Astronaut Taylor überlebt den Raum-Zeitsprung durch das All – 2000 Jahre in die Zukunft. Eine Notlandung verschlägt ihn auf einen entfernten Planeten, der von Affen regiert wird. Auf grausame Weise missbrauchen die herrschenden Affen eine primitive Menschenrasse für Experimente und zur Unterhaltung. Schon bald wird Taylor selbst zum Gejagten, seine einzige Hoffnung auf Rettung ist ein hilfsbereiter Schimpansen-Wissenschaftler.

Brent ist auf einer Aufklärungsmission und sucht nach Spuren des verschollenen Taylor – und stürzt ebenfalls über dem Planet der Affen ab. Seine erste Begegnung ist Nova, eine Freundin Taylors. Der Gorilla-Generals Ursus fordert von seinen Untergebenen, die Menschen endgültig auszulöschen. Gemeinsam mit Cornelius findet er den Beweis, daß dieser Planet die Erde ist und er erfährt von einer Gruppe von mutieren Menschen, die sich bis heute tapfer gegen die Affen wehrt.

Als das Raumschiff des verschollenen Astronauten Taylor nach zwei Jahren wieder auf der Erde landet, ist die Freude zunächst groß. Noch größer ist aber das Erstaunen, als die Menschen feststellen, daß sich Affen in den Helmen und Anzügen befinden. Der beste Platz für Cornelius, Dr. Zira und Dr. Milo ist scheinbar der Zoo, wo sie sich auch freiwillig hintransportieren lassen. Doch für die intelligenten Affen vom anderen Stern ist es eine Gefahr, zusammen mit wilden Affen von der Erde in einem Käfig eingesperrt zu werden.

Seit dem Tod der beiden ersten sprechenden Affen sind viele Jahre vergangen. In der Zwischenzeit hat eine Seuche alle Haustiere der Menschen getötet, nur Affen waren immun, daher werden diese jetzt als eine Mischung aus Haustier und Diener der Menschen eingesetzt. Als Caesar, Sohn von Zira und Cornelius, der beiden ersten sprechenden Affen, mitbekommt, mit welch brutalen Methoden seine Artgenossen von den Menschen “ausgebildet” werden, zettelt er eine Revolution an.

Nach der Revolution, die Caesar im vorigen Teil angezettelt hatte, leben Menschen und Affen friedlich zusammen. Jetzt will er mehr über die Geschichte seiner Eltern wissen und begibt sich dazu in die “verbotene Stadt”. Dieser Ort ist allerdings radioaktiv verseucht und wird von mutierten Affen bewohnt, die es nicht gut mit den Eindringlingen meinen.