In der Stadt Karakura leben Ichigo und Rukia ihr normales Shinigami-Leben weiter und bekämpfen ab und zu erscheinende Hollows, als plötzlich merkwürdige, unbekannte, weiße Geister auftauchen - und zwar in Unmengen. Sie können nicht sprechen und nehmen ihr Umfeld nur vage wahr, irgendwie scheinen sie »leer« zu sein. Mitten in dem Getümmel mit diesen »leeren Geistern« erscheint vor Ichigo und Rukia eine noch unbekannte Shinigami namens Senna, die ohne Fragen zu stellen oder zu beantworten den Kampf gegen die Geister aufnimmt. Dazu erscheint noch eine weitere unbekannte Person namens Ganryuu, der der Anführer einer abtrünnigen Shinigami-Gruppe ist und die gerade frisch gewonnene Freundin von Ichigo entführt. Wird Ichigo sie retten können und Ganryuu besiegen?

Bei seinem Transport wird ein wertvolles Artefakt, das kostbare Königssiegel, gestohlen. Als kurz darauf Kommandant Toshiro Hitsugaya spurlos verschwindet, wird er natürlich des Diebstahls verdächtigt. Die Soul Society ruft laut nach seiner Gefangennahme und fordert seine Hinrichtung, doch Ersatz-Shinigami Ichigo Kurosaki widersetzt sich dem Aufruf und beschließt, Hitsugayas Unschuld beweisen. Aber kann er Hitsugayas Motive lüften, bevor seine Ehre und sein Leben dahin sind? Und wird das Geheimnis des Siegels offenbart, bevor die Soul Society daran zerbricht?

Eine mysteriöse Reiatsu (spirituelle Partikel) Explosion findet in Seireitei in der Soul Society statt, welche verursacht, dass Seireitei zerstört wird. In der exakt selben Zeit überkommt Kuchiki Rukia eine bedeutende Veränderung, die bewirkt, dass sie aus dem Gedächtnis ihrer Freunde langsam aber sicher verschwindet. Urahara Kisuke schickt Kurosaki Ichigo zur Soul Society, um die Unruhe zu untersuchen. Als er die Soul Society erreicht, wird er von Shinigamis angegriffen, die ihre Erinnerungen zu Ichigo und Rukia verloren haben. Nun, alleine und auf der Flucht, muss Ichigo versuchen die vermisste Rukia zu finden und die mysteriösen Ereignisse aufzudecken, bevor es zu spät ist.

Nachdem in Karakura ein Höllentor aufgetaucht ist, werden Rukia Kuchiki und Renji Abarai dorthin entsandt, um die Lage zu untersuchen. Angeführt von Shuren haben die Togabito, Geister bzw. Hollows, die während ihres menschlichen Daseins ein sündhaftes und böses Leben führten und zur Strafe in die Hölle verbannt wurden, es auf Ichigos Familie abgesehen und sie entführen seine jüngere Schwester Yuzu. Fast hätten sie es geschafft auch Karin zu entführen, wenn nicht der Togabito Kokutou sie davor bewahrt hätte. Kokutou überzeugt daraufhin Ichigo und die Shinigami ihn in die Hölle zu begleiten, um Yuzu zu retten...