Die Geschichte spielt im Jahr 2027, ein Jahr nach dem Ende des vierten nichtnuklearen Krieges. New Port City leidet immer noch unter den Folgen des Krieges, als es zu einem Bombenanschlag durch eine selbstfahrende Mine kommt. Dann wird ein Militärangehöriger, der in den Waffenhandel mit Bestechungsgeldern verwickelt ist, erschossen. Während der Ermittlungen trifft Daisuke Aramaki von der Abteilung für öffentliche Sicherheit auf Motoko Kusanagi, den Cyborg-Hacker auf Zaubererniveau, der der 501. Geheimeinheit des Militärs zugeteilt ist. Batou, ein Mann mit dem „Auge, das nicht schläft“, vermutet, dass Kusanagi hinter dem Bombenanschlag steckt. Der Detektiv der Präfekturpolizei Niihama, Togusa, verfolgt seine eigenen Doppelfälle, nämlich den Mord bei einer Schießerei und den Mord an einer Prostituierten. Motoko selbst wird vom Chef Kurutsu und Cyborg-Agenten der 501. Geheimeinheit beobachtet.

Motoko Kusanagi ist von ihrer Verantwortung bei der 501-Organisation befreit und muss nun lernen, wie sie Befehle von Aramaki entgegennimmt. Jemand hackt die Logicomas und Batou bittet den ehemaligen Geheimdienstoffizier der Armee, Ishikawa, und den ehemaligen Luftartillerie-Experten Borma um Hilfe. Kusanagi möchte außerdem den Spitzenscharfschützen Saito und den verdeckten Ermittler Paz für die neue Abteilung 9 für öffentliche Sicherheit gewinnen.

Motoko und Batou geben sich im Urlaub als Liebespaar aus und arbeiten daran, eine Terrororganisation zu stoppen, deren Symbol die Scrasath sind. Unterdessen untersucht Togusa den Mord an einem Mann, der eine Beinprothese der Firma Mermaid's Leg besaß.

Motoko Kusanagi (Originalstimme: Maaya Sakamoto) und ihr Team von der 501 Organisation werden zu einem Tatort gerufen: Dort erwartet sie ein wahrer Albtraum, ein schreckliches Verbrechen mit mehreren Toten wurde begangen. Ein Mädchen steht mitten im sich auftürmenden Berg von Leichen. Wie es scheint, ist sie für das Blutbad verantwortlich. Alle Hinweise deuten auf sie als Täterin – doch was wollte das Mädchen damit bezwecken? Warum stecken zwei Ghosts in dem Körper des Kindes? Das bleiben nicht die einzigen Ungereimtheiten bei diesem grauenhaften Verbrechen, denn eine Spur führt Fire-Starter-Virus. Was hat der Krankheitserreger mit all dem zu tun? „Ghost in the Shell Arise: Border 4 - Ghost Stands Alone“ ist der finale von vier Anime-Filmen, welche die Vorgeschichte zu den Originalmangas von Masamune Shirow darstellen. (Text: filmstarts.de)

In einem futuristischen Japan nach dem Ende eines brutalen Weltkriegs sind die Grenzen der Wissenschaft sprunghaft fortgeschritten und geben der Menschheit die Möglichkeit das Leben zu verlängern und reduzieren Leiden durch den Einsatz von hoch entwickelten Kybernetik. Mit allen Menschen verknüpft in einem System von Gedanken und Persönlichkeiten welches als Geist bekannt ist, ist die größte Bedrohung für die Menschheit der Cyber-Terroristen welcher fähig ist die Körper der Menschen und deren Erinnerungen zu übernehmen. Wenn ein Geist-infizierender Virus bekannt als Fire-Starter beginnt sich durch das System zu verbreiten was in der Ermordung des japanischen Premierministers endet werde Major Motoko Kusanagi und ihre Elite-Team von Spezial Agenten beauftragt dessen Herkunft zu ermitteln. Als sie sich tiefer und tiefer in ihre Ermittlungen vertiefen, entdecken sie Spuren von Korruption in der Regierung und einen Schatten Broker welcher ein allzu vertrautes Gesicht trägt.