羊村里发现了一只生病的蜗牛，羊羊们抢救蜗牛，慢羊羊村长准备用热缩喷雾把喜羊羊缩小，然后潜入到蜗牛体内给蜗牛治病，但这个计划被灰太狼知道，为了抓住喜羊羊，他也把自己缩小，潜入了蜗牛体内。喜羊羊和灰太狼都进入了蜗牛身体里后，才发现原来生病的蜗牛体内有很多细菌，里面正爆发着一场轰动的细菌大战，这些细菌也分成白色和黑色两派，最终，喜羊羊带领着白细菌，跟灰太狼带领的黑细菌展开了斗争。电影版的故事没有那么简单直白，到最后故事的主轴已经不是羊和狼，而是细菌。其实每个人体内都有很多细菌，黑白细菌的斗争，只是相互获得一个平衡，但他们之间还存在着一个黄细菌，这个黄细菌结合了黑白细菌的力量，所以更加强大，但同时，他又相当高傲，看不起所有人，所以剧情发展到最后，黄细菌就成了电影里最大的反派。至于喜羊羊和灰太狼，最终共同去对付这个更加可恶的黄细菌。

虎威太岁来袭，强迫所有人在他的超级游乐园中工作。喜羊羊和灰太狼被迫联手对抗他们共同的敌人――虎威太岁；美羊羊和懒羊羊被迫装成米老鼠和唐老鸭在游乐园门口招揽客人；沸羊羊变成煤矿工；骄横、懒惰的红太狼居然在公厕派纸巾；幼小可爱的小灰灰也不能幸免……喜羊羊和灰太狼被迫联手对抗他们共同的敌人――虎威太岁及壁虎军师的喽罗。灰太狼还请来了七大恶狼做帮手，慢羊羊也发明外形与普通母鸡一样的机械母鸡，猎豹打手、小暴龙、虎威机械人等新角色也粉墨登场，极其搞笑。终于，喜羊羊凭借其聪明才智再次拯救了羊村。最后才发现，浑身金光闪闪、彪悍异常的虎威太岁只不过是长得体型比较大的猫猫而已。

　　新的一年再度降临，红太狼又怀上了小宝宝，本该其乐融融的狼堡却因灰太狼的“抓羊无能”而开起了“声讨大会”。不甘失败的灰太狼为了重振自己在狼族中的地位，决定带上老婆孩子再战羊族。而此时的青青草原上空，一个巨型的“糖果飞船”从天而降，一位来自月球的不速之客——兔小弟缓步而出。令人咋舌的是，自称魔法师的兔小弟一见喜羊羊便立刻认定他是月球的救世主，更将一个封藏已久的身世之谜公之于众。原来，在很久很久以前，正是喜羊羊的父母一手将原本荒芜的月球打造成了一个五彩斑斓的糖果世界，可现在，野心勃勃的苦瓜大王企图将其变成“苦球”。为了保住父母的心血，喜羊羊带着羊羊战队登上了前往月球的飞船，却在阴差阳错之中将前来抓羊的灰太狼一家也捎上了这趟太空之旅。

平静的一天，喜羊羊、沸羊羊在追逐一个神秘之人的过程中遭到了灰太狼以及恐怖的机械龙的攻击。在此之后，他们得到来自龙乐园的5个小家伙：变色龙、钻地龙、朦龙龙、七窍玲龙和轰龙龙的救助。从小龙的口中得知，龙乐园遭到机械龙无情的袭击，另一国度的危机也间接影响到了宁静祥和的青青大草原。与此同时，喜羊羊的父母也在时空旅行中遭遇意外。为了让龙乐园和青青大草原恢复原状，也为了拯救智羊羊和丽羊羊，羊村的小伙伴全副武装前往龙乐园寻找传说中的龙笛。原本打算去丈母娘家避难的灰太狼，也意外卷入了这场新的冒险之中……

