Tatewaki Shoutarou est un lycéen moyen de la ville d'Asahikawa, dans la préfecture d'Hokkaido. Un jour, lors d'une expédition de collecte d'os sur les rives de Mashike, ils trouvent un crâne humain... Il rencontre alors Kujou Sakurako, qui aime les os plus que la vie elle-même.

Shoutarou trouve une petite fille dans une épicerie au beau milieu de la nuit. À part son surnom, Ii-chan, personne ne peut connaître son vrai nom et son adresse. Trouvant une empreinte de main ensanglantée sur son sac à dos, Shoutarou demande l'aide de Sakurako.

L'officier de police Utsumi demande une faveur à Shoutarou. Son ami, Fujioka, a peur d'une certaine malédiction où tous les hommes de sa famille meurent en bas âge. Utsumi demande l'aide de Sakurako pour persuader Fujioka qu'il n'y a pas de telle malédiction, mais...

La cause de la mauvaise santé de Fujioka s'avère être la moisissure qui se développe sur le tableau qui avait été placé dans son étude à la suggestion d'un certain artiste. Alors que tout le monde soupire de soulagement, il y a une agitation soudaine dans la cour...

ors d'un festival d'été, Kougami est séparée de ses amis. Elle aperçoit par hasard une femme debout sur le pont. Vêtue de noir, elle a quelque chose de bizarre... Alors que Kougami soupçonne un suicide imminent, la femme disparaît, laissant derrière elle une lettre de mauvais augure et une bague en diamant. Déterminé à empêcher sa mort, Kougami demande à Isozaki et Utsumi de l'aider à retrouver la femme...

Avec la venue inattendue de Sakurako à la fête de son école, Shoutarou est de bonne humeur. Après avoir été retrouvés par Isozaki dans la classe de sciences, on leur demande d'aider à organiser certains matériaux laissés par le prédécesseur d'Isozaki. Sakurako est ravie de cette collection d'os, mais Shoutarou apprend qu'elle a un jour transformé son propre chat de compagnie en un spécimen...

Des os humains ont été trouvés parmi les spécimens dans la salle de science. Cependant, il n'y a pas eu d'acte criminel. Alors que Shoutarou enquête sur les circonstances de leur présence dans la salle de sciences, il décide de rendre visite à la soeur de l'ancien professeur de sciences, Koyuki...

Avant sa mort, la grand-mère de Shotaro lui demandait souvent de lui apporter du pudding. Un jour de pluie, ils découvrent pourquoi.

La dernière expédition de collecte d'os de l'année est interrompue lorsqu'Isozaki informe Sakurako et Shoutarou qu'un de ses anciens élèves, Hitoe, a disparu. Dans le passé, l'ami de Hitoe, Futaba, avait également disparu sous la surveillance d'Isozaki, leur professeur principal...

Minami conduit Sakurako et les autres vers une cabane en bois où Hitoe se cacherait. Là, ils trouvent non seulement Hitoe, qui est toujours en vie après une tentative de suicide ratée, mais aussi les os de Futaba Nishizawa, amie de Hitoe et de Minami, dont Minami révèle qu'elle y a été enterrée après s'être soi-disant pendue. En découvrant le crâne de Futaba, Sakurako révèle que Futaba ne s'est pas pendue, mais qu'elle a en fait été étranglée par Hitoe, qui pensait qu'elle allait être tuée par elle.

Sakurako lui ayant dit qu'il ne devait plus rester à ses côtés, Shoutarou se souvient de leur première affaire, lorsqu'ils s'étaient rencontrés pour la première fois.