はなく、スコットが救助に向かう。

フィシュラーは投資家たちを招いて、気象制御技術を使った最新イノベーション「フィシュラー・ウェザー・ドローン」をプレゼンする。だが思惑に反して、ドローンたちが好き勝手に飛び始め、高いタワーの上に作られた気象制御用のプラットホームの周りに局地的な嵐を発生させ、電流を放ってフィシュラーたちに襲いかかってくる。プレゼンに向かっていたペネロープは異変に気付き、インターナショナル・レスキューにそれを知らせる。

ブレインズは宇宙酔いに悩まされながらも、年に1度のメンテナンスのためにTB5を訪れている。そんな中、貨物飛行船バロスから全機能がストップし、クルーは全員脱出するが飛行船はどこに落ちるかわからないとSOSが入る。アンダーバッド・シティに墜落する危険性があり、スコットとバージルが緊急出動する。

世界各地から救助要請が相次ぎインターナショナル・レスキューが大忙しのさなかに、火山を監視するクエスタ教授から緊急事態を告げる連絡が入る。教授はアイスランドの火山フーマンダードンフーマンドーが噴火すると警告するが、教授からの警告は毎年のことで、毎年何もないままに終わっていた。今回もジョンは火山をスキャンして異状なしと判断し、教授との交信を断ちきろうとするが……。

世界有数の水力発電用ダムで、タービンの回転速度が急上昇する異常事態が発生。タービンルームには作業員が閉じ込められ、ダムの壁に亀裂が入って決壊の危険性が出てくる。知らせを受けてインターナショナル・レスキューが全員出動する。

環境安全委員会の認可を求めるソーラー・コレクターを視察するため、ペネロープはパーカーとともに地球の軌道上にあるステーションを訪ねる。ソーラー・コレクターの開発企業の営業担当ヘイリー・エドモンズは押しの強い女性で、フィシュラー産業から転職した技師キニアに、ステーションをフルパワーで運転するように命じる。キニアは不安材料があると難色を示すが……。

中央アフリカにある前人未到のムロカンバ渓谷で、冒険家夫妻バディとエリーが行方不明になる。地元の人々ですら恐れて近づかないその場所へ、二人の大ファンであるゴードンは志願して、スコットとともに捜索に向かう。ジョンがTB5からスキャンした結果、渓谷には多数の生命反応があり、巨大な生物が存在する可能性も出てくる。

バージルはおばあちゃんのお供で生活用品の買い出しに出かける。そこへサハラ砂漠の採石場で大規模な土砂崩れが起きて、作業員たちが閉じ込められていると連絡が入る。しかも現場には強い砂嵐が近づいていた。バージルはおばあちゃんを連れて救助に向かう。

大気清浄装置「ホライゾン・スクラバー」のメンテナンスに向かったポッドが、上昇気流に巻き上げられて汚染物質のタンクに突っ込んでしまった。だが清浄装置の管理会社「オキシー・ベイカー」社の担当者は、自分の記録に傷がつくことを恐れるあまり、ジョンがいくら救助協力を求めても応じてくれない。

ジョンはペネロープに誘われてチャリティー・オークションに行くことになるが、人が大勢集まる場所が苦手なので気が進まない。そんなジョンのためにブレインズが作った特製タキシードには、いくつもの隠し機能が搭載されていた。一方、ジョンの代わりにゴードンとアランがTB5に向かうが、すねたEOSはなかなか2人の言うことを聞かない。

ブレインズが発明したグローブのテスト中、突然マックスが反乱を起こし制御不能に陥る。ケーヨが危ないところでスイッチを切るが、ブレインズは原因の見当もつかない。そこへ侵入者を知らせる警報が鳴り、ケーヨとペネロープたちはシャドーとFAB-1で確認に向かうが、どちらも制御不能に陥り不時着。異常事態が起きていることが明らかに。

建築家ヨーストは自分が設計した世界一の高さを誇るタワー「クリスタル・スパイア」が、ドバイの高層ビルに一位の座を奪われたため、奪回しようと電動ジャッキでタワーを土台から押し上げる。だが電動ジャッキに加えてタワーをライトアップしたことで、限度を超える電流が流れ、タワー内で火災が発生してしまう。

多くの船が行き来する宇宙のハブ空港「スペース・ハブ1」で、若き管制官コンラッドの小さなミスから事故が発生。ハブの動力源であるパワーコアを損傷して冷却システムが動かなくなり、大爆発の危機に瀕する。ジョンから知らせを受けて、ただちにアランが出動。コンラッドは付近の船や他の管制官たちを避難させ、最後までハブに残っていたが……。

ある海底油田にFAB-1に乗ったペネロープとパーカーがやってくる。この海底油田は安全性に問題があり、それを憂慮したペネロープが油田を買い取って閉鎖し、太陽光発電所にする計画を立てたのだ。だが油田で働く作業員たちのボス、マロイは女性作業員ドイルを海に突き落とし、手下を連れて1艇しかない救命ボートで逃げ出してしまう。

天才発明家ティコ・リーヴスは、東京～ロンドン間を1時間足らずで移動するハイパーチューブとその中を走るハイパーカーを発明。乗客第一号としてコンテストで選ばれた日本人のおじいちゃんトシとその孫娘ケイコを乗せて、ハイパーカーの初走行に臨む。だが停車するはずのロンドンの駅をそのまま通過してしまい、その後も原因不明の加速が続く。

サハラ砂漠から救助要請があり、巨大なレーザー・サテライトを見つけたジョンは、ザ・メカニックの「プロジェクト・センチネル」がついに動き出したことを知る。センチネルからのレーザー攻撃を受けたため、砂漠の地下に隠されていた謎の施設の存在が明らかになり、救助に向かったスコットは助けを求めていたのがフッドだったことを知って驚く。