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本片描述二十二世紀一名電腦代號為尼歐的電腦駭客,他總是覺得世界一切都不對勁,但卻又說不出所以然來。常常在夢中、或電腦中都會有個聲音對他說話,讓他分不清真實與夢境的界限。直到他來到地下自由鬥士的組織,才真相大白。於是他和一群身懷絕技的鬥士,開始展開對抗控制全體人類的『電腦魔王』的使命……
在顯示出救世主身份不久後,尼歐(Neo)進一步學會運用他在母體(Matrix)的超級能力,包括看清周圍人和物的代碼,以及飛行。人類的革命也劇烈反轉,越來越多的人從母體中獲得了自由。此時尼歐開始不斷地夢見崔妮蒂(Trinity)的死亡。另一方面,機器聚集了一支大軍進攻人類抵抗的中心:真實世界最後的城市錫安(Zion)。莫菲斯(Morpheus)和尼歐則焦急地等待和祭師(Oracle)的聯繫,他們相信,祭師會告訴他們如何阻止災難。特工史密斯(Smith)由於在第一集中對尼歐追捕失敗被系統刪除,如今脫離母體並成為電腦病毒重新出現,他可以傳染任何被他接觸的人(將其複製成自己),他生存的目的就是為了消滅尼歐。為了拯救錫安、人類以及他最愛的女人,尼歐和莫菲斯及其他抵抗分子必須與各種被「流放」的程式、新升級的特工、以及一群史密斯的複製品戰鬥,以便到達萬物之源(the Source)。但是在萬物之源,尼歐了解到的卻是動搖之前所有認知的真相……
在《駭客任務》系列電影最後一集中,延續上集《駭客任務:重裝上陣》的故事,並揭曉機器與人類的最終命運。 機器帝國集結了烏賊大軍攻打真實世界僅存的人類城市——錫安城(Zion),錫安城內的人類拚死抵抗,但最後仍是兵敗如山倒;另一方面,電腦人史密斯(Agent Smith)進化成為更高等的電腦病毒,幾乎佔領了整個母體(Matrix),甚至包括了「母體之母」——祭師(Oracle)。經過與祭師密談的救世主尼歐(Neo),終於清楚自己的使命,便和女主角崔妮蒂(Trinity)兩人強行攻入位於地表,人類幾乎無法進入的機械城市。 雖然在重重阻礙中,尼歐藉由救世主不分世界的超能力成功進入機械城市,但崔妮蒂在此犧牲。尼歐進入機器城市後,與身為機器首腦的機械主(其地位相當於諾斯底主義中的上帝,詳見「緩和二元論」處)達成停戰協議。而代價是尼歐必須進入母體,刪除叛逃異變的強大病毒——史密斯。 經過一番苦戰之後,尼歐敗了,被史密斯所感染複製,但是機械主也因此獲得了史密斯的代碼,從而成功將其清除,在最後一刻拯救了僅存的人類,還有被機器大軍破壞殆盡的錫安城,機器世界與真實世界都獲得了和平,人類從此可以選擇生活在母體或現實世界,而造物主也承諾不願生活在機器世界(母體)的人類將會獲得自由。在最後,祭師表示相信尼歐還會回來。
《駭客任務:復活》重回有兩個現實的世界,一個是日常生活,另一個則是存在於日常的背後。湯瑪斯安德森想要找出他的現實是真實的,還是想像出來的,同時真正了解自己,所以他必須再次選擇「跟著白兔走」。儘管一切都像是幻覺,但如果湯瑪斯(或是尼歐)曾經學到什麼,那就是唯有透過選擇才能進出母體,尋找背後的真相。雖然尼歐早就知道他會做出何種選擇,但他不知道的是,母體變得比以前更強大、更堅固、更危險……似曾相識。