阳光明媚的日子里，青青草原上灰太狼（张琳 配音）和喜羊羊（祖丽晴 配音）他们围绕被抓获的懒羊羊（梁颖 配音）又你来我往展开斗智斗勇的对决。正在关键时刻，狼堡发生剧烈震动，接着莫名其妙便被传送到了人类世界某个游乐场内。为了保护灰太郎一家的安全，村长利用看看机将它们变成人类的模样。陌生的人类世界让他们既觉新奇又感慌乱，也由此闹出无数的笑话。可是他们发现一个严重的问题，宝贝儿子小灰灰似乎和他们走失了。另一方面，图谋将狼堡弄来人类世界的邪恶商人皮总正在酝酿一系列充满野心的罪恶计划。

灰太狼一家和懒羊羊最终能否重返家园呢？

　　在晴朗明媚的一天，羊村正举行防御系统揭幕仪式，这是慢羊羊村长的最新发明，该系统可以抵制上千伏的电压。谁知这时灰太狼突然出现搅局，不久前他发明了羊味罐头，由此成为当今最炙手可热的科学家，可是没能抓到小羊依然是他心中隐隐的伤痛。灰太狼操纵天气控制器与羊羊特工队展开殊死搏斗。受伤的喜羊羊偶然结识了熊猫旺财，而对方的真实身份是灭绝了许久的蛇。受挫的灰太狼专心升级天气控制器，却忽略了老婆和灰灰的感受，而他的失误也导致天气控制器失控。危难时刻，青青草原的各位意外发现久远以前蛇族发明的诺亚神舟。可是为了启动神舟，必须得到蛇族的帮助。为此，羊羊特工队和机械喜羊羊踏上凶险莫测的冒险旅程……

　　本片为《喜羊羊与灰太狼》系列第五部剧场版动画。

灰太狼（赵英俊 饰）登上大王的宝座已经八年之久了，然而，在这八年内，他的政权从未真正的稳固过，总是受到来自于各个方面的挑战，辛苦树立的权威亦摇摇欲坠。

一直觊觎着王位的小白狼终于展开了行动，它集结了七大恶狼，逼迫灰太狼退位让贤，而灰太狼挚爱的妻儿红太狼（王智 饰）和小灰灰（蔡景森 饰）亦因此身处危险之中。为了保住王位，灰太狼决定出发寻找神秘的狼王石英，一行人来到了一座地处偏远的小岛之上，在此展开了一段充满了危险的奇幻旅程，等待着灰太狼的，是神出鬼没的食人族，还有藏身于黑暗之中的大魔王。最终，灰太狼能否战胜强大的敌人，夺回属于自己的一切呢？

　　在经典的童话故事里，如梦如幻、色彩斑斓的天马之城，英俊的飞马王子（郑恺 配音）即将迎娶美丽的蓝马公主（白百合 配音），谁知婚礼现场却被抢婚的小矮马（刘红韵 配音）所破坏。飞马王子在追逐小矮马的时候遭遇意外，坠落到了青青草原。与此同时，草原上这个经典童话的结局也发生了改变。为了让痛哭流涕的大人们重新振作起来，也为了帮助飞马王子找回真爱，喜羊羊、美羊羊、懒洋洋、暖洋洋、沸羊羊以及小灰灰拿到了村长发明的飞行套装。在那个皓月当空的美丽夜晚，他们与王子一同飞上天空。在此之后，灰太狼和红太狼也紧随其后出发。 　　悲哀的童话能否找回快乐的结局？新一年的旅程，这些好朋友们又将经历怎样的冒险？

本集故事讲述了喜羊羊与懒羊羊因误会而友情出现裂痕并意外回到远古时代。在陌生的时代，他们遇到恶龙来袭。在对抗过程中，兄弟终于冰释前嫌，合力打败恶龙。经此一事，懒羊羊与喜羊羊不但重拾旧日友情，兄弟间的感情还得到了巩固和升华。

守护者队参战篮球顶级赛事都市杯，喜羊羊和灰太狼却因为一球之争关系破裂，导致球队惨遭败北，分崩离析。但真正的友谊不会被困难打倒，众人经历成长，再战新一届都市杯。最终众人凭借友谊和热爱，登顶冠军完成梦想。

一种神奇宝石维护着世界的稳定和平，当一股神秘力量正蠢蠢欲动，危机四处蔓延。众羊狼与新伙伴再踏上守护世界的征途，争分夺秒与神秘势力的阴谋赛跑，并在一次次的冒险与闯关中共同成长，最终明白了守护的意义。