De familie Newton is een doodgewoon gezin. Totdat Beethoven, 80 kilo van liefde, toewijding, moed en kwijl, hun leven en inboedel voorgoed verandert. Ternauwernood ontsnapt aan een stel gemene hondendieven vindt Beethoven bij de Newton's het huis van zijn dromen. Hij slaapt op de bank, speelt in de tuin en kwijlt op bed. Hij doet alles wat zijn baas hem verbiedt en toch wil de familie Newton hem voor geen goud missen.

Ditmaal heeft Beethoven een verrassing in petto. Een avontuur met zes staarten! Tot op heden had Beethoven een heerlijk hondenleven. In Beethoven 1 zagen we dat hij een nieuw thuis had gevonden bij de Newton's, en het hart van de hele familie wist te veroveren, inclusief dat van zijn onwillige baasje.

De Newtons gaan met de kampeerwagen op vakantie. Vader Richard is bijzonder opgetogen, maar de kinderen vinden zo'n lange rit maar niks, tot er plots een onverwachte lifter opduikt: Beethoven!!! Beethoven zorgt naar gewoonte weer voor een heleboel verrassingenen pret, maar wanneer twee stuntelige dieven het pad van de Newtons kruisen, is hij het die de familie beschermt en verdedigt.

De Newtons zijn aangenaam verrast als ze vaststellen dat Beethoven gehoorzaam is geworden. Wat ze echter niet weten is dat Beethoven gewoon van plaats heeft gewisseld met een andere hond, en zelf gezellig bij een steenrijke familie inwoont.

De familie Newton gaat op vakantie naar de Bahama's, maar de kleine Sara gaat bij haar oom logeren in de vakantie. Terwijl Sara en haar oom Freddy, aan het vissen zijn, vindt Beethoven een tiendollar-biljet uit 1920. Dit geld blijkt afkomstig te zijn van Rita en Moe (de Bonnie & Clyde van de jaren '20). Iemand uit het stadje komt er achter dat Beethoven dit biljet heeft gevonden, en ineens begint de hele stad vreemd te doen.

Eddie is een vermoeide dierentrainer en een alleenstaande vader. Opeens wordt hij het mikpunt van een grote Sint-Bernard. Deze hond is door een filmauditie al snel een ware ster geworden. Een drietal komt met een plan de beroemde hond te ontvoeren en vervolgens losgeld te eisen.

Nadat de elf Henry de Noordpool ontvlucht met de slee van de Kerstman en de magische tas met speelgoed, stort hij met de kostbare lading neer in een boom ergens in een buitenwijk. Wanneer de zak met speelgoed in verkeerde handen valt is het aan de heldhaftige Beethoven en zijn tienervriend Mason om Henry te redden, het speelgoed van de Kerstman op te halen en Kerstmis voor alle kinderen te redden.

Na een slechte dag op de filmset zijn trainer Eddie en zijn hond Beethoven onderweg naar huis, maar zij stranden in een kleine plaats aan de kust. Beethoven raakt bevriend met een jongen. Ze vinden een schatkaart die moet leiden naar een verloren schat, waarna ze op een avontuur gaan waarbij de hele stad samen komt.