Mit Hilfe einer selbstgebauten Computeranlage empfängt der Wissenschaftler Sanjay Mehra Signale aus dem All, seine Kollegen glauben ihm jedoch kein Wort. Als Sanjay kurz darauf bei einem Autounfall stirbt, bleibt seine schwangere Frau Sonia schwer verletzt zurück. Der gemeinsame Sohn Rohit ist Jahre später zwar zu einem jungen Mann herangewachsen, hat aber infolge des Unfalls den Geist eines 10-Jährigen. Da tritt die schöne Nisha in sein Leben und die beiden werden trotz ihrer Gegensätzlichkeit Freunde. Als sie die alte Computeranlage von Rohits Vater ausprobieren, ahnen sie nichts von den Folgen: Schon bald landet ein UFO nahe der kleinen Stadt. Einer der Außerirdischen bleibt auf der Erde zurück und wird zufällig von Rohit und Nisha entdeckt...

Krrishna wurde mit übernatürlichen Kräften geboren – ein Vermächtnis seines Vaters Rohit Mehra, der seinerseits als Jugendlicher in Kontakt mit einem Außerirdischen stand. Nach dem tragischen Tod seiner Eltern wird Krrishna von seiner Großmutter Sonia aufgezogen und vor der restlichen Welt in einsamen Wäldern versteckt gehalten. Eines Tages begegnet er mitten in der Wildnis Priya und verliebt sich prompt in sie. Als sie jedoch in ihre Heimat Singapur zurückkehrt, macht er sich vor lauter Liebeskummer kurzentschlossen mit einer Maske getarnt auf in die fremde Metropole, um ihr nah zu sein. Doch erwartet ihn hier nicht nur seine Herzensdame, sondern eine noch viel größere und bösere Herausforderung: Der Wissenschaftler Dr. Siddarth Arya spielt Gott und versucht sich mit Hilfe eines Supercomputers unbesiegbar zu machen. Und schon bald wird Krrishna zum maskierten Superhelden Krrish!

Nachdem er die Welt ein weiteres Mal vor dem Untergang gerettet hat, lebt Krrish ein glückliches Familienleben. Doch merkt er nicht, dass sich mit dem wahnsinnigen Professor Kaal weiteres Unheil am Horizont ankündigt. Dieser plant die Welt an den Rand der Zerstörung zu treiben und hat dafür seine eigene Armee geschaffen. Nun liegt es abermals an Krrish die Situation zu retten. Doch hat er nicht mit dem gerechnet, was nun vor ihm liegt...