The first OVA is a re-enactment of the first chapter, where Negi first learns of his job as a teacher and is introduced to the students of Mahora Academy 2-A. It ends with profiles of the Baka Rangers (Asuna, Makie, Yue, Ku Fei and Kaede) as well as Ayaka. Asuna is the only girl in the class that doesn't have romantic feelings for Negi.

The second OVA is a re-enactment of the "love potion" incident of chapter 2, with profiles at the end of Nodoka, Konoka, the cheerleaders (Misa, Madoka, Sakurako) as well as Kazumi.

The third OVA is a re-enactment of chapter 13: Negi's Mahora tour with the Narutaki twins. The tour shows Negi to several of the students (Yuna, Akira, Chao, Satsuki, Satomi, Chizuru, Natsumi, Zazie) as well as others that he ends up missing (Sayo, Evangeline, Chachamaru, Chisame, Misora, Ako). After being chewed out by Haruna for completely skipping her, a final scene introduces Setsuna and Mana, keeping watch from something on campus.

ネギの父親探しをするための新クラブ・ネギま部（仮）が、正式に学園に認められて、盛り上がるネギたち。でもそのことを知ったまき絵やあやかたちは、「内緒でイギリス旅行に行くのはズルイ!」と不服そう。でもあやかたちの前に新クラブ名誉顧問のエヴァンジェリンが現れて、「新クラブの部員からバッジを奪えたら、追加での入部を認める」と告げる。そんなことは知らず、夏祭りに出かけていく明日菜たちは、はたしてバッジを守りきれるのか?

ネギま部の合宿で海にやって来たネギたち。あやかたちも偶然（？）海に来ていて、ネギたちはみんなで楽しく遊ぶ。でもそこに突然、ネギの幼なじみのアーニャが現れた！ぜんぜん故郷に帰ってこないネギを連れ戻そうと、はるばるイギリスからやって来たのだ。その場はなんとか落ち着き、アーニャはその晩はネギたちと同じ旅館に泊まることになる。ただ、そこで会ったネギのクラスの生徒たちはみんな魅力的な女の子ばかりで、アーニャは不安になってくる。

夏休みに入ってから、それぞれに楽しい毎日を過ごす3年A組のクラスメイトたち。同人誌即売会に行ったり、映画館に行ったり、部活の県大会に出場したり、友達の恋を応援したり、みんなで花火を楽しんだり、修行をしたり……。そうしてついに、ネギたちがイギリスへ出発する日がやって来た。この日に向けて準備をしてきたネギたちだが、魔法世界ではいったいどんなことが待ち受けているのか。期待と不安の両方を抱きながら、ネギは新たな一歩を踏み出した!

久しぶりに故郷のウェールズに戻ってきたネギは、ネカネや魔法学校の校長といった懐かしい人々と再会する。そして彼らに見送られながら、ネギたちはゲートを使ってついに魔法世界へとやって来た。初めて訪れた魔法世界に心躍らせるネギま部の面々だが、まき絵や夏美たちまでこっそり魔法世界についてきてしまったことが判明し、ネギを慌てさせる。そこへ突然、かつてネギたちと敵対したフェイトが現れ、攻撃を仕掛けてくる。全員が恐るべき力をもつフェイト一行に対しネギたちも必死に応戦するが、フェイトの目的であるゲートの破壊を阻止できず。最後は強制転移魔法によって魔法世界の各地へと、ネギたちは散り散りに飛ばされてしまう……。

気を失っていたネギが目覚めると、そこはジャングルの中だった。広大な魔法世界で散り散りになった生徒たちのうち安否が確認できたのは、同じ場所に飛ばされた茶々丸だけ。ネギは一刻も早く生徒たちを探そうと、体調の悪さをおしてジャングルを進んでいく。そしてついに道中で茶々丸に助けられつつも、比較的近くをさまよっていた千雨となんとか合流する。しかしそれまでの無理がたたってか、ネギは高熱で倒れてしまった。そんなネギの前に小太郎が現れるが、なぜか小太郎は突然ネギに殴りかかり戦いを挑んでくる。だがそれは、木乃香の強力な治癒魔法の副作用で体内に魔力がたまりすぎているネギの魔力を発散させるためだった。小太郎のおかげでネギはすっかり回復するのだった。

気を失っていたネギが目覚めると、そこはジャングルの中だった。広大な魔法世界で散り散りになった生徒たちのうち安否が確認できたのは、同じ場所に飛ばされた茶々丸だけ。ネギは一刻も早く生徒たちを探そうと、体調の悪さをおしてジャングルを進んでいく。そしてついに道中で茶々丸に助けられつつも、比較的近くをさまよっていた千雨となんとか合流する。しかしそれまでの無理がたたってか、ネギは高熱で倒れてしまった。そんなネギの前に小太郎が現れるが、なぜか小太郎は突然ネギに殴りかかり戦いを挑んでくる。だがそれは、木乃香の強力な治癒魔法の副作用で体内に魔力がたまりすぎているネギの魔力を発散させるためだった。小太郎のおかげでネギはすっかり回復するのだった。

ネギと小太郎は、グラニクスの闘技場で拳闘士として戦うことに。みんなで元の世界に戻る近道として、廃都オスティアで開催される拳闘大会への出場を目指すためだ。ネギはナギの名を名乗って出場しメディアの注目を集めることで、魔法世界各地の仲間にオスティア集合のメッセージを伝えることに成功する。そんな折、彼は街中でカゲタロウと名乗る人物から、命がけの真剣勝負を挑まれる。カゲタロウを強敵と認めたネギは全力を尽くして戦うが、片腕を失う深手を負って窮地に。そこへ、かつての父の仲間・ラカンが現れて、ネギはその場を救われる。カゲタロウとの勝負で自分の実力不足を痛感したネギは、強くなるためにラカンへの弟子入りを志願する。