En Shinji descobreix noves informacions sobre la Rei que el sorprendran. La primera, és clar, és la vinculació de la noia amb el seu pare. Apareix el cinquè àngel, Ramiel, que derrotarà en Shinji i començarà una incursió per la base subterrània del NERV que portarà conseqüències insospitades.

绫波丽是 EVA 零号机的专属驾驶员。她在真嗣调来第三新东京市的三周前的零号机启动实验中，因事故受伤。在学校，她无口无心无表情的性格使得没有人与她交往。但真嗣却见到她微笑着与自己父亲源度交谈，于是对丽产生了兴趣。第五使徒袭来，刚被发射出的初号机就遭到了高热加粒子炮的攻击。

（有关丽的剧情终于展开了。开场时就身受重伤，全身包裹着绷带。在真嗣无法理解的父亲面前，她却意外地露出笑颜。脏乱无摆设的房间，完全不象是一个女孩子的。还有桌上的那副眼镜，却是源度的。她的一切，似乎都是谜，如此一个玩偶般的角色，竟然位于全日本动画千万女性角色的首位，确实有些不可思议。副标题是第一个丽。）

繃帶少女綾波零是EVA零號機的專屬駕駛員。她在真嗣調來第三新東京市的三周前的零號機啟動實驗中，因事故受傷。在學校，她無口、無心、無表情的性格使得沒有人願意與她交往。但真嗣卻見到她微笑著與自己父親源堂交談，於是對零產生了興趣。同時，第五使徒襲來，剛被射出的初號機就遭到了高熱加粒子炮的攻擊。

繃帶少女綾波麗是EVA零號機的專屬駕駛員。她在真嗣調來第三新東京市的三周前的零號機啟動實驗中，因事故受傷。在學校，她無口、無心、無表情的性格使得沒有人願意與她交往。但真嗣卻見到她微笑著與自己父親源堂交談，於是對麗產生了興趣。同時，第五使徒襲來，剛被射出的初號機就遭到了高熱加粒子炮的攻擊。

EVA-00 is finally repaired, and Shinji tries to get to know its enigmatic pilot, Rei Ayanami, better. However, he is confounded because she is extremely insular, has no friends at all, and the entire record of her past has been erased. In the midst of this, a very powerful Angel, the floating monolith Ramiel, attacks Tokyo-3.

Flash-back. L'action se situe 15 jours avant l'arrivée de Shinji à Tokyo-3. L'ensemble du staff de la NERV est réuni pour le test final de l'Evangelion Unité-00 pilotée par Rei Ayanami.

L'Entry Plug est injectée avec succès et la synchronisation se présente correctement. Soudain, Rei perd le contrôle de l'Unité-00, qui semble agir de sa propre initiative. Devenu berserk, l'Eva s'acharne sur la vitre de la salle de contrôle, où se trouve Gendo. L'Eva est immobilisée par les dispositifs de sécurité, et Rei gravement blessée, est éjectée de sa capsule.

De retour au présent, on retrouve le Professeur Akagi, responsable scientifique, en train d'analyser les restes du Troisième Ange. A partir d'un noyau de cellules restées intactes, Ritsuko découvre que le code génétique des Anges est à 99,89% semblable à celui d'un être humain.

22 Tage nach dem letzten Aktivierungsversuch, bei dem sie schwer verletzt wurde, steigt Rei wieder in die Einheit 00. Ähnlich wie Gendo, zeigt auch sie keinerlei Gefühlsregungen. Die Untersuchung des besiegten Vierten Engels ergibt, dass dessen DNA mit der eines Menschen weitgehend übereinstimmt.

Η πιλότος της Μονάδας 0, Ρέι Αγιανάμι, δείχνει να έχει επανέλθει, αλλά δεν έχει φίλους, δεν έχει ιστορικό και δεν έχει κανένα ενδιαφέρον να γνωρίσει τον Σίντζι.

נראה שריי איאנאמי, הטייסת של יחידה 00, הצליחה להתאושש, אבל אין לה חברים, אין לה שום זיכרון של העבר ושום עניין להכיר את שינג'י.

