La Ritsuko ensenya una nova tècnica de digitació a la seva assistent, la Maya Ibuki. Li explica com funciona el Magi, el sistema dissenyat per la doctora Akagi, mare de la Ritsuko. La creadora li va explicar que cada part representa una fase de la seva personalitat: la científica, la mare i la dona.

NERV 本部在进行模拟体测试实验时，蛋白壁上发现异常，经 MAGI 判明为细菌规格的第十一使徒。该使徒能够急速分裂、增殖、进化，控制模拟体后开始侵蚀 MAGI 系统，并提速 NERV 自爆。对此，律子进入 MAGI 尚未被侵蚀的 CASPER3，依靠她母亲的残存记忆为使徒写入了进化（自灭，因为进化的终点是死亡）促进程序，之后使徒歼灭。

（这一剧本中理论的篇幅较大。真嗣与美里这类易被感情支配的角色出场比较少，但平日里冷静的律子这次却有大发挥。剧中源度有一句台词是“进化的终点就是死亡”，曾任人工进化所所长的他的这句话，究竟有何含义呢。副标题中的 LILLIPUTIAN 指的就是《格列佛游记》里的小人国人。真不知道体型巨大的 EVA 如何去应付这种细菌规格的使徒。）

NERV本部在進行模擬體測試實驗時，於蛋白壁上發現異常，經MAGI判明為細菌規格的第十一使徒。該使徒能夠急速分裂、增殖，控制模擬體後開始侵蝕MAGI系統，並提速NERV自爆。對此，律子進入MAGI尚未被侵蝕的CASPER•3，依靠她母親的殘存記憶為使徒寫入了自滅促進程式，之後，使徒殲滅。

NERV本部在進行模擬體測試實驗時，於蛋白壁上發現異常，經MAGI判明為細菌規格的第十一使徒。該使徒能夠急速分裂、增殖，控制模擬體後開始侵蝕MAGI系統，並提速NERV自爆。 對此，律子進入MAGI尚未被侵蝕的CASPER•3，依靠她母親的殘存記憶為使徒寫入了自滅促進程式，之後，使徒殲滅。

A routine test involving the EVA pilots turns into a struggle for survival when a wholly new type of Angel appears and spreads inside NERV HQ. This new, computer-like angel threatens to set off the self-destruct for the entire facility, leaving Dr. Ritsuko Akagi in a race against time to save the GeoFront and destroy the Angel.

Un Ange qui a revêtu la forme d'un virus informatique s'introduit dans les locaux de la NERV et entame le piratage du super-ordinateur MAGI. Le temps presse pour Ritsuko qui doit empêcher l'ennemi invisible de prendre le contrôle de toutes les installations.

Misato wird zum Major befördert – Grund genug für Kensuke und Toji eine Party für sie zu schmeißen. Der Zehnte Engel wird im Erdorbit entdeckt, von wo aus er sich vermutlich als lebender Meteorit auf das NERV Hauptquartier stürzen will.

Ένας Άγγελος διεισδύει στη Nerv και παίρνει γρήγορα τον έλεγχο των Μάγων. Η Ρίτσουκο προτείνει να γράψουν ένα πρόγραμμα που θα επισπεύσει την καταστροφή του Αγγέλου.

מלאך חודר לשורותיו של ארגון נרב, ומשתלט במהירות על המערכת של מחשב-העל מאגי. ריטסוקו מציעה לכתוב תוכנה שתחייב את איראול להתפתח עד להכחדתו.

I piloti sono sottoposti ad un test di sincronizzazione diretto da Ritsuko, quando l'Angelo Iruel appare all'interno della base sotto forma di ruggine. Il nemico è costituito da un insieme di milioni di microscopiche particelle organiche, le quali, interagendo tra loro, costituiscono una specie di circuito biologico in grado di penetrare via via in tutti gli apparati informatici del quartier generale. Iruel infetta così la rete di computer della Nerv, riuscendo ad infiltrarsi e controllare completamente due dei tre Magi, la rete di super-computer che controlla l'intera base. Ritsuko, coi semplici sistemi di difesa informatica a sua disposizione, riesce a rallentare l'avanzata dell'infiltrazione virulenta di Iruel, ma l'Angelo continua gradualmente la sua offensiva e tenta di avviare il meccanismo di autodistruzione del sistema, che richiede il voto unanime dei tre componenti del Magi System. La giovane donna-scienziato prova allora a mettere in atto un piano per volgere a proprio favore l'abilità di adattamento iper-rapido dell'Angelo, costringendolo ad evolvere verso uno stato benigno. Per fare ciò entra nelle viscere degli apparati meccanici dell'ultimo Magus rimasto libero, dove trova gli appunti lasciati dalla madre mentre stava costruendo il Magi System. Le informazioni ivi contenute le consentono di portare a termine il piano.

