Premier épisode de la saison. Environ trois mois après les évènements du dernier épisode de la saison un, l’U.S.S. Cerritos se voit confier une mission qui lui fait vivre un bouleversement SF alors que le commandeur Ransom absorbe par inadvertence « d’étranges énergies ».

Nos héros du pont inférieur ont du mal à s’entendre avec l’enseigne Jet Manhaver, qui a hérité de la couchette et des tâches de Boimler. Pendant ce temps, on a un aperçu de la vie de Boimler sur l’U.S.S. Titan, qui s’avère plus intense qu’il ne le pensait.

Lorsque le Dr T’Ana lui confie une mission spéciale, Tendi embarque Mariner pour l’aider. Sur l’U.S.S. Cerritos, Rutherford est dévoré par l’envie de connaître le mystère d’un membre de la passerelle.

L’U.S.S. Cerritos est dépêché sur une planète pour enquêter sur la curieuse apparition d’un dangereux Mugato.

Mariner et Boimler essaient de découvrir où se tient la légendaire fête Starfleet pendant que l’équipage de la passerelle doit gérer un diplomate alien qui manque de confiance en lui.

La fusion d’anomalies sur le Cerritos provoque des réactions diverses au sein de l’équipage du pont inférieur. Le capitaine Freeman tente de négocier la paix sur la planète mère des Pakleds.

Mariner et Boimler se retrouvent échoués sur une planète inhabitée avec un ordinateur conscient. Sur le Cerritos, le lieutenant commandeur Billups doit prouver son talent d’ingénieur à un vieil adversaire.

Une instructrice arrive sur l’U.S.S. Cerritos pour proposer des exercices qui poussent l’équipage du pont inférieur et celui de la passerelle à endosser le rôle de l’autre.

Boimler essaie de se faire pote avec un gradé tandis que l’équipage de l’U.S.S. Cerritos a un jour de congé pendant un long trajet.

Dans l’épisode final de cette saison, l’U.S.S. Cerritos se voit confier la tâche de venir en aide à un vaisseau de classe Excelsior lors d’une mission de premier contact.