Appena prima dell'arrivo di Shinji alla Nerv, durante uno degli esperimenti di prova per testare l'affidabilità degli Evangelion, l'Unità 00 va improvvisamente fuori controllo, causando la totale distruzione della sala del test. Una volta disattivata, Gendō accorre subito in aiuto di Rei, rimasta priva di sensi all'interno dell'Entry Plug e nell'operazione si ustiona le mani e perde gli occhiali, che gli cadono a terra. Shinji, ventidue giorni dopo l'incidente, è incuriosito da Rei e dal rapporto che ha con suo padre Gendō. La dottoressa Ritsuko Akagi gli offre l'occasione di andare a trovarla per consegnarle il nuovo tesserino di riconoscimento che permette l'ingresso al quartier generale della Nerv. Una volta arrivato nel condominio della ragazza, Shinji suona alla porta, ma nessuno viene ad aprirgli. Scorgendo la porta aperta, decide di entrare e, quando nota lo stato di degrado in cui vive Rei, inizia a ripulire la stanza. Nel momento in cui si prova indosso il paio di occhiali che sono sulla scrivania però, Rei esce dalla doccia e gli strappa con decisione le lenti dal volto. Il giovane imbarazzato finisce per franarle addosso. In seguito ad un test di attivazione, viene avvistato un nuovo Angelo, Ramiel. Shinji tenta di bloccarlo a bordo dell'Eva 01, ma l'avversario lo colpisce con un potente raggio energetico.

感情を表に出さず、他人と必要以上の接触をしようとしない少女・綾波レイ。シンジは、自分よりも父に近い位置にいる彼女に興味を持ち接近するが、彼女はシンジに心を開こうとはしない。父を信頼できないと云う彼をレイは非難し、頬を叩く。そんな中、使徒が第3新東京市に迫っていた。

신지는 며칠 동안 학교에 나오지 않은 레이에게 가정통신문을 전해 주러 레이의 아파트에 가게 된다. 레이가 어버지를 어떻게 생각하냐고 묻자, 신지는 아버지가 자신을 버리고는 신경쓰지 않는다며 불평한다. 이윽고 레이는 신지의 뺨을 때리면서 너는 아버지를 신경 써준 적이 있느냐며 화를 낸다.

Evangelion Jednostka 00 zostaje w końcu naprawiona, po tym jak wpadła w stan 'berserk' podczas eksperymentu, który miał miejsce przed wydarzeniami z pierwszego odcinka. Shinji stara się lepiej poznać pilota Evy 00, Rei Ayanami, jednak dziewczyna okazuje się być bardzo zamknięta w sobie, odcięta od świata i pozbawiona przyjaciół, a jej przeszłość zdaje się nie istnieć. W tym czasie w Tokio-3 pojawia się trzeci Anioł, Ramiel.

Shinji tenta compreender porque seu pai é tão próximo da misteriosa Rei e o trata de modo frio e distante. Diante de seu novo dilema, o garoto tenta se aproximar da garota. O quinto Anjo (Ramiel) aparece. Shinji é convocado para enfrentá-lo, mas acaba seriamente ferido.

Rei Ayanami, a piloto do EVA-00, está programada para passar por outro teste de ativação após um acidente horrível quase um mês antes. Shinji faz tentativas de entender Rei e sua estreita relação com seu pai.

Rei Ayanami, pilotul Unității Zero, pare să-și fi revenit, însă nu are prieteni, nu-și cunoaște trecutul și nici nu e interesată să discute cu Shinji.

Наконец Ева-00 была отремонтирована, Синдзи пытается получше узнать загадочного пилота Евы-00, Рей Аянами, но выясняет, что она очень замкнутая, у неё нет друзей, а все записи о её прошлом были стёрты. В это же время прибывает новый мощный Ангел Рамиил, летающий монолит, который нападает на Токио-3.

Al comienzo se relata lo sucedido algunos días antes de la llegada de Shinji a NERV. El equipo se encontraba realizando una prueba de sincronización de Rei con el prototipo EVA-00, cuando inesperadamente la unidad comenzó a rechazar a la piloto y enloquecer. Es por este accidente que Rei aparece herida en el primer capítulo. Shinji se sorprende del vínculo que su padre tiene con Rei. El quinto ángel Ramiel aparece y Shinji quiere enfrentarlo pero es derrotado y apenas consigue salvarse. Ramiel comienza a penetrar en la base subterránea de NERV y la situación se empeora a cada minuto.

La piloto de la Unidad 00 Rei Ayanami parece haberse recuperado, pero no tiene amigos, registros de su pasado ni interés en conocer a Shinji.

Ünite Sıfır'ın pilotu Rei Ayanami iyileşmiş gibi görünse de, ne bir arkadaşı vardır, ne geçmişini hatırlar, ne de Shinji'yi yakından tanımakla ilgilenir.

EVA-00 нарешті відремонтовано, і Сіндзі намагається ближче пізнати його загадкового пілота - Аянамі Рей. Однак він збентежений, тому що вона надзвичайно замкнута, у неї взагалі немає друзів, і весь запис її минулого стерто. У розпал цього, дуже потужний Ангел, плаваючий моноліт Раміель, атакує Токіо-3.