初めてネルフ内部に侵入した第11使徒は、細菌サイズの微少なものだった。猛烈な勢いで進化しながら施設を汚染していく使徒。やがて使徒はマギシステムをハッキング、ネルフ本部の自爆を提訴する。リツコは使徒に対し、逆ハッキングで自滅促進プログラムを送ることを提案する。

파일럿들이 나체로 싱크로 테스트를 하던 중 바이러스형 제 11사도 이로울이 침투한다. 슈퍼컴퓨터 마기가 이로울에게 침식당하지만 리츠코의 활약으로 이로울을 격퇴하는 데에 성공한다. 한편 파일럿 삼인방은 비상사태에 플러그가 사출되어 알몸으로 호수에서 몇 시간을 기다린다.

Podczas testów synchronizacji pilotów z Evangelionami, bezpośrednio w kwaterze głównej NERV-u pojawia się następny Anioł, Iruel, który z początku zostaje wzięty za korozję. Ten Anioł okazuje się być złożony z milionów mikroskopijnych organizmów, które współpracują ze sobą w celu stworzenia żyjącego biologicznego komputera. Jego celem staje się system komputerów MAGI, który sprawnie przejmuje zmuszając go do rozpoczęcia procesu autodestrukcji.

O décimo primeiro Anjo (Zeruel) consegue invadir os circuitos do computador central da NERV, Magi, reconfigura o sistema e ordena a autodestruição da base. Ritsuko, a filha da criadora do Magi, é obrigada a reconfigurar manualmente o computador para acabar com o Anjo "vírus" e salvar a central da NERV.

Durante uma experiência do plug de simulação, um Anjo com a capacidade de imitar os circuitos do computador consegue invadir o sistema de supercomputadores MAGI e inicia uma seqüência de autodestruição. Ritsuko mergulha no funcionamento interno do sistema e conduz uma furiosa tentativa de cancelar o processo.

Un Înger infiltrat în NERV preia controlul asupra supercomputerului MAGI. Ritsuko le propune să scrie un program prin care Ireul să ajungă forțat la autodistrugere.

Пилоты Евангелионов проходят тест синхронизации под управлением Рицуко в штаб-квартире Nerv, когда Ангел проникает в город. Этот Ангел — множество микроорганизмов, которые, взаимодействуя, составляют компьютерную схему. Ангел проникает в компьютерную сеть Nerv и захватывает два из трёх суперкомпьютеров MAGI, однако Рицуко удаётся установить на последнем компьютере защиту, которая замедляет захват. Ангел пытается включить механизм самоуничтожения базы Nerv, для чего требуется согласие всех трёх суперкомпьютеров. И хотя защита замедлила захват, Рицуко по-прежнему нужно вернуть контроль над базой, перехитрив Ангела.

Ritsuko le enseña una nueva técnica de digitación a su asistente Maya Ibuki. Se explica cómo funciona MAGI, el sistema diseñado por la Dra. Akagi, madre de Ritsuko, gobernado por tres sub-sistemas, Melchor, Gaspar y Baltazar. La creadora explicó que cada parte representa una fase de su personalidad: la científica, la madre y la mujer. Tiene incluso implantado su cerebro. Ireul, el décimo primer ángel aparece en forma de virus informático, infestando a los primeros dos sub-sistemas. Ritsuko e Ibuki utilizan sus habilidades y algunos secretos de la madre de Ritsuko para eliminar el virus. Ritsuko comenta a Misato, al final, que de su "Madre" no sabe nada, aunque como "Científica" la admira, pero como "Mujer" la detesta, aunque fuese ésa la parte que se resistió a ceder ante el ángel.

Un Ángel se infiltra en NERV y rápidamente se apodera de la supercomputadora MAGI. Ritsuko propone hacer un programa que fuerce la evolución de Ireul hasta su extinción.

Bir Havari Nerv'e sızar ve kısa sürede Magi sistemini ele geçirir. Ritsuko, Ireul'u kendi kendini yok etmeye mecbur edecek bir program yazmayı önerir.

Звичайне випробування за участю пілотів EVA перетворюється на боротьбу за виживання, коли в штаб-квартирі NERV з’являється і поширюється ангел абсолютно нового типу. Цей новий, схожий на комп’ютер, ангел загрожує самознищенням усього об’єкта, залишаючи доктора Ріцуко Акагі в гонці з часом, щоб врятувати GeoFront і знищити Ангела.