In Season 2, the crew of the Raza becomes embroiled in an intergalactic conspiracy, seeking a mysterious device that may hold the key to victory in a looming all-out corporate war. In the aftermath of the betrayal of one of their own, they are split up - some imprisoned, others shuttled off to begin a new life. Fate, new allies and a larger enemy propels them to a new adventure.

Fuyant l'Autorité galactique, l'équipage du Raza fait face à la version d'eux-mêmes d'une réalité alternative et tente d'éviter une guerre cataclysmique.

Deux, Trois et Quatre se réveillent sur Hypérion 8, une prison spatiale de haute sécurité. Un et Cinq y sont également mais dans une chambre du quartier du personnel où Six leur apprend que sa véritable identité est le lieutenant Kal Varrick appartenant à l'unité d'investigation spéciale de l'Autorité Galactique. Sa mission était de capturer l'équipage du Raza et il demande à Cinq et Un de témoigner contre les trois autres. Un est libéré grâce à l'intervention de son avocate et cherche toujours à élucider le meurtre de sa femme tandis que les autres font faces à la vie carcérale et cherchent à s'évader. Varrick donne à Cinq son véritable nom, Emily Kolburn et lui demande de l'aider à ouvrir son dossier personnel. Ils découvrent ainsi que l'AG savait pour la destruction d'une planète par les rebelles. Cinq est emmenée par le commandant Shadick, chef de la division des crimes graves de l'AG. Un est abattu par le vrai Jace Corso.

Der Schock über den Verrat sitzt tief: Wie sich zuletzt herausstellte, gehört Six (Roger R. Cross) in Wahrheit zur Galactic Authority und hat die Crew der Raza die ganze Zeit über nur belogen, um sie schlussendlich in eine Falle zu locken. Nun sitzen Two (Melissa O'Neil), Three (Anthony Lemke) und Four (Alex Mallari Jr.) als Gefangene in einer Zelle der Hyperion-8 Maximum Security Galactic Detention Facility.

One (Marc Bendavid) konnte den Fängen der Autorität im letzten Augenblick entgehen und befindet sich seitdem auf der Flucht. Er meidet öffentliche Orte und hält sich bedeckt - auf keinen Fall kann er nun riskieren, geschnappt zu werden, denn er ist die einzige Hoffnung von außen, die seine Freunde haben. One weiß allerdings nicht, wem er überhaupt noch trauen kann. Selbst Five (Jodelle Ferland) ist auf Six' Seite.

La segunda temporada nos presenta a los protagonistas atrapados en una situación que no pueden controlar. Y de manera bastante literal, porque están en prisión. Después de haberse pasado todo el año pasado intentando recordar quiénes eran, lo que hicieron en su "vida" pasada vuelve para ajustar cuentas. Ellos pueden no recordar exactamente qué hicieron pero, como le ocurre a Dos, saben que son culpables. La diferencia es que empieza a sugerirse que están siendo utilizados en un juego mucho mayor del que ellos, hasta ahora, no tienen conocimiento.

La tripulación de la Raza enfrenta a sus respectivos alter ego de otra dimensión mientras intenta esquivar a la Autoridad Galáctica y evitar una guerra cataclísmica.