25年前，蹂躏世界的巨大生物毫无征兆地现身，人们将这些超越常识的怪物称为“龙”并对其感到恐惧。终于，在人类中也诞生了与龙持有同样力量的人们。人们将这一存在称之为“D”。世界上唯一一名男性的“D”——物部悠被送往密得加尔。那里是“D”少女们被隔离的岛屿。与“D”少女伊莉丝的邂逅、及与妹妹深月重逢的悠，在那里开始与少女们一同度过学园生活。“我是物部悠。在下不才，还请多多指教。”

密得加尔响起了警戒等级C的紧急警报。名为“白”之利维坦的龙正在向岛逼近。初次见到龙的“D”之少女的龙纹会变色，最终将化身为龙。龙突破了密得加尔的防卫机构，并不断逼近。悠不得不在浮现龙纹的少女面前作出决断。是要将龙化的少女处理掉，还是要与逼近的龙对决。“我要把伊莉丝——杀掉。”

密得加尔的“D”之少女们与“白”之利维坦展开战斗。利维坦所产生的斥力场——万有斥力可以不受一切攻击伤害。此时，悠与潜入密得加尔的特殊部队展开对决。制止了岛上混乱的悠，回想起了三年前击退龙时的记忆。面对不断逼近的利维坦，他所秘藏的力量终于觉醒。那是被称为“法夫纳”的力量。“我需要比那个时候更加强大的力量！”

学园里来了转学生。其中一人是长着角的红发少女·蒂亚。另一人是戴着眼镜留着三股辫的穗乃花。蒂亚的龙纹已经开始变色，她是被名为“红”之巴西利斯克的龙所盯上的目标。蒂亚主张自己就是龙。悠被任命去辅助蒂亚。同班同学们对于天真无邪地抱住悠身体的蒂亚完全无法安心。而蒂亚不只是在学园跟在悠的身边，甚至还一直跟到悠的房间里。“你不能一个人洗澡吗？”

龙的信奉者团体为了夺回蒂亚而出动，与密得加尔敌对的“D”——奇力也开始在暗中活跃。得知这一状况的悠因紧张而变得忧郁。此时蒂亚也开始和同学们关系亲密起来，但她仍然宣称自己是龙。悠拼命地说服她，想要取回她人性的一面。“我想要让蒂亚选择作为人类生存下去！”

有着不死之身的龙·蓝之赫卡同克瑞斯突然出现在密得加尔。深月拜托哥哥悠将其击退。悠在过去曾与正体不明的龙·尤克特拉希尔做过将蓝之赫卡同克瑞斯消灭的交易。悠为了回应深月的愿望，再次做了战斗的觉悟。此时躲避起来的蒂亚遭到了奇力的袭击。丽莎为了守护蒂亚，与奇力展开对峙。“已经约定过了……我不会消失……！”

不死之身的龙·蓝之赫卡同克瑞斯蹂躏着密得加尔。深月等人合力将蓝之赫卡同克瑞斯推进到海上。此时悠与正体不明的龙·绿之尤克特拉希尔对话，打算交易获得能够打倒蓝之赫卡同克瑞斯的力量。尤克特拉希尔作为代价而索取的是悠的记忆。悠为了保护重要的回忆，而做出了一个决断。“比这更为重要的回忆——心意，我不想失去！”

距离巴西利斯克的到达还有三天。移动到无人岛的一行人开始在火山岛上蓄养锐气。此时，尼福尔开发了对巴西利斯克用大型兵器。这一新兵器将会越过火山岛迎击巴西利斯克。巴西利斯克的能力以及尼福尔的新兵器——这一战斗究竟会如何收场？赌上人类命运的作战计划开始了。蒂亚满心担忧地注视着这一作战将会去向何方。“得到应援的话就能拿出干劲。有了干劲的话就能施展比平常更强的力量。就是这样。”

深月等人为了击退巴西利斯克而出击。出击的人是深月与艾列拉、菲莉尔与穗乃花、丽莎与莲、以及悠与伊莉丝。悠利用在打倒利维坦时所得到的力量·反重力立于巴西利斯克面前。但，巴西利斯克的行动却没有停止。每当巴西利斯克接近之时，蒂亚就会痛苦地挣扎。“之前就说过了吧？伊莉丝每次都会远远超乎我的想象。”

悠等人的作战失败，随着船的退避一同离开了火山岛。巴西利斯克放出红色的闪光，将火山岛消灭。悠在船上利用影像确认了巴西利斯克的攻击模式，并看出了巴西利斯克攻击的一种模式。为了让攻击实现，悠与过去的长官洛基取得联络。此时，穗乃花捕获了蒂亚，打算取她的性命。“绝不会让你一个人”

蒂亚被选为红之巴西利斯克的伴侣，龙纹起了反应。这样下去的话她就要变成龙了。为了防止这种事态的发生，是要打倒巴西利斯克，还是要杀掉蒂亚——。悠做出了一个决断。对巴西利斯克攻击的作战开始了。“我……认为你是人类。”