Galaxy Express 999 è ambientato nell'anno 2021, in un futuro ad alta tecnologia, dove una rete ferroviaria interstellare si estende ormai per tutta la galassia, treni spaziali fanno servizio ogni giorno e persone con un "corpo meccanico" stanno spingendo l'umanità verso l'estinzione. In quegli anni sulla Terra viene progettata Megalopolis, città modernissima dal clima sempre controllato, dove gli abitanti hanno un corpo meccanico che consente loro di vivere fino a duemila anni. I poveri non possono permettersi un corpo meccanico e vivono in tuguri ai margini della città. Una madre e un figlio poveri, tra i primi, vengono a sapere che esiste un pianeta dove si può ricevere gratuitamente un corpo meccanico. Per andarci devono raggiungere Megalopolis e da lì proseguire il viaggio con il Galaxy Express 999, un treno spaziale dalla tecnologia avanzatissima che appare guidata, però, da una classica locomotiva a vapore.

Lo special del 1979 è basato in particolare sugli episodi 12-13 della serie classica: la fermata del 999 su un misterioso pianeta fossilizzato. La storia dell’unico sopravvissuto ad una misteriosa e fantomatica nube dai poteri fossilizzanti viene a occupare una buona dose dello special, che dunque nella parte iniziale si concentra solo per brevi accenni sulla vicenda dell’incontro tra Maetel e Tochiro, la quale compare all’interno di un flashback, il resto dell'episodio descrive appunto lo scontro tra i protagonisti e il guerriero e svela il mistero del pianeta.

While travelling on the Galaxy Express with Maetel, Tetsuro befriends Claire who was forced by her mother to exchange her organic body for crystal glass. When danger threatens Tetsuro, Claire tries to help him.

A remake of episode 22 of the TV series, the 999 is attacked by the pirate ship Queen Emeraldas, which forces the train to a pirate planet. There Tetsuro and Maetel are captured by the pirate Emeraldas, a caped woman who seeks to switch her body with Maetel's.

A remake of episodes 51-52 of the TV series, the 999 crashes in a large sentient blob along with another ship. The crew tries to save the ship's pilot, a blue haired woman named Artemis, before the Galaxy Railways headquarters gets ready to blow up the blob.

Sono trascorsi due anni dalla prima volta in cui Tetsuro salì a bordo del Galaxy Express. Da allora la guerra tra uomini di carne e uomini meccanici si è fatta più cruenta, estendendosi a tutti i sistemi. Ma un giorno Tetsuro riceve un messaggio da Maetel. Un nuovo viaggio sul Galaxy Express, una nuova verità oltre l'immaginazione: le voci tra i partigiani della resistenza umana sostengono che Maetel, la bella e triste Maetel, stia per diventare la nuova Promesium, la regina degli uomini meccanici...

Subito dopo essere salito per l'ultima volta sul Galaxy Express 999, Tetsurou Hoshino è stato incarcerato. Il treno galattico sta per fare la sua fermata di 24 ore sulla Terra, che ora è governata da un nuovo dittatore, ancora più terribile, che ha preso il posto degli uomini meccanici che la dominavano in precedenza, e contro i quali Tetsurou aveva combattuto con valore. Bolkazanda III, il nuovo governatore della Terra, è in realtà il fantoccio di un misterioso dominatore, che non ha alcuna pietà per la razza umana. Tetsurou, che nel frattempo si è fatto crescere una folta chioma, viene aiutato da una ragazza che assomiglia molto alla madre scomparsa, fino al giorno in cui la fanciulla viene imprigionata in un blocco di ghiaccio...