En un momento después de una guerra masiva, dos niñas, Chito y Yuuri, viajan sin rumbo por una fábrica abandonada y oscura. Después de que Yuuri se escurre por la mano durante su sueño, Chito logra encontrar una salida sintiendo la dirección de la brisa. Al día siguiente, las chicas exploran un campo de batalla pasado y se encuentran con un avión abandonado, donde encuentran explosivos y raciones.

Al considerar de dónde venían los peces que comían, las chicas se encuentran con otro superviviente llamado Kanazawa. Derribando un edificio para permitirles cruzar un desfiladero y proporcionarles un mapa, Kanazawa recibe un paseo de las niñas mientras se dirigen a los niveles superiores de la ciudad. Al llegar a una torre en el centro de la ciudad, el grupo toma un ascensor hacia el nivel superior. Sin embargo, el ascensor se inclina repentinamente, causando que Kanazawa suelte todos sus mapas y se deprima. Después de que Yuuri logra animarlo, Kanzawa deja a las chicas con su cámara antes de partir para hacer más mapas.

Yuuri usa la cámara de Kanazawa para tomar fotografías de las curiosas estatuas de piedra que están alrededor de toda la ciudad, mientras Chito descubre una de sus funciones. Más tarde, las chicas exploran un templo donde la lámpara deja de funcionar dejando a Yuuri buscando en la oscuridad, hasta que ambas descubren una sala brillante.

as chicas pasan la noche en un edificio vacío imaginandose como habría sido vivir ahí. Sintiéndose cansada después de permanecer despierta toda la noche, Chiito toma una siesta al mediodía y tiene un particular sueño. Más tarde, las chicas buscan refugio de la lluvia, prestando interés en el sonido que hace cuando choca con varios objetos.

Mientras intentan arreglar su tanque descompuesto, las chicas encuentran a una mujer llamada Ishii. A cambio de arreglar su tanque Ishii le pide a las chicas ayuda para terminar un aeroplano que puede usar para escapar de la ciudad. Una vez terminado, Ishii lo pone en marcha solo para que falle a mitad del vuelo. Por suerte, Ishii alcanza a lanzar un paracaídas y de manera segura cae a los niveles inferiores de la ciudad.

Chito lucha con su miedo a las alturas cuando ella y Yuuri caminan sobre unas tuberías antes de descubrir que hay un camino dentro de ellas. Finalmente encuentran una instalación llena de máquinas e ingredientes, que deducen que fueron utilizados para hacer raciones. Usando los ingredientes que pueden encontrar, las chicas logran hacer sus propias raciones.

Las chicas descubren un lugar extraño con losas negras llenas de cajones, encontrando un dispositivo misterioso y otros objetos aparentemente sin sentido entre ellos. Después de tener una discusión sobre los recuerdos, Chito deduce que los cajones son tumbas que contienen las pertenencias de los que murieron para que sean recordados. Luego, las chicas ascienden en espiral por otra torre y se ven obligadas a tomar un camino exterior que se derrumba detrás de ellas. Explorando la parte superior de la torre, las chicas encuentran algunas botellas que contienen cerveza y se pasan la noche emborrachándose bajo la luz de la luna.

Mientras exploran una instalación, las niñas descubren un acuario que contiene un solo pez custodiado por un cuidador robótico. Explicando que la instalación fue utilizada una vez para la agricultura, el robot permite a las chicas nadar en uno de los tanques de acuario vacíos, ocasión en que Chito casi se ahoga. Más tarde esa noche, el robot de construcción grande que también habita las instalaciones comienza a desmantelarlo, supuestamente debido a un error en su programación. Temiendo por la vida de los peces, las chicas lo salvan al destruir el robot de construcción usando explosivos, dejando a Chito reflexionar sobre lo que significa que algo tenga vida.

Las chicas viajan en un tren de carga, deciden explorar sus carruajes llenos de máquinas rotas. Después de viajar en el tren hasta la última estación, Yuuri comienza a escuchar música procedente de la radio que recogió antes, que escuchan claramente al llegar a la superficie. Al día siguiente, cuando las chicas exploran un gran agujero para buscar agua, descubren una forma de vida extraña que se comunica a través de la radio. Nombrándola como "Nuko", las chicas deciden llevar a la criatura consigo en su viaje.

Mientras Yuuri entrena a "Nuko" para comer balas, Chito toma un libro escrito en inglés. Pronto llegan a un artilugio extraño, donde la música comienza a reproducirse en la radio de nuevo. Decidiendo dirigirse hacia donde proviene la música, las chicas son interrumpidas por un gran robot que cae frente a ellas. Después de que "Nuko" enciende el robot, Yuuri prueba algunas de sus armas, causando gran destrucción a la ciudad. Al día siguiente, las chicas siguen la señal de la música a un submarino en pleno funcionamiento, dentro del cual encuentran armas nucleares.

Mientras exploran el submarino, las chicas logran sincronizar todas las imágenes de su cámara con la computadora del submarino, incluidas las que Kanazawa tomó antes de que les diera la cámara. Entre los archivos, encuentran varios videos de eventos pasados, que van desde un grupo de niñas de la escuela diseñando su propio robot hasta la guerra que condujo a la destrucción del mundo.