Paul Atreides ist der Herrscher des Wüstenplaneten Arrakis, auf dem das wertvolle "Spice" abgebaut wird, eine bewusstseinserweiternde Substanz, die das Leben verlängert und Reisen durch die Galaxie ermöglicht. Als Messias verehrt, führte Paul die Bewohner des Wüstenplaneten in einen heiligen Krieg und eroberte die Galaxis. Doch seine Machtfülle ruft Neider und Gegner auf den Plan. Es bildet sich eine Verschwörung, um Pauls Herrschaft zu brechen. Pauls einzige Hoffnung sind seine Kinder, Ghanina und Leto II. Das Schicksal des Wüstenplaneten und des ganzen Universums liegt in ihren Händen.

İlk serinin devamında çekilen yeni bölümler, Frank Herbert'ın Dune serisindeki ikinci kitap olan Dune Mesihi ve üçüncü kitap olan Dune'un Çocukları'nda anlatılan hikayeyi konu alıyor. Mini dizinin ilk bölümünde Paul Atreides'in çöle giderek ortadan kayboluşu, ikinci ve üçüncü bölümlerde ise kız kardeşi Alia'nın, İmparatorluğu'n Naib'i olarak tahtta oturuşu konu ediliyor. Paul ile Chani'nin çocukları Leto ve Ganima, Fremenlerin koruması altında yaşamaktadırlar. İkizlerin farklı yaratılışları dizi boyunca kendini yavaş yavaş ortaya koyarken Alia'nın daveti üzerine Arrakis'e geri dönen Leydi Jessica, kızını değişmiş olarak bulacaktır...