Kiedy nieznana, obca siła niszczy kilka klingońskich statków, James T. Kirk (William Shatner) powraca na kapitański mostek zmodernizowanego U.S.S. Enterprise. Leonard Nimoy, DeForest Kelley oraz załoga z oryginalnej telewizyjnej serii "Star Trek" mobilizuje siły, abo powstrzymać niszczycielskie zapedy obcego intruza nieubłaganie zmierzającego z stronę Ziemi.

To drugi z pełnometrażowych filmów z serii "Star Trek", nakręcony za minimalne pieniądze, z użyciem najprostszych efektów specjalnych, używający tylko starych makiet pojazdów i stacji kosmicznych...jednocześnie jeden z najlepszych i najbardziej lubianych obrazów serii. Admirał Kirk i załoga Enterprise stawiają tym razem czoła dawnemu wrogowi. Jest nim Khan Noonien Singh - kiedyś uwięziony przez Kirka na opuszczonej planecie przestępca - który pragnie zemsty. Zamierza tego dokonać przy pomocy Projektu Genesis - programu stworzonemu w celach pokojowych, który jednak może służyć również jako potężna broń. Przejmuje statek Federacji - USS Reliant i rozpoczyna realizację swojego planu.

Akcja filmu rozpoczyna się w momencie, w którym kończy się jego poprzednik - po wielkiej bitwie z Khanem, Enterprise powraca do doków w celu dokonania napraw. Tymczasem, gdy Kirk i jego załoga opłakują śmierć Spocka, pojawia się Sarek - ojciec Spocka, który domaga się, aby ciało jego syna wróciło na ojczystą planetę ich rasy - Vulcan. Wbrew rozkazom dowództwa, Kirk z przyjaciółmi uprowadza Enterprise, aby dotrzeć na planetę Genesis i znaleźć ciało starego przyjaciela. Tymczasem o potężnej mocy Projektu Genesis dowiadują się Klingoni - konfrontacja staje się nieunikniona.

Jest wiek 23. Zagadkowa obca moc zagraża Ziemi: parują oceany, szaleją kataklizmy, zniszczeniu ulega wokółziemska atmosfera. Jedyną szansą ocalenia ludzkości jest podróż w czasie - Kirk i jego załoga muszą udać się do San Francisco roku 1986. Tam czeka na nich rzeczywistość bardziej obca, niż cokolwiek, z czym dotąd zetknęli się nawet w najodleglejszych zakątkach galaktyki: pizza, punk i ...autobusowe przystanki na żądanie. Emocjonująca, naszpikowana akcją misja - to coś w sam raz dla krążownika Enterprise i jego załogi.

Data Gwiezdna 8454.130. Kapitan Kirk musi stawić czoła dwóm wyzwaniom - wspinaczce na El Captain w Parku Yosemite i nauczeniu Spocka obozowych piosenek. Wakacje zostają jednak nagle przerwane, gdy zdradziecki Wulkanita porywa Enterprise wraz z załogą i wyrusza w podróż ku ostatecznej granicy, chcąc odkryć największy sekret wszechświata. Gwiazdy "Star Trek" wracają w jednej z najbardziej zdumiewającej podróży w swojej historii - wraz nimi dreszcz emocji i zabawa, za którymi fani tak przepadają. Zapnijcie więc pasy - czeka Was skok w nieznane, który dostarczy Wam niezapomnianych wrażeń. Ten film to duchowa odyseja i kosmiczna przygoda w jednym.

Imperium Klingonów doznaje poważnego ciosu podczas eksplozji kopalni na jednym ze swoich księżyców. W rezultacie klingoni chcą podpisania pokoju z federacją. Kapitan Kirk ma wyruszyć w swą ostatnią misję i przyjąć ambasadora. Niestety wkrótce po przyjęciu na Enterprise, ambasador zostaje zamordowany, a proces pokojowy załamuje się. Klingoni za morderstwo chcą ukarać Kirka (który także zabił kilku klingonów i ukradł im statek w ST III). Kirk i McCoy zostają skazani na ciężkie więzienie (a właściwie obóz pracy). Po uratowaniu ich przez Spoka muszą rozwikłać zagadkę, kto stoi za zabójstwem klingońskiego ambasadora. Jak się okaże pewni klingoni i pewni funkcjonariusze federacji już się dogadali i za wszelką cenę chcą wstrzymać negocjacje pokojowe. Oczywiście wszystko kończy się sukcesem, chociaż Kirk zamiast przekazać statek nowej załodze kieruje się w nieznane sobie miejsce. Natomiast komandor Sulu zostaje kapitanem Excelciora.