Durante una spedizione di paleontologia lungo il Rio delle Amazzoni, un gruppo di scienziati si imbatte in una laguna rimasta immutata sin dalla preistoria. In questa laguna si nasconde una minaccia, Gill-Man, un ibrido metà pesce e metà uomo. Gli scienziati riescono a catturare il mostro solamente dopo che egli ha ucciso alcuni membri dell'equipaggio, ma riesce comunque a scappare. Nonostante l'opposizione del finanziatore della spedizione (che vedeva una possibilità di arricchimento) decidono che la soluzione migliore è quella di fuggire ma l'unica uscita dalla laguna è stata bloccata da alcuni tronchi messi dal mostro. Mentre l'equipaggio tenta di rimuovere l'ostacolo, il mostro fa ritorno e rapisce Kay. Una volta ritrovato il mostro gli scienziati fanno fuoco, uccidendolo. Il film termina con un'inquadratura del corpo apparentemente senza vita del mostro

Un gruppo di scienziati ritorna nella laguna per catturare il mostro. Nella prima immersione viene aggredito uno studioso che si riesce a salvare. Per catturare la creatura decidono di utilizzare la dinamite; l'operazione riesce e il corpo della creatura viene a galla privo di sensi ma ancora in vita. Il mostro viene portato in un parco marino dove verrà studiato e usato come attrazione turistica. Quando si sveglia diventa un pericolo troppo grande e viene condotto in un'altra vasca e questa volta viene legato. Vengono effettuati dei test su di lui per capire quanto sia sviluppato il suo cervello, ma durante uno di questi si riesce a liberare dalla catena e a scappare. La sua furia provocherà alcune vittime.

Una spedizione perlustra le acque delle Everglades in Florida per ritrovare il mostro della laguna nera che lì era scomparso. Fanno parte della spedizione il dottor William Barton (Jeff Morrow), sua moglie Marcia (Leigh Snowden), il dottor Thomas Morgan (Rex Reason) e una guida, Jed Grant (Gregg Palmer). Trovato e catturato, Barton ha delle idee particolari sul mostro, volendo compiere crudeli esperimenti per trasformarlo in un essere capace di respirare fuori dall’acqua. Modificato, il mostro è confinato in una prigione dalla quale può vedere il mare da cui è stato allontanato per sempre. Ma ha ancora la forza di ribellarsi.