Weil sein einst brillanter Vater Charles an Demenz leidet, beginnt der Wissenschaftler Will Rodman an Schimpansen zu experimentieren, um ein geeignetes Heilmittel gegen die Alzheimer-Krankheit zu finden. Eines der Tiere, das den Namen Caesar trägt, entwickelt sich durch die Einnahme der Medikamente sehr rapide. Um den hyperintelligenten Affen vor seinen zunehmend aggressiv werdenden Kollegen zu schützen, nimmt der Wissenschaftler seinen besonderen Probanden mit zu sich nach Hause und zieht ihn wie ein Familienmitglied groß. Als Charles einige Zeit später seiner Krankheit zum Opfer fällt, wird Caesar ebenfalls immer aggressiver. Aufgrund seines gewalttätigen Verhaltens wird der Primat in ein riesiges Käfigsystem mit anderen Schimpansen gesperrt. Dort zettelt Caesar einen Aufstand an - die Revolution der Affen.

Nachdem durch die randalierenden und genetisch veränderten Affen und den ausgebrochenen Virus die Weltbevölkerung drastisch reduziert wurde, versuchen einige wenige Überlebende ihr Dasein in San Francisco zu fristen. Aber auch bei den Affen ergeben sich Probleme. Der Anführer Caesar muss seine Machtposition in den eigenen Rängen behaupten. Mittlerweile hat er selbst eine Frau und ein Baby. Seinen Artgenossen hat er mittlerweile beigebracht, sich mithilfe einer Zeichenspracheuntereinander zu verständigen. Alles deutet darauf hin, dass der Waffenstillstand zwischen Affen und den überlebenden Menschen nicht von Dauer sein wird. Bald schon wird sich entscheiden, welche der beiden Spezies die Erde in Zukunft dominieren wird.

Der Krieg, den Koba mit den von der Seuche stark dezimierten Menschen angezettelt hat, ist in vollem Gange. Affen-Anführer Caesar geht es dabei gar nicht länger ums Gewinnen, er will lediglich einen Weg finden, wie er mit seinem Stamm in Frieden leben kann. Doch eine Spezialeinheit unter Führung des brutalen Colonel will Caesar um jeden Preis tot sehen und so werden im Urwald vor den Toren San Franciscos weiterhin blutige Gefechte ausgetragen, die in einem heimtückischen Anschlag auf das geheime Versteck der Affen gipfeln, das ein Verräter preisgegeben hat. Nun gärt in dem sonst friedliebenden Caesar das Bedürfnis nach Rache und mit seiner rechten Hand Rocket und einigen weiteren Getreuen macht er sich auf die beschwerliche Suche nach dem Colonel, fest entschlossen, keine Gnade mehr walten zu lassen.

Etwa 300 Jahre nach der blutigen und verlustreichen Schlacht zwischen den von Caesar angeführten Affen und den Menschen unter Kommando des Colonels, haben sich in der Oase, in die Caesar seine Artgenossen einst geführt hat, mehrere Affengesellschaften parallel entwickelt. Die Menschen hingegen sind wieder Wilde geworden. Einige der Affenclans haben noch nie etwas von Caesar gehört. Andere wiederum nutzen dessen Legendenstatus aus, um seine Lehren zugunsten ehrgeiziger Ziele zu verdrehen. Vor diesem Hintergrund versklavt der Affenanführer Proximus Caesar andere Clans, um eine geheime, menschliche Technologie zu finden. Als der Schimpanse Noa mitansehen muss, wie seine Sippe entführt wird, begibt er sich zusammen mit dem menschlichen Mädchen Mae auf die Suche, um seine verschleppten Artgenossen zu finden und zu befreien...